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- EMDB-64816: Phycobilisome allophycocyanin hexamer C from Gloeobacter violaceu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64816
タイトルPhycobilisome allophycocyanin hexamer C from Gloeobacter violaceus PCC 7421
マップデータ
試料
  • 複合体: Bundle-shaped phycobilisome
    • タンパク質・ペプチド: Phycobiliprotein ApcE
    • タンパク質・ペプチド: Glr1262 protein
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
    • タンパク質・ペプチド: Glr2806 protein
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN
キーワードPhycobilisome / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. ...Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glr2806 protein / Glr1262 protein / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / Allophycocyanin beta subunit / Allophycocyanin alpha subunit / Phycobiliprotein ApcE
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Burtseva AD / Baymukhametov TN / Slonimskiy YB / Popov VO / Sluchanko NN / Boyko KM
資金援助 ロシア, 1件
OrganizationGrant number国
Russian Science Foundation23-74-00062 ロシア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structure and quenching of a bundle-shaped phycobilisome.
著者: Anna D Burtseva / Yury B Slonimskiy / Timur N Baymukhametov / Maria A Sinetova / Daniil A Gvozdev / Georgy V Tsoraev / Dmitry A Cherepanov / Eugene G Maksimov / Vladimir O Popov / Konstantin ...著者: Anna D Burtseva / Yury B Slonimskiy / Timur N Baymukhametov / Maria A Sinetova / Daniil A Gvozdev / Georgy V Tsoraev / Dmitry A Cherepanov / Eugene G Maksimov / Vladimir O Popov / Konstantin M Boyko / Nikolai N Sluchanko /
要旨: Cyanobacteria use soluble antenna megacomplexes, phycobilisomes (PBSs), to maximize light-harvesting efficiency and small photoswitchable orange carotenoid proteins (OCPs) to down-regulate PBSs in ...Cyanobacteria use soluble antenna megacomplexes, phycobilisomes (PBSs), to maximize light-harvesting efficiency and small photoswitchable orange carotenoid proteins (OCPs) to down-regulate PBSs in high light. Among known PBS morphologies, the one from the basal cyanobacterial genus still lacks detailed structural characterization. Here, we reconstructed a cryo-electron microscopy structure of the >10-megadalton PBS, with diverging, conformationally mobile bundles of rods composed of stacked phycoerythrin and phycocyanin hexamers, stemming from a pentacylindrical allophycocyanin core belted by auxiliary phycocyanin hexamers. We show how two -specific multidomain linker proteins, Glr1262 and Glr2806, maintain this bundle-shaped architecture and reveal its differential regulation via nonphotochemical quenching by two OCP types of that recognize separate binding sites within the allophycocyanin core, including lateral cylinders absent in tricylindrical cores.
履歴
登録2025年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64816.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 672 pix.
= 840. Å		1.25 Å/pix.
x 672 pix.
= 840. Å		1.25 Å/pix.
x 672 pix.
= 840. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.46778232 - 1.6037939
平均 (標準偏差)0.003017143 (±0.03696391)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ672672672
Spacing672672672
セルA=B=C: 840.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64816_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64816_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bundle-shaped phycobilisome

全体名称: Bundle-shaped phycobilisome
要素
  • 複合体: Bundle-shaped phycobilisome
    • タンパク質・ペプチド: Phycobiliprotein ApcE
    • タンパク質・ペプチド: Glr1262 protein
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
    • タンパク質・ペプチド: Glr2806 protein
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN

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超分子 #1: Bundle-shaped phycobilisome

超分子名称: Bundle-shaped phycobilisome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)

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分子 #1: Phycobiliprotein ApcE

