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- EMDB-64719: Cryo- EM structure of small subunit (body) of 75S ribosome with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64719
タイトルCryo- EM structure of small subunit (body) of 75S ribosome with A/P- & P/E- tRNAs from Entamoeba histolytica
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of SSU-body of 75S ribosome with A/P and P/E-tRNA from Entamoeba histolytica
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
    • RNA: x 4種
キーワードSSU-body of 75S Ribosome / A/P-tRNA / P/E-tRNA / Entamoeba histolytica / Ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PUA domain profile. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal ...PUA domain profile. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S2 signature 1. / : / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S11 / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Zinc-binding ribosomal protein / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein L2, domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S13, putative / Ribosomal protein S14, putative / 40S ribosomal protein S21 / 40S ribosomal protein S15a, putative / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S4, putative / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S24, putative / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S23, putative ...40S ribosomal protein S13, putative / Ribosomal protein S14, putative / 40S ribosomal protein S21 / 40S ribosomal protein S15a, putative / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S4, putative / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S24, putative / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S23, putative / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S11, putative / 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS27
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Sharma S / Mishra S / Gourinath S / Kaushal PS
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR45101/DRUG/134/121/2022 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of ribosome from pathogenic protozoa Entamoeba histolytica reveals unique features of its architecture.
著者: Shivani Sharma / Shalini Mishra / Samudrala Gourinath / Prem S Kaushal /
要旨: Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with ...Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with poor sanitation conditions, and it remains the fourth leading cause of death due to a protozoan infection. E. histolytica life cycle spans between an infective 'cyst stage' and an active disease-causing 'trophozoite stage'. We have isolated ribosomes from the trophozoite stage of E. histolytica. Here, we report single particle cryo-EM structures of the 53S ribosome large subunit (LSU), and 75S associated ribosomes, with P-tRNA, A/P and P/E tRNAs, and with paromomycin antibiotic, at 2.8 Å to 3.4 Å resolution. The E. histolytica possesses a reduced ribosome with a conserved core, and the periphery evolved with species-specific unique features. The most notable features are the presence of the rRNA triple helix near the peptide exit tunnel, the expansion segment H88ES102 near the exit site on LSU, and unique insertions in r-proteins. Furthermore, the 75S ribosome paromomycin complex structure provides the atomic details of its interactions. These structures provide insights into the evolutionary adaptation of the E. histolytica translational machinery and may be explored further for amoebicidal therapeutic intervention.
履歴
登録2025年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64719.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64719.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.07 Å/pix.
x 270 pix.
= 288.9 Å		1.07 Å/pix.
x 270 pix.
= 288.9 Å		1.07 Å/pix.
x 270 pix.
= 288.9 Å

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投影像

断面 (1/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.2
最小 - 最大-5.6781044 - 15.101051999999999
平均 (標準偏差)0.000000000004433 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 288.90002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64719_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64719_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of SSU-body of 75S ribosome with A/P and P/E-tR...

全体名称: Cryo-EM structure of SSU-body of 75S ribosome with A/P and P/E-tRNA from Entamoeba histolytica
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of SSU-body of 75S ribosome with A/P and P/E-tRNA from Entamoeba histolytica
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS27
    • タンパク質・ペプチド: Unknown peptide
    • RNA: A/P-tRNA
    • RNA: P/E-tRNA
    • RNA: mRNA
    • RNA: 17S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13, putative
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S14, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15a, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23, putative
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24, putative

+
超分子 #1: Cryo-EM structure of SSU-body of 75S ribosome with A/P and P/E-tR...

超分子名称: Cryo-EM structure of SSU-body of 75S ribosome with A/P and P/E-tRNA from Entamoeba histolytica
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
Organelle: ribosome / 細胞中の位置: cytoplasmic

+
分子 #1: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 16.455373 KDa
配列文字列:
MTSKRRNNGR SKKGRGHTQN VRCSHCGRCV PKDKAIKRYQ IKNIVEAAAV RDISDNSALT KYKLPKTYMK LEYCVSCGIH GRVVRVRSR TDRRNRLPPK RVVKKTNKQQ AVKPSTEAVK VEIPADVVTA PKVAAQKERP FKYLQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S26

+
分子 #2: Small ribosomal subunit protein eS27

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 9.338131 KDa
配列文字列:
MPLIEVDLLN PTAASEAKAH KMKRLVPTPN SYFLEIKCPK CGATTTTFSH AHRQILCQKC GQPLGQPTGG KLKLTQQCKF RIKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #3: Unknown peptide

