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- EMDB-64720: Cryo- EM structure of small subunit (head) of 75S ribosome with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64720
タイトルCryo- EM structure of small subunit (head) of 75S ribosome with A/P- & P/E- tRNAs from Entamoeba histolytica
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of SSU-head of 75S ribosome with A/P and P/E-tRNA from Entamoeba histolytica
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • RNA: x 1種
キーワードSSU-head of 75S Ribosome / A/P-tRNA / P/E-tRNA / Entamoeba histolytica / Ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol hexakisphosphate binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome ...inositol hexakisphosphate binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein ...Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S10, putative / Ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S28, putative / 40S ribosomal protein S17, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S10, putative / Ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S28, putative / 40S ribosomal protein S17, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS13
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sharma S / Mishra S / Gourinath S / Kaushal PS
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR45101/DRUG/134/121/2022 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of ribosome from pathogenic protozoa Entamoeba histolytica reveals unique features of its architecture.
著者: Shivani Sharma / Shalini Mishra / Samudrala Gourinath / Prem S Kaushal /
要旨: Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with ...Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with poor sanitation conditions, and it remains the fourth leading cause of death due to a protozoan infection. E. histolytica life cycle spans between an infective 'cyst stage' and an active disease-causing 'trophozoite stage'. We have isolated ribosomes from the trophozoite stage of E. histolytica. Here, we report single particle cryo-EM structures of the 53S ribosome large subunit (LSU), and 75S associated ribosomes, with P-tRNA, A/P and P/E tRNAs, and with paromomycin antibiotic, at 2.8 Å to 3.4 Å resolution. The E. histolytica possesses a reduced ribosome with a conserved core, and the periphery evolved with species-specific unique features. The most notable features are the presence of the rRNA triple helix near the peptide exit tunnel, the expansion segment H88ES102 near the exit site on LSU, and unique insertions in r-proteins. Furthermore, the 75S ribosome paromomycin complex structure provides the atomic details of its interactions. These structures provide insights into the evolutionary adaptation of the E. histolytica translational machinery and may be explored further for amoebicidal therapeutic intervention.
履歴
登録2025年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64720.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.07 Å/pix.
x 210 pix.
= 224.7 Å		1.07 Å/pix.
x 210 pix.
= 224.7 Å		1.07 Å/pix.
x 210 pix.
= 224.7 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.6
最小 - 最大-4.5274568 - 15.011265
平均 (標準偏差)-0.000000000006664 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 224.70001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64720_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64720_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of SSU-head of 75S ribosome with A/P and P/E-tR...

全体名称: Cryo-EM structure of SSU-head of 75S ribosome with A/P and P/E-tRNA from Entamoeba histolytica
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of SSU-head of 75S ribosome with A/P and P/E-tRNA from Entamoeba histolytica
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28, putative
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S29, putative
    • RNA: 17S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S10, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17, putative
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS19
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S20, putative

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超分子 #1: Cryo-EM structure of SSU-head of 75S ribosome with A/P and P/E-tR...

超分子名称: Cryo-EM structure of SSU-head of 75S ribosome with A/P and P/E-tRNA from Entamoeba histolytica
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
Organelle: ribosome / 細胞中の位置: cytoplasmic

+
分子 #1: 40S ribosomal protein S25

分子名称: 40S ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 14.794739 KDa
配列文字列:
MPPKDAKGKG AASGKKGALT KPKKSSGGKA PKKSWSKTKV KEKLNNAVLF DKATLDKCTK EVPSMKVITP AVVADRMKIT CSLAKILLK DLEKKELIVP VKVDNHIWIY TRSAKHAAAA PTEAEKKPAK GSKKQVKA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S25

+
分子 #2: 40S ribosomal protein S28, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S28, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 7.745989 KDa
配列文字列:
MSTQVTETPV IYAQVTEILG RTGSRGGVLQ VRCDIMGENR QILRNVKGPI RVGDILTLLE AEREARRLR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S28, putative

+
分子 #3: Ribosomal protein S29, putative

分子名称: Ribosomal protein S29, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 6.472543 KDa
配列文字列:
MGSYSIYNAH PRNYGNGSRT CRKCGARKGL IRKYGLDLCR RCFREKAVEI GFQKLD

UniProtKB: Ribosomal protein S29, putative

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S3

分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 26.97765 KDa
配列文字列: MFCLTKTKAL NVDVLKTNIS RKHKFVADGV FYAELNELLQ RELSADGYSG VEVRKNGSKF QIIIRATRTT NIIGDKGRRI HELTNLLIA RFGFPKDKIE LYVEKVLARG LCPVSQAESI KYKIAEGLPV RRAVGSVMRL IMDSGAKGCE VSISGKLRGQ R AQGMVFKE ...文字列:
MFCLTKTKAL NVDVLKTNIS RKHKFVADGV FYAELNELLQ RELSADGYSG VEVRKNGSKF QIIIRATRTT NIIGDKGRRI HELTNLLIA RFGFPKDKIE LYVEKVLARG LCPVSQAESI KYKIAEGLPV RRAVGSVMRL IMDSGAKGCE VSISGKLRGQ R AQGMVFKE GYMIKSGNAT RQFYSSAVRC VLLRMGIIGI KVTIMLDTDP SGKNGPAARI PDVVEIKTPK DESTTVKTEV IP ANKQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S3