分子名称: Phycobiliprotein ApcE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 130.002258 KDa
配列文字列: MSIRGTSGST VARPRLFRTV MTETINGINA EDRYPNSGEV SQLDQFFGDG QRRIAIVAKL TENAEMIVSR AANRIFVGGS PMAYSERQK AKAKSPLAND EFGNEPIVED RGGFLESLKS IFSTRGGGGR ASADFAVPPD FEPINIARYG PERMQKSIRD L DWFLRYTT ...文字列:
MSIRGTSGST VARPRLFRTV MTETINGINA EDRYPNSGEV SQLDQFFGDG QRRIAIVAKL TENAEMIVSR AANRIFVGGS PMAYSERQK AKAKSPLAND EFGNEPIVED RGGFLESLKS IFSTRGGGGR ASADFAVPPD FEPINIARYG PERMQKSIRD L DWFLRYTT YAILAGDPSI LEANCLGLRE ILEKSCSISA TIVALLEMRK NAARLFKDEA DSKLVSSYIS VVIRALDADR SD APADIVR PSSEDRPGLT LPYIYKLSAD SLTTFKMTAI YGADGRPKVN LSSDEKERVV RAAYRQVFER DLKAYGQSVS EAE SKVKNG EISVREFVRR LGKSELYRRE FYQPFINSRV LELAFKHFLG RAPESRAEVQ KYFSIISSPI VRGQSSMPSG GLYA LIDAL IDSEEYTSIF GEDTVPYLRN LGVEAQPSWN WGAAYDLYNY AAPRRKVPQF ITLFADYTQP LPNQHPYGAG NDPLE IQFG AIFKNSTINP AERAAPIGKD VKRILIRNGS PTSNERGNPT GMSEGATTLG PKIFKLTQNV GFRSKGMVQN AGVVTV EGS VQALITAAYQ QIFGRQLYQG QRLKVAEIKL ENGETTVKEF VRALGRSEIF RKLYWEPFYV CKAIEYIHRR LLGRPTY DR VENNRYFDIA SKKGFYGVVD AMLNSNEYQE VFGEDVLPYE RYLTPAGLSL RKGRFGSSDV LTTPGGITPR GDAARMMD K IQELGTPINE RSIPEMYVNQ GVPALKRQRK VFKQSQATDR ESFDALVTAA YVQVFDKDIA SYIRSEFSAL ESRLRNRET SVKEFVRLLG FSALYRKQFH DRYPNTKVVE FAFKHFLGRA VKNQAELIKY HGLLGRKGIK ALIGALVDGE EYGRLYGEDT VPSWQFPTL PAANYPNSVE LYNRFTRQDD SLVVPSFKPI RSKMDIASMP LVQAALKEQQ ATKTALDMSR PMFLELGRSF K GADGQSVE VGVGTLRRQL EHIYRIAPDA TRSEKDVAIN AIYRQVLDVF AGIPPSYLRL SEAESKLKNN EISVREFVRR LG RSENYRK RFFEPYSSPK VVELLTKHFL GRAPISQQEI STYVQILGTK GLAAAVDAIV ESPEYLTIFN EDIVPYRRYP TLP AGNYRA SVRVNDEELI SQSWSSLSPT YTGYQYVTR

UniProtKB: Phycobiliprotein ApcE

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分子 #2: Glr1262 protein

分子名称: Glr1262 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 92.127602 KDa
配列文字列: MSTVLDDQSK AYAPGSANGP TAGLEPFVRM SRMIRSGVPE DREEPDELWL SMVRDIFGRG YMDRLSQTRA IDYSAFVRPA DQATADGAA QTKLGITAIA PDQGVELRPN FTEADVITVI RAAYKQLFGN TYILESERVI QAESLLRNGS ISVREFIRIL A KSDLYKER ...文字列:
MSTVLDDQSK AYAPGSANGP TAGLEPFVRM SRMIRSGVPE DREEPDELWL SMVRDIFGRG YMDRLSQTRA IDYSAFVRPA DQATADGAA QTKLGITAIA PDQGVELRPN FTEADVITVI RAAYKQLFGN TYILESERVI QAESLLRNGS ISVREFIRIL A KSDLYKER FFRCTSNNRF IELNLKHLLG RAPYNQGEIA EHLDRYCQSG YDAEIDSYID SDEYRRVFGE NTVPYFRGFK YQ VGQSAAA FERMRALYSG DAGSDTDRNQ NGQRTELTSG LADPAQPVRA RTDYALTRVD IPGGNGAAGR LAALDESLGS WLD AARDLI SQNDYSQKAI EVEPKRVAPY AQYLTPAVEA TPDAAAQTKL GITAVAPDQA VELRPNFGEA EVQAVIRAAY KQIF GNTYI LEADRVVIAE SLLRNGSISV REFVRLLAKS DLYRDRFFRT ASNNRFIELN FKHFLGRAPY SQAEIGEHFN RYHKS GYDA EIDSYIDSDE YRRVFGENTV PYFRGFKYQV GQAARGFDQM QQLFAGDAGS DTDRGIGAQP AAKLTFPLSR PLGVTS AYF PSSQGGAATS DGLEMFTRMA RELTVTPVSA RRTTSPTAPT APAMPLAGYY SRPAPRATAD GDAQTKLGIT AVAPAQA VE LRPNFGETEL QAVIRATYKQ LFGNTYILEA DRVVQAESLL RNGSINVREF VRLLAKSELY KERFFHCTSN NRFIELTF K HLLGRAPYNQ SEFVEHLDRY QKSGYDAEID SYIDSDEYRR VFGENTVPYF RGFKYQTGQA AGVFERTLKL YGGDADSDT NRNRQGQLRQ VDPQELLRSG RGIV