分子名称: Unknown peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 528.644 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 28.633951 KDa
配列文字列: MSKNVKTNFP DILKPSAEDI KMMVACRVHI GATNLNFAME EYVYERGNNN ECIFNLMKTW EKLSLAARVI AGISNETPSD VVAVAGREM AHRASLKFMK YTGCTAVAGR FTPGSFTNQI QKKFMEPRLI IVSDPSVDHQ ALRESGYINV PTIAFCNSDN S LKNVDIAI ...文字列:
MSKNVKTNFP DILKPSAEDI KMMVACRVHI GATNLNFAME EYVYERGNNN ECIFNLMKTW EKLSLAARVI AGISNETPSD VVAVAGREM AHRASLKFMK YTGCTAVAGR FTPGSFTNQI QKKFMEPRLI IVSDPSVDHQ ALRESGYINV PTIAFCNSDN S LKNVDIAI PCNNRSRLSI GLMWWMLTRE ILRYQGKLAR DEKWDVMVDL FLHRELDAKK DAPVIAGEEK VAKVEDKKAA SD ATVASTE WDDQKKN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 27.737283 KDa
配列文字列: MDAKQQRGEK RQFGNRRGGR GAPRGRGARK DGASDGWTPV TKLGRLVKDG KVKSIDQIFE FGIKIKEYQI VDHLLPGLKE EVMTMQSVQ KQTSAGQRTR LKAYVAIGDH NGHAGLGVKC AKEVAEAIKG AMIQAKLAMV PVRRGYWGAT IGEVHTVPCK L TGACGSVR ...文字列:
MDAKQQRGEK RQFGNRRGGR GAPRGRGARK DGASDGWTPV TKLGRLVKDG KVKSIDQIFE FGIKIKEYQI VDHLLPGLKE EVMTMQSVQ KQTSAGQRTR LKAYVAIGDH NGHAGLGVKC AKEVAEAIKG AMIQAKLAMV PVRRGYWGAT IGEVHTVPCK L TGACGSVR VRLVPAPRGT GIVAAPTPKK FLILAGIEDV FTQTTGHTKT LGNFVKATYD AVRQSYGFQT KDLWKVGGVK QS PMDKYAK ILAESKKN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein eS1

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 29.094215 KDa
配列文字列: MATGKNKKYK AGNVKKGSKR KIAEPFSKKE WYNVKVPKNF KRRTVGQIVV NKTAGTRIAS EQLKGRVVEV NLADLMENEK FGAYNYKFK CEDVNGKDCL MIFHGLKLTT DKLRSIVKKW CTLIETSVDV KTTDGHLIRI FCIGFTSRKS NQIKKTSYAK S AQIKKIRK ...文字列:
MATGKNKKYK AGNVKKGSKR KIAEPFSKKE WYNVKVPKNF KRRTVGQIVV NKTAGTRIAS EQLKGRVVEV NLADLMENEK FGAYNYKFK CEDVNGKDCL MIFHGLKLTT DKLRSIVKKW CTLIETSVDV KTTDGHLIRI FCIGFTSRKS NQIKKTSYAK S AQIKKIRK IMNNLITKEA ASRELTQFVD YLRENKLPKE IVAKCSKVFS MDNVYIRKVK ILKAGKIDSL KLLDQHQDTS AP VEAAPVA EEKGEVVEA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S4, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S4, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 36.830812 KDa
配列文字列: MARGPRHHLK RLNAPHHWML SKLGGTFAPK PSHGPHGMKE CLPLILILRN RLNYALNGRE VTMIVKNRTI KIDGKIRTDT RYPVGFMDV LSIPRTKENF RLMYNTKRRF CLVPLTAEQA KFKLCKIEKR VLGTGAIPYI VTHDGRTIRY PHPELQANDT I KLNLETGK ...文字列:
MARGPRHHLK RLNAPHHWML SKLGGTFAPK PSHGPHGMKE CLPLILILRN RLNYALNGRE VTMIVKNRTI KIDGKIRTDT RYPVGFMDV LSIPRTKENF RLMYNTKRRF CLVPLTAEQA KFKLCKIEKR VLGTGAIPYI VTHDGRTIRY PHPELQANDT I KLNLETGK IVDFVKFDIG NTAMMIGGNG MGRVGVIVKR EVHPGSFEIV HIKDAKGNTF TTRLNNVFVI GKGTETLVNL PL DKGIKKP LLQQVNETIK KNKMQKAGIQ KASKKSKTTT EKKVTPKAAV EKKEEQVEKI YKKYPKKQAA PKKSKGNKKV VPG KKIGKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S4, putative

