[日本語] English
万見
- EMDB-64959: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 nsp10/14:RNA-ATMP complex (focuse... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64959
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 nsp10/14:RNA-ATMP complex (focused on ExoN)
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 nsp10/14:RNA-ATMP
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 nsp10
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 nsp14
    • RNA: RNA (26-MER)
    • RNA: RNA (28-MER)
キーワードSARS-CoV-2 / exonuclease / nsp14 / nucleotide analogue / VIRAL PROTEIN/RNA / VIRAL PROTEIN-RNA complex
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Wang J / Lou Z / Liu D
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32188101 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22477122 中国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2025
タイトル: Structural Basis and Rational Design of Nucleotide Analogue Inhibitor Evading the SARS-CoV-2 Proofreading Enzyme.
著者: Junbo Wang / Yufan Pan / Yixiao Liu / Bo Huang / Ge Jin / Lejin Zhang / Feng Zhou / Xiaoyu Chang / Yucen Huang / Liming Yan / Yuanchen Dong / Zihe Rao / Dongsheng Liu / Zhiyong Lou /
要旨: All coronaviruses (CoVs) encode an exoribonuclease in nonstructural protein nsp14 (nsp14 ExoN), which is required for the excision of mismatched nucleotides or nucleotide analogues (NAs) that are ...All coronaviruses (CoVs) encode an exoribonuclease in nonstructural protein nsp14 (nsp14 ExoN), which is required for the excision of mismatched nucleotides or nucleotide analogues (NAs) that are incorporated into nascent RNA. Here, we investigated the mechanism by which NAs evade SARS-CoV-2 nsp14 ExoN cleavage using chemically synthesized RNA with NAs incorporated at the 3' end. Nsp14 ExoN exhibited significantly attenuated activity on RNA with sofosbuvir monophosphate (SMP) compared with natural nucleotides, remdesivir/molnupiravir monophosphate, and, in particular, AT-9010 monophosphate (ATMP), which has the same chemically modified ribose moiety as SMP, incorporated at the 3' end. Cryo-electron microscopy structures of nsp10/14 bound to RNA-SMP/-ATMP and mutagenesis studies revealed the essential roles of H95/Q145/F146 in recognizing the base moiety and thus pulling the NAs into a favored conformation for cleavage. Therefore, NAs may evade nsp14 ExoN cleavage by having (1) a base that does not interact with H95, Q145, or F146 and (2) a chemically modified ribose. Guided by this hypothesis, two NAs were designed to effectively resist nsp14 ExoN cleavage. These results inform the rational design of anti-CoV NAs.
履歴
登録2025年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_64959.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64959.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292. Å		0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292. Å		0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.8252769 - 2.669841
平均 (標準偏差)-0.00014205166 (±0.056390084)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 292.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_64959_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_64959_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : SARS-CoV-2 nsp10/14:RNA-ATMP

全体名称: SARS-CoV-2 nsp10/14:RNA-ATMP
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 nsp10/14:RNA-ATMP
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 nsp10
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 nsp14
    • RNA: RNA (26-MER)
    • RNA: RNA (28-MER)

-
超分子 #1: SARS-CoV-2 nsp10/14:RNA-ATMP

超分子名称: SARS-CoV-2 nsp10/14:RNA-ATMP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
分子 #1: SARS-CoV-2 nsp10

分子名称: SARS-CoV-2 nsp10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AGNATEVPAN STVLSFCAFA VDAAKAYKDY LASGGQPITN CVKMLCTHTG TGQAITVTPE ANMDQESFGG ASCCLYCRCH IDHPNPKGFC DLKGKYVQIP TTCANDPVGF TLKNTVCTVC GMWKGYGCSC DQLREPMLQ

-
分子 #2: SARS-CoV-2 nsp14

分子名称: SARS-CoV-2 nsp14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ENVTGLFKDC SKVITGLHPT QAPTHLSVDT KFKTEGLCVD IPGIPKDMTY RRLISMMGFK MNYQVNGYPN MFITREEAIR HVRAWIGFDV EGCHATREAV GTNLPLQ LG FSTGVNLVAV PTGYVDTPNN TDFSRVSAKP PPGDQFKHLI PLMYKGLPWN VVRIKIVQML ...文字列:
ENVTGLFKDC SKVITGLHPT QAPTHLSVDT KFKTEGLCVD IPGIPKDMTY RRLISMMGFK MNYQVNGYPN MFITREEAIR HVRAWIGFDV EGCHATREAV GTNLPLQ LG FSTGVNLVAV PTGYVDTPNN TDFSRVSAKP PPGDQFKHLI PLMYKGLPWN VVRIKIVQML SDTLKNLSDR VVFVLWAHGF ELTSMKYFVK IGPERTCCLC DRRATCFSTA SDTYACWHHS IGFDYVYNPF MIDVQQWGFT GNLQSNHDLY CQVHGNAHVA SCDAIMTRCL AVHECFVKRV DWTIEYPIIG DELKINAACR KVQHMVVKAA LLADKFPVLH DIGNPKAIKC VPQADVEWKF YDAQPCSDKA YKIEELFYSY ATHSDKFTDG VCLFWNCNVD RYPANSIVCR FDTRVLSNLN LPGCDGGSLY VNKHAFHTP AFDKSAFVNL KQLPFFYYSD SPCESHGKQV VSDIDYVPLK SATCITRCNL GGAVCRHHAN EYRLYLDAYN MMISAGFSLW VYKQFDTYNL WNTFTRL

-
分子 #3: RNA (26-MER)

分子名称: RNA (26-MER) / タイプ: rna / ID: 3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
配列文字列:
UUCUCCUAAG AAGCUAUUAA AAUCACAT

-
分子 #4: RNA (28-MER)

分子名称: RNA (28-MER) / タイプ: rna / ID: 4
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
配列文字列:
AAGUGAUUUU AAUAGCUUCU UAGGAUGA

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 71299
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る