+
分子 #6: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 23.07292 KDa
配列文字列: MAEAVAQPVE TVAHTFAPKL FNKWSYDVTV SDISLKELLA INSKLKYQVF LPHTAGRYQI KPFRKIQCPI VERLVCCMMQ HGKNSGKKL LAMRVVEESF EIIHLLTEKN PIQVLVDAII NASPREDSTR VGTGGNAKRQ AVDVSPLRRI NQALYLMTMG C RSAAFRNS ...文字列:
MAEAVAQPVE TVAHTFAPKL FNKWSYDVTV SDISLKELLA INSKLKYQVF LPHTAGRYQI KPFRKIQCPI VERLVCCMMQ HGKNSGKKL LAMRVVEESF EIIHLLTEKN PIQVLVDAII NASPREDSTR VGTGGNAKRQ AVDVSPLRRI NQALYLMTMG C RSAAFRNS KTLAECLADE IVNASKSNTA SFAIKKKEDM ERVAKSNR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

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分子 #7: 40S ribosomal protein S10, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S10, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 14.575251 KDa
配列文字列:
MRIATKDIIA IYKQLFNDGC IVCHKDFVCL HPVFGIPNLQ VFMLMKGLAT KKCVKETCNW RCLYWTLNDE GIAYLRQKLA LPEDAVPST LKQSIHTAVH DEAKQIQGER KLKKDFNAGK KPEMKKAE

UniProtKB: 40S ribosomal protein S10, putative

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S15, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S15, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 16.405531 KDa
配列文字列:
MSETVAKKRT FKKFELQGKS LEEITAMPEA DFVKMLDARA RRSYRRSPKL KHERLVKKLL KIKKATKEGE KPKLVKTHCR DKIILPNMI GSVIGVYNGK SFTTVEIKPE MLGHYLGEFS ITYKPVTHGR PGVGATHSSK FVPLK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S15, putative

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分子 #9: 40S ribosomal protein S16, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S16, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 17.547773 KDa
配列文字列:
MSATVKATGK TQKKHTEALK SVQVFGKKKT AIAVCLCKEG KGMIRVNGVP LDLINPPVLR IKVFEPLFIV GKENYAKLDL KIRVTGGGQ VAQAYAIRQA IAKALIAYNQ KFVDETTKNE LKAKFLEYDR TLLVADPRRC EAKKFGGPGA RAKYQKSYR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S16, putative

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S17, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S17, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 13.61797 KDa
配列文字列:
MGGVRTKTVK RAARNIIEKY YPLLTLDFHT NKRVVDEVAV VETKRLRNKI AGFITHLMRR IQKGPVRGIS FKLQEEERER RDNYVPEKS EVNIDKITAD PVTLKMLESI GMPINKKN

UniProtKB: 40S ribosomal protein S17, putative

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 17.698568 KDa
配列文字列:
MATVTSESEF QHMLRVCNTN LDGRRKVPYA LTGIKGCGRR YAYLVCKRAG IDVNKRAGLM TPAEIEKIVD ILNNPLNYKI PVWFLNRQK DNKDGKDSQL IANAVETRLR EDIEALKKMR AHRGLRHYWG LRVRGQHTKT TGRRGRTVGV SRTKGA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein eS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 17.776846 KDa
配列文字列:
MHHFSNIKDV VAIDFIKAYA EHLKKSGKLE IPEWVDTVKT GMCKELAPLN PDWIYIRAAA IARKVYLNNG IGVMALRRAY GDQYNKHYN PSHRTLGSGK VNRYILQQLE KMGIVAKIQS GRSLTKEGRK DMDKIAFQVY KEHEAKVTPM ILMPMN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S20, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S20, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 13.258735 KDa
配列文字列:
MANIKKDIKA PVTPKVYKNI TITITSTKVK AVESLCAEVK ENGKKKGVQV KGPVRIPTKT LRITTRKTPC GEGSKTWDHY QMRIYKRVL SMKTTPETVK EITSLKVEPG VELEVAMFD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

