EMDB-64868: Phycobilisome from Gloeobacter violaceus PCC 7421,composite map

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-64868

タイトル

Phycobilisome from Gloeobacter violaceus PCC 7421,composite map

マップデータ

試料

複合体: Bundle-shaped phycobilisome

キーワード

Phycobilisome / PHOTOSYNTHESIS

生物種

Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Burtseva AD / Baymukhametov TN / Slonimskiy YB / Popov VO / Sluchanko NN / Boyko KM

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and quenching of a bundle-shaped phycobilisome
著者: Burtseva AD / Slonimskiy YB / Baymukhametov TN / Sinetova MA / Maksimov EG / Popov VO / Boyko KM / Sluchanko NN

履歴

登録	2025年5月30日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年9月24日	-
マップ公開	2025年9月24日	-
更新	2025年9月24日	-
現状	2025年9月24日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_64868.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_64868.map.gz	506 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-64868-v30.xml emd-64868.xml	14.5 KB 14.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_64868.png	71.2 KB
Filedesc metadata	emd-64868.cif.gz	4.2 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-64868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-64868	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_64868_validation.pdf.gz	487.9 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_64868_full_validation.pdf.gz	487.5 KB	表示
XML形式データ	emd_64868_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_64868_validation.cif.gz	9.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-64868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-64868	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	64812C 64813C 64814C 64815C 64816C 64817C 64828C 64851C 64852C 9v7gC 9v7hC 9v7iC 9v7jC 9v7kC 9v7lC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_64868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.25 Å/pix. x 672 pix. = 840. Å	1.25 Å/pix. x 672 pix. = 840. Å	1.25 Å/pix. x 672 pix. = 840. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.25 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.3
最小 - 最大	-0.00007761802 - 2.1667352
平均 (標準偏差)	0.016224686 (±0.051964957)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : Bundle-shaped phycobilisome

全体	名称: Bundle-shaped phycobilisome
要素	複合体: Bundle-shaped phycobilisome

-
超分子 #1: Bundle-shaped phycobilisome

超分子	名称: Bundle-shaped phycobilisome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)	生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: Tris-HCl 構成要素 - 名称: Tris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
特殊光学系	球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector (CEOS GmbH, Germany). エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細	Preliminary grid screening was performed manually.
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 3.9 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 85000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: NONE
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 3942504
初期角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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