[日本語] English
万見
- EMDB-6391: Tubulin cofactors-D,E(N-GFP) and Arl2-Q73L GTPase form a stable h... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6391
タイトルTubulin cofactors-D,E(N-GFP) and Arl2-Q73L GTPase form a stable heterotrimeric chaperone
マップデータReconstruction of TBC-DE(N-GFP)-G(Q73L)
試料
  • 試料: Tubulin cofactor complex [TBC-DE(N-GFP)G]
  • タンパク質・ペプチド: tubulin folding cofactor D
  • タンパク質・ペプチド: tubulin folding cofactor E, N-terminal GFP fusion
  • タンパク質・ペプチド: ARL2 GTPase, Q73L mutant
キーワードTubulin cofactors / Microtubule dynamics / Chaperones / tubulin biogenesis or degradation
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Nithianantham S / Le S / Seto E / Jia W / Leary J / Corbett KD / Moore JK / Al-Bassam J
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Tubulin cofactors and Arl2 are cage-like chaperones that regulate the soluble αβ-tubulin pool for microtubule dynamics.
著者: Stanley Nithianantham / Sinh Le / Elbert Seto / Weitao Jia / Julie Leary / Kevin D Corbett / Jeffrey K Moore / Jawdat Al-Bassam /
要旨: Microtubule dynamics and polarity stem from the polymerization of αβ-tubulin heterodimers. Five conserved tubulin cofactors/chaperones and the Arl2 GTPase regulate α- and β-tubulin assembly into ...Microtubule dynamics and polarity stem from the polymerization of αβ-tubulin heterodimers. Five conserved tubulin cofactors/chaperones and the Arl2 GTPase regulate α- and β-tubulin assembly into heterodimers and maintain the soluble tubulin pool in the cytoplasm, but their physical mechanisms are unknown. Here, we reconstitute a core tubulin chaperone consisting of tubulin cofactors TBCD, TBCE, and Arl2, and reveal a cage-like structure for regulating αβ-tubulin. Biochemical assays and electron microscopy structures of multiple intermediates show the sequential binding of αβ-tubulin dimer followed by tubulin cofactor TBCC onto this chaperone, forming a ternary complex in which Arl2 GTP hydrolysis is activated to alter αβ-tubulin conformation. A GTP-state locked Arl2 mutant inhibits ternary complex dissociation in vitro and causes severe defects in microtubule dynamics in vivo. Our studies suggest a revised paradigm for tubulin cofactors and Arl2 functions as a catalytic chaperone that regulates soluble αβ-tubulin assembly and maintenance to support microtubule dynamics.
履歴
登録2015年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2015年9月23日-
更新2015年9月23日-
現状2015年9月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0079
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0079
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6391.gif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6391.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of TBC-DE(N-GFP)-G(Q73L)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 128 pix.
= 256. Å		2 Å/pix.
x 128 pix.
= 256. Å		2 Å/pix.
x 128 pix.
= 256. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0079 / ムービー #1: 0.0079
最小 - 最大-0.00170231 - 0.05782082
平均 (標準偏差)0.00049519 (±0.00333087)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z256.000256.000256.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-21-120
NX/NY/NZ432573
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0020.0580.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Tubulin cofactor complex [TBC-DE(N-GFP)G]

全体名称: Tubulin cofactor complex [TBC-DE(N-GFP)G]
要素
  • 試料: Tubulin cofactor complex [TBC-DE(N-GFP)G]
  • タンパク質・ペプチド: tubulin folding cofactor D
  • タンパク質・ペプチド: tubulin folding cofactor E, N-terminal GFP fusion
  • タンパク質・ペプチド: ARL2 GTPase, Q73L mutant

-
超分子 #1000: Tubulin cofactor complex [TBC-DE(N-GFP)G]

超分子名称: Tubulin cofactor complex [TBC-DE(N-GFP)G] / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: TBC-DEG complex behaves as a single biochemical entity.
集合状態: heterotrimer / Number unique components: 3
分子量理論値: 230 KDa

-
分子 #1: tubulin folding cofactor D

分子名称: tubulin folding cofactor D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TBCD / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDEST

-
分子 #2: tubulin folding cofactor E, N-terminal GFP fusion

分子名称: tubulin folding cofactor E, N-terminal GFP fusion / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TBCE(N-GFP) / 詳細: N-terminally GFP-fused TBCE / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDEST

-
分子 #3: ARL2 GTPase, Q73L mutant

分子名称: ARL2 GTPase, Q73L mutant / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: DEG(Q73L) / 詳細: Arl2 locked mutant (Q73L) in a GTP-like state / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDEST

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
詳細: 50 mM HEPES, 100 mM KCl, 0.1 mM GTP, 3 mM b-mercaptoethanol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The proteins were incubated on carbon-coated grids, briefly washed, and stained with 1% uranyl formate.
グリッド詳細: glow-discharged 200 mesh gold grid with thin carbon support
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
日付2014年6月10日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 3.5 µm / 実像数: 82 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / ビット/ピクセル: 5
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50050 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

-
画像解析

詳細TBC-DE(N-GFP)G particles were picked semi-automatically using e2boxer.py.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, EMAN2 / 使用した粒子像数: 19000
最終 2次元分類クラス数: 400

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る