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分子 #4: 17S rRNA

分子名称: 17S rRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 628.40175 KDa
配列文字列: UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAUUAUAUGC UGAUGUUAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUGUA AGUAUAAAGA CCAAGUAGGA UGAAACUGC GGACGGCUCA UUAUAACAGU AAUAGUUUCU UUGGUUAGUA AAAUACAAGG AUAGCUUUGU GAAUGAUAAA G AUAAUACU ...文字列:
UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAUUAUAUGC UGAUGUUAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUGUA AGUAUAAAGA CCAAGUAGGA UGAAACUGC GGACGGCUCA UUAUAACAGU AAUAGUUUCU UUGGUUAGUA AAAUACAAGG AUAGCUUUGU GAAUGAUAAA G AUAAUACU UGAGACGAUC CAGUUUGUAU UAGUACAAAA UGGCCAAUUC AUUCAAUGAA UUGAGAAAUG ACAUUCUAAG UG AGUUAGG AUGCCACGAC AAUUGUAGAA CACACAGUGU UUAACAAGUA ACCAAUGAGA AUUUCUGAUC UAUCAAUCAG UUG GUAGUA UCGAGGACUA CCAAGAUUAU AACGGAUAAC GAGGAAUUGG GGUUCGACAU CGGAGAGGGA GCUUUACAGA UGGC UACCA CUUCUAAGGA AGGCAGCAGG CGCGUAAAUU ACCCACUUUC GAAUUGAAGA GGUAGUGACG ACACAUAACU CUAGA GUUG AGUAAAAUCA AUUCUUGAAG GAAUGAGUAG GAGGUAAAUU CUCCUACGAA AUCAAUUGGA GGGCAAGUCU GGUGCC AGC AGCCGCGGUA AUUCCAGCUC CAAUAGUGUA UAUUAAAGUU GCUGUGAUUA AAACGCUCGU AGUUGAAUUA AAAUGUG GU UUUAUACAUU UUGAAGACUU UAUGUAAGUA AAGUUUCUAG AAAUGUUAAA UUAAAAUCAA AGAAGGAAAC AAUUCAAG U AAUUGAGUUG UUAUUACUUU GAAUAAAAUA AGGUGUUUAA AGCAAAACAU UAUGUUAAUG AAUAUUCAAG CAUGGGACA AUGCUGAGGG GAUGUCAAUA AGACAUUUCG AGAGAAGGAU UAAAAGGAAC AAUUGGGGUG AUUCAGAAAA UAACGGGAGA GGUGAAAAU CCAUGAUCGC UAUAAGAUGC ACGAGAGCGA AAGCAUUUCA CUCAACUGUG UCCAUUAAUC AAGAACGAAA G UUAGGGGA UCGAAGACGA UCAGAUACCG UCGUAGUCCU AACUAUAAAC GAUGUCAACC AAGGAUUGGA UGAAAUUCAG AU GUACAAA GAUAGAGAAG CAUUGUUUCU AGAUCUGAGU AUAUCAAUAU UACCUUGUUC AGAACUUAAA GAGAAAUCUU GAG UUUAUG GACUUCAGGG GGAGUAUGGU CACAAGGCUG AAACUUAAAG GAAUUGACGG AAGGGCACAC CAGGAGUGGA GCCU GCGGC UUAAUUUGAC UCAACACGGG AAAACUUACC AAGACCGAAC AGUAGAAGGA AUGACAGAUU AAGAGUUCUU UCAUG AUUU AUUGGGUAGU GGUGCAUGGC CGUUCUUAGU UGGUGGAGUG AUUUGUCAGG UUAAUUCCGG UAACGAACGA GACUGA AAC CUAUUAAUUA GUUUUCUGCC UAUAAGACAG AAAUGUUCGC AAGAACAGGU GCGUAAGUAC CACUUCUUAA AGGGACA CA UUUCAAUUGU CCUAUUUUAA UUGUAGUUAU CUAAUUUCGG UUAGACCUCU UUUAACGUGG GAAAAAGAAA AAGGAAGC A UUCAGCAAUA ACAGGUCUGU GAUGCCCUUA GACAUCUUGG GCCGCACGCG CGCUACAAUG GAGUUACUAG AGAGUAUUU UAUCAUUUAC ACCUUAUUUA UUAGGCUUUG UCUAAUAAUU AAGGAUAGUA AGUGGUGUAC CGAGAUUGAA AUAGUUAAGG AAAACUCAA AAGAACGUAC AUGACAGGGA UAAAUGAUUG GAAUUAUUUG UUUUGAACGA GGAAUUCCUU GUAAUAUCGA G UCAUUAAC UCGAGAUGAA UACGUCCCUG CCCUUUGUAC ACACCGCCCG UCGCUCCUAC CGAUUGAAUA AAGAGGUGAA AU UCUAGGA UUCUGUCUUA UAGAUAGAAA AAUGGAUUUA AAUCUCCUUA UUUAGAGGAA GGAGAAGUCG UAACAAGGUU UCC GUAGGU GAACCUGCGG AAGGAUCAUU A

GENBANK: GENBANK: BDEQ01000001.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20nM HEPES-sodium salt buffer pH 7.4, 100mM Potassium acetate, 10mM Magnesium acetate, 10mm Ammonium acetate, 3mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 50 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 290 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 11840 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 1.106 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 142247
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2660

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4) / 使用した粒子像数: 39958
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細
source_name: Other, initial_model_type: otherthe coordinates of 75S with P-tRNA was used
source_name: Other, initial_model_type: otherthe coordinates of 75S with P-tRNA was used
ソフトウェア名称: Coot
詳細phenix.real_space_refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 56.93
得られたモデル

PDB-9v28:
Cryo- EM structure of small subunit (head) of 75S ribosome with A/P- & P/E- tRNAs from Entamoeba histolytica

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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