UniProtKB: Glr1262 protein

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分子 #3: Allophycocyanin alpha subunit

分子名称: Allophycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 17.555062 KDa
配列文字列:
MSVLTKAIVN ADAEARYLSP GELDRIKSFV ASGERRLRIA QTLTEARERI VKQAGDQLFQ KRPDVVSPGG NAYGEKMTAL CLRDLDYYL RLVTYGIVAG DVTPIEEIGI IGVKEMYNSL QTPIPAVAEG VRAMKNVATS LLSGDDAAEA GFYFDYLVGA M Q

UniProtKB: Allophycocyanin alpha subunit

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分子 #4: Allophycocyanin beta subunit

分子名称: Allophycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 17.241664 KDa
配列文字列:
MQDAITAVIN NYDVQGKYLD GAALDKLKAY FTTGAVRVRA AAVISSNATT IIKEAAAKAL IYSDLTRPGG (MEN)MYTTR RYA ACIRDMDYFL RYATYAMLAG DPSILDERVL NGLKETYNSL GVPIAATVGG IQAMKEVVGG LVGPDAAKEA SIYFDYL SS GLS

UniProtKB: Allophycocyanin beta subunit

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分子 #5: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associa...

分子名称: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 7.765004 KDa
配列文字列:
MSRYFKVTAC IPSLKRVRTG RELQNTFFTK LVPYENWFTE QQRIQKAGGK VLSVKLFTGV QGANTGVGA

UniProtKB: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

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分子 #6: Glr2806 protein

分子名称: Glr2806 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
分子量理論値: 81.544312 KDa
配列文字列: MSATTYDWRK VIDSIKIEDP VKPGDFANFL DMARGIESRT GVWSISYESL RTLGPPEGGM LRPAVGGTAE AAAQKQLGIT AVAPASVVE LRPNASEEDL QGVLRAVYRQ VLGNTYVMES ERPTQAESLL RNGSISVREF VRRIAKSDLY KERFFNKASN N RFIELNFK ...文字列:
MSATTYDWRK VIDSIKIEDP VKPGDFANFL DMARGIESRT GVWSISYESL RTLGPPEGGM LRPAVGGTAE AAAQKQLGIT AVAPASVVE LRPNASEEDL QGVLRAVYRQ VLGNTYVMES ERPTQAESLL RNGSISVREF VRRIAKSDLY KERFFNKASN N RFIELNFK HLLGRAPYNH GEIQEHFGLY HKAGYDVEID SYIDSDEYIE TFGENIVPYF RGFKYQTNQS AGGFPRMVKL WG GDAGSDT DRGKNGQRTL VTTKDLIGPT KIFVPFVAPG RDADMVSGDY TRLAFGLSGE AAAQRQLGIA SVAPAPICQL RPN ASEEDL QGVLRAVYRQ VLGNTYVMES ERPTQAESLL RNGSISVREF VRRIAKSDLY KERFFNKASN NRFIELNFKH LLGR APYNH GEIQEHFGLY HKAGYDVEID SYIDSDEYIE TFGENIVPYF RGFKYQTNQS AGGFPRMVKL WGGDAGSDTD RATGG QRTL VTTRELVKTL PLLTEIPAVP ATRGFEQVLN QLKRPAPGGT GEAQGQKQLG ITAVAPAPIC QLRPNASEED LQGVLR AVY RQVLGNTYVM ESERPTQAES LLRNGSISVR EFVRRIAKSD LYKERFFNKA SNNRFIELNF KHLLGRAPYN HGEIQEH FG LYHKAGYDAE IDSYIDSDEY LLTFGEDVVP YFRGFKYQTN QSAGGFPRFT KLYGGDAGSD TDRGKNGQRT LVTTKDLV V SGQFSKPV

UniProtKB: Glr2806 protein

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分子 #7: PHYCOCYANOBILIN

分子名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 12 / 式: CYC
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: Tris-HCl
構成要素 - 名称: Tris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector (CEOS GmbH, Germany).
エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Preliminary grid screening was performed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 3.9 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 85000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7) / 使用した粒子像数: 746972
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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