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- EMDB-6387: A new view of essential vertex proteins on herpesvirus capsids ob... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6387
タイトルA new view of essential vertex proteins on herpesvirus capsids observed inside intact virions
マップデータReconstruction of pseudorabies virus capsid imaged inside virions
試料
  • 試料: Capsid of pseudorabies virus imaged in intact virions
  • ウイルス: Suid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
キーワードPseudorabies virus / PRV / capsid / virion / CVSC / pUL17 / pUL25 / pUL36
生物種Suid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Huet A / Makhov AM / Huffman JB / Vos M / Homa FL / Conway JF
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Extensive subunit contacts underpin herpesvirus capsid stability and interior-to-exterior allostery.
著者: Alexis Huet / Alexander M Makhov / Jamie B Huffman / Matthijn Vos / Fred L Homa / James F Conway /
要旨: The herpesvirus capsid is a complex protein assembly that includes hundreds of copies of four major subunits and lesser numbers of several minor proteins, all of which are essential for infectivity. ...The herpesvirus capsid is a complex protein assembly that includes hundreds of copies of four major subunits and lesser numbers of several minor proteins, all of which are essential for infectivity. Cryo-electron microscopy is uniquely suited for studying interactions that govern the assembly and function of such large functional complexes. Here we report two high-quality capsid structures, from human herpes simplex virus type 1 (HSV-1) and the animal pseudorabies virus (PRV), imaged inside intact virions at ~7-Å resolution. From these, we developed a complete model of subunit and domain organization and identified extensive networks of subunit contacts that underpin capsid stability and form a pathway that may signal the completion of DNA packaging from the capsid interior to outer surface, thereby initiating nuclear egress. Differences in the folding and orientation of subunit domains between herpesvirus capsids suggest that common elements have been modified for specific functions.
履歴
登録2015年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2016年4月20日-
更新2016年4月20日-
現状2016年4月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8000
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8000
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6387.tif

emd_6387_1.tif

EMD-6387_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6387.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 782.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Reconstruction of pseudorabies virus capsid imaged inside virions
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.16 Å/pix.
x 749 pix.
= 1617.84 Å		2.16 Å/pix.
x 749 pix.
= 1617.84 Å		2.16 Å/pix.
x 749 pix.
= 1617.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8000.0 / ムービー #1: 8000
最小 - 最大-17559.0 - 32443.0
平均 (標準偏差)1084.363403320000089 (±3472.1518554700001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ749749749
Spacing749749749
セルA=B=C: 1617.8401 Å
α=β=γ: 90.000084 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z2.162.162.16
M x/y/z749749749
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1617.8401617.8401617.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ454586
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS749749749
D min/max/mean-17559.00032443.0001084.363

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添付データ

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その他

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試料の構成要素

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全体 : Capsid of pseudorabies virus imaged in intact virions

全体名称: Capsid of pseudorabies virus imaged in intact virions
要素
  • 試料: Capsid of pseudorabies virus imaged in intact virions
  • ウイルス: Suid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #1000: Capsid of pseudorabies virus imaged in intact virions

超分子名称: Capsid of pseudorabies virus imaged in intact virions
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral T=16 / Number unique components: 1
分子量実験値: 200 MDa / 理論値: 200 MDa

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超分子 #1: Suid herpesvirus 1

超分子名称: Suid herpesvirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: Native Becker / NCBI-ID: 10345 / 生物種: Suid herpesvirus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 組換細胞: green monkey kidney (Vero) cells
分子量実験値: 200 MDa / 理論値: 200 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1250 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: Quantifoil R2/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 6 second blot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 75,000x magnification.
詳細Nanoprobe
日付2013年4月14日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 32956 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / 詳細: 2 second exposures; no use of movie mode
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Manual selection, processing with AUTO3DEM
CTF補正詳細: By micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM, CTFFIND3
詳細: Final map calculated from 25637 images of capsids inside virions. Resolution was verified by comparing cryoEM data with band-limited renditions of the HSV VP5 upper domain fragment, PDB 1NO7.
使用した粒子像数: 13242

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1no7


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Manual docking
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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