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 29.822223 KDa
配列文字列: MKINVANPAT GRIKKFDFEE EKNYRPFLDK RIGQEVDASS LGDEFKGYIL KITGGCDKDG FPMMTGVATN NRVRLLLDGR NGCYKPLRN GERRRKTVRG AIVAGDISVL NTIVVKKGEG EIEGVTNDAL PMRAGPKRAS HIRKLFNLSQ KDDVKKFVIR R EVAKKHPK ...文字列:
MKINVANPAT GRIKKFDFEE EKNYRPFLDK RIGQEVDASS LGDEFKGYIL KITGGCDKDG FPMMTGVATN NRVRLLLDGR NGCYKPLRN GERRRKTVRG AIVAGDISVL NTIVVKKGEG EIEGVTNDAL PMRAGPKRAS HIRKLFNLSQ KDDVKKFVIR R EVAKKHPK EGKSTKRSKA PKIQRLVTPR RLQHKAQKLE AKKLHKIAML KEAKRYAAIL NRYKVLKAHG MKVVSFADTD AV FKQNKAG SKKAASKGKK VGSKKTGKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S6

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 21.999256 KDa
配列文字列: MSGKMTAAKS AARAQVSTEV VVKKPGFDAY SKLVKEAVAG IPELKGVKVI SAKKVTISKD KKATVIFIPL RMMRICRASF EKVIEALEK KLNGPVFIIG KRVVAHTKKV GQSGKTDYKP RSRTSKAVHE AYLNEMLYPV EVAGQRVHAT LVHKKVANSK T VFVAVDDA ...文字列:
MSGKMTAAKS AARAQVSTEV VVKKPGFDAY SKLVKEAVAG IPELKGVKVI SAKKVTISKD KKATVIFIPL RMMRICRASF EKVIEALEK KLNGPVFIIG KRVVAHTKKV GQSGKTDYKP RSRTSKAVHE AYLNEMLYPV EVAGQRVHAT LVHKKVANSK T VFVAVDDA KLKNSVKAKL PIYSAVYKNI TGEKVKFAFP VVA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 27.031379 KDa
配列文字列: MGITRDSRHK RRATGGKKNS MQKKKKNTMG RQPANTRLGA IRVHDVRCRY GIIKRRALRL ENGNFSWASQ SITKGTKILN VVYNASDND FVRTNTLVKG AIIEIDPAPF RLWFLKFYGK DIASTDYYKS LESATFKTEK KVVLPKEEEN KEKTIAQQIA E TQVALMNP ...文字列:
MGITRDSRHK RRATGGKKNS MQKKKKNTMG RQPANTRLGA IRVHDVRCRY GIIKRRALRL ENGNFSWASQ SITKGTKILN VVYNASDND FVRTNTLVKG AIIEIDPAPF RLWFLKFYGK DIASTDYYKS LESATFKTEK KVVLPKEEEN KEKTIAQQIA E TQVALMNP SKTMQKKYAK KLEVLKNMKF DEALLEGFQS GRVLACISSR PGQTGSVEGY ILEGKELDFY SKKISDKKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

+
分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 21.54848 KDa
配列文字列:
MGRCLRNHSI TYKTPKVPYE RERFDAELKL VGQFGLKNKK EIQRVHYMLG HMRTIAKVML MKDAKDPKRL LEGAALLRRL HNLGILPRD QNKLEFVLAL KEENLLERRL QTLVYRKGFA KSIHHARVLI RGKMIKVGKQ VVDVPSFLVR VESEPLIQLA D NTPLTNPE INGRRKRKNN HAGKEDN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S11, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S11, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 18.248143 KDa
配列文字列:
MAEQTERAYQ KQVFHHHSRN EKGEIDFGNV KRYHKQIGMG FVTPAEAIKG TYIDKKCPFT SDVSIRGRTL SGIVKSCHMK RTIIVRRDY FHYVSKYQRY EKRHKNIAVH CSPAFRQLKE GDHVVIGQCR PLSKTVRFNV LKFTSRGTGD KKQFAIF

UniProtKB: 40S ribosomal protein S11, putative

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S13, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S13, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 17.038281 KDa
配列文字列:
MGRMYNPGRG ISRRCIPYRR SAPSWLKTST LEVIDEMCKL AKKGIAPSQI GAIMRDTHGV GLVKSVTGSK VLRILKLAGL APKIPEDLY FLMKRAVSVR KHLEKNKKDK DAKYHLILIE SKIHRLTRYY KSAKVLEASF KYDANTASAI VS

