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- EMDB-63572: Cryo-EM structure of the TBC-D-Arl2-beta-tubulin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63572
タイトルCryo-EM structure of the TBC-D-Arl2-beta-tubulin complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of tubulin specific chaperone D, Arl2 and beta-tubulin
    • 複合体: TBCD-Arl2
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin-specific chaperone D
      • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor-like protein 2
    • 複合体: beta-tubulin
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードchaperone / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / post-chaperonin tubulin folding pathway / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / odontoblast differentiation ...Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / post-chaperonin tubulin folding pathway / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / odontoblast differentiation / Post-chaperonin tubulin folding pathway / negative regulation of GTPase activity / tubulin complex assembly / bicellular tight junction assembly / Neutrophil degranulation / maintenance of protein location in nucleus / adherens junction assembly / centrosome cycle / positive regulation of cell-substrate adhesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / regulation of glycolytic process / regulation of aerobic respiration / negative regulation of microtubule polymerization / regulation of synapse organization / nuclear envelope lumen / MHC class I protein binding / regulation of microtubule polymerization / lateral plasma membrane / negative regulation of cell-substrate adhesion / bicellular tight junction / beta-tubulin binding / intercellular bridge / spindle assembly / positive regulation of microtubule polymerization / GTPase activator activity / adherens junction / structural constituent of cytoskeleton / mitochondrial intermembrane space / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / RAS processing / mitotic spindle / GDP binding / protein folding / mitotic cell cycle / protein-folding chaperone binding / microtubule cytoskeleton / cell body / microtubule / ciliary basal body / mitochondrial matrix / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-specific chaperone D, C-terminal / Tubulin-folding cofactor D / Tubulin folding cofactor D C terminal / Tubulin-specific chaperone D-like, ARM repeat / ADP-ribosylation factor-like protein 2 / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family ...Tubulin-specific chaperone D, C-terminal / Tubulin-folding cofactor D / Tubulin folding cofactor D C terminal / Tubulin-specific chaperone D-like, ARM repeat / ADP-ribosylation factor-like protein 2 / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor-like protein 2 / Tubulin beta chain / Tubulin-specific chaperone D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Seong YJ / Kim HM / Byun KM / Park YW / Roh SH
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Structural dissection of alpha beta-tubulin heterodimer assembly and disassembly by human tubulin-specific chaperones
著者: Seong YJ / Kim HM / Byun KM / Park YW / Roh SH
履歴
登録2025年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63572.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63572.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 380 pix.
= 273.79 Å		0.72 Å/pix.
x 380 pix.
= 273.79 Å		0.72 Å/pix.
x 380 pix.
= 273.79 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7205 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.10903449 - 2.3745246
平均 (標準偏差)0.0012466937 (±0.024899662)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 273.79 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_63572_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63572_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63572_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of tubulin specific chaperone D, Arl2 and beta-tubulin

全体名称: Complex of tubulin specific chaperone D, Arl2 and beta-tubulin
要素
  • 複合体: Complex of tubulin specific chaperone D, Arl2 and beta-tubulin
    • 複合体: TBCD-Arl2
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin-specific chaperone D
      • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor-like protein 2
    • 複合体: beta-tubulin
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Complex of tubulin specific chaperone D, Arl2 and beta-tubulin

超分子名称: Complex of tubulin specific chaperone D, Arl2 and beta-tubulin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 200 KDa

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超分子 #2: TBCD-Arl2

超分子名称: TBCD-Arl2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: beta-tubulin

超分子名称: beta-tubulin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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分子 #1: Tubulin-specific chaperone D

分子名称: Tubulin-specific chaperone D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 132.752516 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALSDEPAAG GPEEEAEDET LAFGAALEAF GESAETRALL GRLREVHGGG AEREVALERF RVIMDKYQEQ PHLLDPHLEW MMNLLLDIV QDQTSPASLV HLAFKFLYII TKVRGYKTFL RLFPHEVADV EPVLDLVTIQ NPKDHEAWET RYMLLLWLSV T CLIPFDFS ...文字列:
MALSDEPAAG GPEEEAEDET LAFGAALEAF GESAETRALL GRLREVHGGG AEREVALERF RVIMDKYQEQ PHLLDPHLEW MMNLLLDIV QDQTSPASLV HLAFKFLYII TKVRGYKTFL RLFPHEVADV EPVLDLVTIQ NPKDHEAWET RYMLLLWLSV T CLIPFDFS RLDGNLLTQP GQARMSIMDR ILQIAESYLI VSDKARDAAA VLVSRFITRP DVKQSKMAEF LDWSLCNLAR SS FQTMQGV ITMDGTLQAL AQIFKHGKRE DCLPYAATVL RCLDGCRLPE SNQTLLRKLG VKLVQRLGLT FLKPKVAAWR YQR GCRSLA ANLQLLTQGQ SEQKPLILTE DDDEDDDVPE GVERVIEQLL VGLKDKDTVV RWSAAKGIGR MAGRLPRALA DDVV GSVLD CFSFQETDKA WHGGCLALAE LGRRGLLLPS RLVDVVAVIL KALTYDEKRG ACSVGTNVRD AACYVCWAFA RAYEP QELK PFVTAISSAL VIAAVFDRDI NCRRAASAAF QENVGRQGTF PHGIDILTTA DYFAVGNRSN CFLVISVFIA GFPEYT QPM IDHLVTMKIS HWDGVIRELA ARALHNLAQQ APEFSATQVF PRLLSMTLSP DLHMRHGSIL ACAEVAYALY KLAAQEN RP VTDHLDEQAV QGLKQIHQQL YDRQLYRGLG GQLMRQAVCV LIEKLSLSKM PFRGDTVIDG WQWLINDTLR HLHLISSH S RQQMKDAAVS ALAALCSEYY MKEPGEADPA IQEELITQYL AELRNPEEMT RCGFSLALGA LPGFLLKGRL QQVLTGLRA VTHTSPEDVS FAESRRDGLK AIARICQTVG VKAGAPDEAV CGENVSQIYC ALLGCMDDYT TDSRGDVGTW VRKAAMTSLM DLTLLLARS QPELIEAHTC ERIMCCVAQQ ASEKIDRFRA HAASVFLTLL HFDSPPIPHV PHRGELEKLF PRSDVASVNW S APSQAFPR ITQLLGLPTY RYHVLLGLVV SLGGLTESTI RHSTQSLFEY MKGIQSDPQA LGSFSGTLLQ IFEDNLLNER VS VPLLKTL DHVLTHGCFD IFTTEEDHPF AVKLLALCKK EIKNSKDIQK LLSGIAVFCE MVQFPGDVRR QALLQLCLLL CHR FPLIRK TTASQVYETL LTYSDVVGAD VLDEVVTVLS DTAWDAELAV VREQRNRLCD LLGVPRPQLV PQPGAC

UniProtKB: Tubulin-specific chaperone D

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分子 #2: ADP-ribosylation factor-like protein 2

分子名称: ADP-ribosylation factor-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.903992 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MGLLTILKKM KQKERELRLL MLGLDNAGKT TILKKFNGED IDTISPTLGF NIKTLEHRGF KLNIWDVGGQ KSLRSYWRNY FESTDGLIW VVDSADRQRM QDCQRELQSL LVEERLAGAT LLIFANKQDL PGALSSNAIR EVLELDSIRS HHWCIQGCSA V TGENLLPG IDWLLDDISS RIFTAD

UniProtKB: ADP-ribosylation factor-like protein 2

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分子 #3: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 49.717629 KDa
組換発現生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQVFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMAVT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATAEEEED FGEEAEEEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

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分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 123124
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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