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- EMDB-6395: Structure of Ljungan virus: insight into picornavirus packaging -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6395
タイトルStructure of Ljungan virus: insight into picornavirus packaging
マップデータReconstruction of Ljungan virus at lower resolution without post-refinement in Relion
試料
  • 試料: Ljungan virus (type: 87-012)
  • ウイルス: Ljungan virus (ウイルス)
キーワードLjungan virus / Picornavirus / assembly / pathogen
生物種Ljungan virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zhu L / Wang XX / Ren JS / Porta C / Wenham H / Ekstrom J-O / Panjwani A / Knowles NJ / Kotecha A / Siebert A ...Zhu L / Wang XX / Ren JS / Porta C / Wenham H / Ekstrom J-O / Panjwani A / Knowles NJ / Kotecha A / Siebert A / Lindberg M / Fry EE / Rao ZH / Tuthill TJ / Stuart DI
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of Ljungan virus provides insight into genome packaging of this picornavirus.
著者: Ling Zhu / Xiangxi Wang / Jingshan Ren / Claudine Porta / Hannah Wenham / Jens-Ola Ekström / Anusha Panjwani / Nick J Knowles / Abhay Kotecha / C Alistair Siebert / A Michael Lindberg / ...著者: Ling Zhu / Xiangxi Wang / Jingshan Ren / Claudine Porta / Hannah Wenham / Jens-Ola Ekström / Anusha Panjwani / Nick J Knowles / Abhay Kotecha / C Alistair Siebert / A Michael Lindberg / Elizabeth E Fry / Zihe Rao / Tobias J Tuthill / David I Stuart /
要旨: Picornaviruses are responsible for a range of human and animal diseases, but how their RNA genome is packaged remains poorly understood. A particularly poorly studied group within this family are ...Picornaviruses are responsible for a range of human and animal diseases, but how their RNA genome is packaged remains poorly understood. A particularly poorly studied group within this family are those that lack the internal coat protein, VP4. Here we report the atomic structure of one such virus, Ljungan virus, the type member of the genus Parechovirus B, which has been linked to diabetes and myocarditis in humans. The 3.78-Å resolution cryo-electron microscopy structure shows remarkable features, including an extended VP1 C terminus, forming a major protuberance on the outer surface of the virus, and a basic motif at the N terminus of VP3, binding to which orders some 12% of the viral genome. This apparently charge-driven RNA attachment suggests that this branch of the picornaviruses uses a different mechanism of genome encapsidation, perhaps explored early in the evolution of picornaviruses.
履歴
登録2015年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2015年10月21日-
更新2015年10月21日-
現状2015年10月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6395.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6395.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Ljungan virus at lower resolution without post-refinement in Relion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 360 pix.
= 486. Å		1.35 Å/pix.
x 360 pix.
= 486. Å		1.35 Å/pix.
x 360 pix.
= 486. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.003 / ムービー #1: 0.003
最小 - 最大-0.00403495 - 0.01858639
平均 (標準偏差)0.00039582 (±0.00214382)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 486.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z486.000486.000486.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0040.0190.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ljungan virus (type: 87-012)

全体名称: Ljungan virus (type: 87-012)
要素
  • 試料: Ljungan virus (type: 87-012)
  • ウイルス: Ljungan virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Ljungan virus (type: 87-012)

超分子名称: Ljungan virus (type: 87-012) / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 6 MDa / 理論値: 6 MDa / 手法: Sedimentation

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超分子 #1: Ljungan virus

超分子名称: Ljungan virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 172314 / 生物種: Ljungan virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Mus sp. (ネズミ) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 組換細胞: kidney (Vero) cell
分子量実験値: 6 MDa / 理論値: 6 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 320 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed viruses were floated on 1% w/v uranyl acetate for 20 seconds.
グリッド詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support, glow-discharged in amylamine atmosphere
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 160,000 times magnification.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
日付2015年2月2日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 288
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 5558
最終 2次元分類クラス数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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