UniProtKB: 40S ribosomal protein S13, putative

+
分子 #18: Ribosomal protein S14, putative

分子名称: Ribosomal protein S14, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 15.67012 KDa
配列文字列:
MSKKVAAKSN VPEVIPGSTK DAFGVAHIYA TFNDTFVHVT DISGKETIIR ITGGMRVKAD RDESSPYAAM TAAQDVAKRC KDLGVTSLH IKMRGEGGVY SKTPGPGAQA ALRALARANM KIGRIEDVTP IPTDCTKRKG GRRGRRL

UniProtKB: Ribosomal protein S14, putative

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S15a, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S15a, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 14.692098 KDa
配列文字列:
MVRVNVLADA LKSITNAEKQ GKRQVMIRPA SKVICEFLNV MMKHQYITDY TVVDTHRSGK IVVNLNGRLN KCAVISPRFN VTLSEFDKW EANLLPSRHF GALVLTTSYG ILDNTEARAK HTGGRILGFF Y

UniProtKB: 40S ribosomal protein S15a, putative

+
分子 #20: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 9.582097 KDa
配列文字列:
MASNKKIELY IPRHCSVTHT LIAADDHAAV QILVPHVNEN GVILPESTVY TVKGSVRKDG ISDHSLNRQF QKDGFLKTVV PKNMMI

UniProtKB: 40S ribosomal protein S21

+
分子 #21: 40S ribosomal protein S23, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S23, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 15.745536 KDa
配列文字列:
MARGLHAARK MLAQRRANKW ADKEWKKGKL VTRYKCNPLG TASHAKGLVQ EKLGIETKQP NSGIRKCVRV RLLKNGKKIT AFVPRDGSL NYVNENDEVL ISGFGRRGHA VGDIPGVRFK VVCVAGVSLW GLWTNKKQKP HA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S23, putative

+
分子 #22: 40S ribosomal protein S24, putative

分子名称: 40S ribosomal protein S24, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 16.302694 KDa
配列文字列:
MATQKSEVTI RTRNLIVNPL LCRKQVVVDI YHPGIVQPKF TEIKEKLAKM YKVKDVQTIV LNGFVTKYGG GKTSGFALIY DTLSALKKF VPKHQLIRAG LDKKTKAPRK ARKEHKKKWR MCHSFKDYKK KEMKKASRKK K

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24, putative

+
分子 #4: A/P-tRNA

分子名称: A/P-tRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 24.483572 KDa
配列文字列:
GGCCCCAUAG CUCAGGGAUG AGAGCACGCG ACUCUUAAUC GCGUGGUCGC AGGUUCAAGU CCUGCUGGGG CCACCA

+
分子 #5: P/E-tRNA

分子名称: P/E-tRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 24.617574 KDa
配列文字列:
CUCUUCAUGG UGCAGCCCGU UAGCUCGUCG GGCUUUUAAC CCGAAGGUCU UCGGUUCAAA UCCGGCCGAA GAAACCA

+
分子 #6: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 3.19398 KDa
配列文字列:
UUGAAAAAAU

