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- EMDB-64368: Cryo-EM structure of human OAT1 in complex with olmesartan and br... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64368
タイトルCryo-EM structure of human OAT1 in complex with olmesartan and bromide ion.
マップデータCryo-EM map of human OAT1-olmesartan-bromide complex.
試料
  • 複合体: Human OAT1 in complex with olmesartan and bromide
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 6
  • リガンド: BROMIDE ION
  • リガンド: Olmesartan
キーワードdrug-drug interaction / transporter / substrate / organic anion. / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


renal tubular secretion / alpha-ketoglutarate transport / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / Organic anion transport by SLC22 transporters / sodium-independent organic anion transport / : / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity ...renal tubular secretion / alpha-ketoglutarate transport / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / Organic anion transport by SLC22 transporters / sodium-independent organic anion transport / : / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / : / : / monoatomic anion transport / chloride ion binding / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / basal plasma membrane / caveola / basolateral plasma membrane / protein-containing complex / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic cation transport protein/SVOP / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Jeon HM / Eun J / Kim KH / Kim Y
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2022R1A5A10313611 韓国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of human OAT1 reveal drug binding and inhibition mechanisms.
著者: Hyung-Min Jeon / Jisung Eun / Kelly H Kim / Youngjin Kim /
要旨: The organic anion transporter 1 (OAT1) plays a key role in excreting waste from organic drug metabolism and contributes significantly to drug-drug interactions and drug disposition. However, the ...The organic anion transporter 1 (OAT1) plays a key role in excreting waste from organic drug metabolism and contributes significantly to drug-drug interactions and drug disposition. However, the structural basis of specific substrate and inhibitor transport by human OAT1 (hOAT1) has remained elusive. We determined four cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of hOAT1 in its inward-facing conformation: the apo form, the substrate (olmesartan)-bound form with different anions, and the inhibitor (probenecid)-bound form. Structural and functional analyses revealed that Ser203 has an auxiliary role in chloride coordination, and it is a critical residue modulating olmesartan transport via chloride ion interactions. Structural comparisons indicate that inhibitors not only compete with substrates, but also obstruct substrate exit and entry from the cytoplasmic side, thereby increasing inhibitor retention. The findings can support drug development by providing insights into substrate recognition and the mechanism by which inhibitors arrest the OAT1 transport cycle.
履歴
登録2025年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64368.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64368.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of human OAT1-olmesartan-bromide complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 230.944 Å		0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 230.944 Å		0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 230.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8248 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.9568511 - 1.4021755
平均 (標準偏差)0.00039303894 (±0.025652524)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 230.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_64368_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM half map of human OAT1-olmesartan-bromide complex.

ファイルemd_64368_half_map_1.map
注釈Cryo-EM half map of human OAT1-olmesartan-bromide complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM half map of human OAT1-olmesartan-bromide complex.

ファイルemd_64368_half_map_2.map
注釈Cryo-EM half map of human OAT1-olmesartan-bromide complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human OAT1 in complex with olmesartan and bromide

全体名称: Human OAT1 in complex with olmesartan and bromide
要素
  • 複合体: Human OAT1 in complex with olmesartan and bromide
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 6
  • リガンド: BROMIDE ION
  • リガンド: Olmesartan

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超分子 #1: Human OAT1 in complex with olmesartan and bromide

超分子名称: Human OAT1 in complex with olmesartan and bromide / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: human OAT1 in complex with olmesartan and, adopting inward facing conformation and embedded in LMNG/CHS micelle
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: kidney / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量理論値: 62 KDa

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分子 #1: Solute carrier family 22 member 6

分子名称: Solute carrier family 22 member 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: human OAT1 in complex with olmesartan and bromide ion, adopting inward facing conformation and embedded in LMNG/CHS micelle
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: Epithelial
分子量理論値: 61.869027 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAFNDLLQQV GGVGRFQQIQ VTLVVLPLLL MASHNTLQNF TAAIPTHHCR PPADANLSKN GGLEVWLPRD RQGQPESCLR FTSPQWGLP FLNGTEANGT GATEPCTDGW IYDNSTFPST IVTEWDLVCS HRALRQLAQS LYMVGVLLGA MVFGYLADRL G RRKVLILN ...文字列:
MAFNDLLQQV GGVGRFQQIQ VTLVVLPLLL MASHNTLQNF TAAIPTHHCR PPADANLSKN GGLEVWLPRD RQGQPESCLR FTSPQWGLP FLNGTEANGT GATEPCTDGW IYDNSTFPST IVTEWDLVCS HRALRQLAQS LYMVGVLLGA MVFGYLADRL G RRKVLILN YLQTAVSGTC AAFAPNFPIY CAFRLLSGMA LAGISLNCMT LNVEWMPIHT RACVGTLIGY VYSLGQFLLA GV AYAVPHW RHLQLLVSAP FFAFFIYSWF FIESARWHSS SGRLDLTLRA LQRVARINGK REEGAKLSME VLRASLQKEL TMG KGQASA MELLRCPTLR HLFLCLSMLW FATSFAYYGL VMDLQGFGVS IYLIQVIFGA VDLPAKLVGF LVINSLGRRP AQMA ALLLA GICILLNGVI PQDQSIVRTS LAVLGKGCLA ASFNCIFLYT GELYPTMIRQ TGMGMGSTMA RVGSIVSPLV SMTAE LYPS MPLFIYGAVP VAASAVTVLL PETLGQPLPD TVQDLESRWA PTQKEAGIYP RKGKQTRQQQ EHQKYMVPLQ ASAQEK NGL

UniProtKB: Solute carrier family 22 member 6

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分子 #2: BROMIDE ION

分子名称: BROMIDE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: BR
分子量理論値: 79.904 Da
Chemical component information

ChemComp-BR:
BROMIDE ION

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分子 #3: Olmesartan

分子名称: Olmesartan / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: OLM
分子量理論値: 446.502 Da
Chemical component information

ChemComp-OLM:
Olmesartan / 薬剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度18 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaBrsodium bromide
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
20.0 mMKNaC4H4O6sodium potassium tartrate

詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 20 mM Na/K-tartrate, 0.0015% LMNG, 0.00015% CHS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 気圧: 0.025 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample is a complex formed by composition of human OAT1, Fab targeting C-terminus of human OAT1, and the substrate olmesartan, purified in bromide buffer.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 32271 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10849658
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 118678
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 58934 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9klz


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9unx:
Cryo-EM structure of human OAT1 in complex with olmesartan and bromide ion.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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