+
分子 #7: 17S rRNA

分子名称: 17S rRNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
分子量理論値: 628.40175 KDa
配列文字列: UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAUUAUAUGC UGAUGUUAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUGUA AGUAUAAAGA CCAAGUAGGA UGAAACUGC GGACGGCUCA UUAUAACAGU AAUAGUUUCU UUGGUUAGUA AAAUACAAGG AUAGCUUUGU GAAUGAUAAA G AUAAUACU ...文字列:
UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAUUAUAUGC UGAUGUUAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUGUA AGUAUAAAGA CCAAGUAGGA UGAAACUGC GGACGGCUCA UUAUAACAGU AAUAGUUUCU UUGGUUAGUA AAAUACAAGG AUAGCUUUGU GAAUGAUAAA G AUAAUACU UGAGACGAUC CAGUUUGUAU UAGUACAAAA UGGCCAAUUC AUUCAAUGAA UUGAGAAAUG ACAUUCUAAG UG AGUUAGG AUGCCACGAC AAUUGUAGAA CACACAGUGU UUAACAAGUA ACCAAUGAGA AUUUCUGAUC UAUCAAUCAG UUG GUAGUA UCGAGGACUA CCAAGAUUAU AACGGAUAAC GAGGAAUUGG GGUUCGACAU CGGAGAGGGA GCUUUACAGA UGGC UACCA CUUCUAAGGA AGGCAGCAGG CGCGUAAAUU ACCCACUUUC GAAUUGAAGA GGUAGUGACG ACACAUAACU CUAGA GUUG AGUAAAAUCA AUUCUUGAAG GAAUGAGUAG GAGGUAAAUU CUCCUACGAA AUCAAUUGGA GGGCAAGUCU GGUGCC AGC AGCCGCGGUA AUUCCAGCUC CAAUAGUGUA UAUUAAAGUU GCUGUGAUUA AAACGCUCGU AGUUGAAUUA AAAUGUG GU UUUAUACAUU UUGAAGACUU UAUGUAAGUA AAGUUUCUAG AAAUGUUAAA UUAAAAUCAA AGAAGGAAAC AAUUCAAG U AAUUGAGUUG UUAUUACUUU GAAUAAAAUA AGGUGUUUAA AGCAAAACAU UAUGUUAAUG AAUAUUCAAG CAUGGGACA AUGCUGAGGG GAUGUCAAUA AGACAUUUCG AGAGAAGGAU UAAAAGGAAC AAUUGGGGUG AUUCAGAAAA UAACGGGAGA GGUGAAAAU CCAUGAUCGC UAUAAGAUGC ACGAGAGCGA AAGCAUUUCA CUCAACUGUG UCCAUUAAUC AAGAACGAAA G UUAGGGGA UCGAAGACGA UCAGAUACCG UCGUAGUCCU AACUAUAAAC GAUGUCAACC AAGGAUUGGA UGAAAUUCAG AU GUACAAA GAUAGAGAAG CAUUGUUUCU AGAUCUGAGU AUAUCAAUAU UACCUUGUUC AGAACUUAAA GAGAAAUCUU GAG UUUAUG GACUUCAGGG GGAGUAUGGU CACAAGGCUG AAACUUAAAG GAAUUGACGG AAGGGCACAC CAGGAGUGGA GCCU GCGGC UUAAUUUGAC UCAACACGGG AAAACUUACC AAGACCGAAC AGUAGAAGGA AUGACAGAUU AAGAGUUCUU UCAUG AUUU AUUGGGUAGU GGUGCAUGGC CGUUCUUAGU UGGUGGAGUG AUUUGUCAGG UUAAUUCCGG UAACGAACGA GACUGA AAC CUAUUAAUUA GUUUUCUGCC UAUAAGACAG AAAUGUUCGC AAGAACAGGU GCGUAAGUAC CACUUCUUAA AGGGACA CA UUUCAAUUGU CCUAUUUUAA UUGUAGUUAU CUAAUUUCGG UUAGACCUCU UUUAACGUGG GAAAAAGAAA AAGGAAGC A UUCAGCAAUA ACAGGUCUGU GAUGCCCUUA GACAUCUUGG GCCGCACGCG CGCUACAAUG GAGUUACUAG AGAGUAUUU UAUCAUUUAC ACCUUAUUUA UUAGGCUUUG UCUAAUAAUU AAGGAUAGUA AGUGGUGUAC CGAGAUUGAA AUAGUUAAGG AAAACUCAA AAGAACGUAC AUGACAGGGA UAAAUGAUUG GAAUUAUUUG UUUUGAACGA GGAAUUCCUU GUAAUAUCGA G UCAUUAAC UCGAGAUGAA UACGUCCCUG CCCUUUGUAC ACACCGCCCG UCGCUCCUAC CGAUUGAAUA AAGAGGUGAA AU UCUAGGA UUCUGUCUUA UAGAUAGAAA AAUGGAUUUA AAUCUCCUUA UUUAGAGGAA GGAGAAGUCG UAACAAGGUU UCC GUAGGU GAACCUGCGG AAGGAUCAUU A

GENBANK: GENBANK: BDEQ01000001.1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20nM HEPES-sodium salt buffer pH 7.4, 100mM Potassium acetate, 10mM Magnesium acetate, 10mm Ammonium acetate, 3mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 50 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 290 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 11840 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 1.106 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 142247
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2660

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4) / 使用した粒子像数: 39958
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細
source_name: Other, initial_model_type: otherthe coordinates of 75S with P-tRNA was used
source_name: Other, initial_model_type: otherthe coordinates of 75S with P-tRNA was used
ソフトウェア名称: Coot
詳細phenix.real_space_refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 55.92
得られたモデル

PDB-9v27:
Cryo- EM structure of small subunit (body) of 75S ribosome with A/P- & P/E- tRNAs from Entamoeba histolytica

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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