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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6357 | |||||||||
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タイトル | Negative stain (RCT) surface of full-length glucagon receptor FAB complex | |||||||||
マップデータ | full-length glucagon receptor FAB complex, negative stain, RCT | |||||||||
試料 |
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キーワード | Glucagon Receptor / GPCR | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 34.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang L / Yang D / de Graaf C / Moeller A / West GM / Dharmarajan V / Wang C / Siu FY / Song G / Reedtz-Runge S ...Yang L / Yang D / de Graaf C / Moeller A / West GM / Dharmarajan V / Wang C / Siu FY / Song G / Reedtz-Runge S / Pascal BD / Wu B / Potter CS / Zhou H / Griffin PR / Carragher B / Yang H / Wang MW / Stevens RC / Jiang H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Conformational states of the full-length glucagon receptor. 著者: Linlin Yang / Dehua Yang / Chris de Graaf / Arne Moeller / Graham M West / Venkatasubramanian Dharmarajan / Chong Wang / Fai Y Siu / Gaojie Song / Steffen Reedtz-Runge / Bruce D Pascal / ...著者: Linlin Yang / Dehua Yang / Chris de Graaf / Arne Moeller / Graham M West / Venkatasubramanian Dharmarajan / Chong Wang / Fai Y Siu / Gaojie Song / Steffen Reedtz-Runge / Bruce D Pascal / Beili Wu / Clinton S Potter / Hu Zhou / Patrick R Griffin / Bridget Carragher / Huaiyu Yang / Ming-Wei Wang / Raymond C Stevens / Hualiang Jiang / 要旨: Class B G protein-coupled receptors are composed of an extracellular domain (ECD) and a seven-transmembrane (7TM) domain, and their signalling is regulated by peptide hormones. Using a hybrid ...Class B G protein-coupled receptors are composed of an extracellular domain (ECD) and a seven-transmembrane (7TM) domain, and their signalling is regulated by peptide hormones. Using a hybrid structural biology approach together with the ECD and 7TM domain crystal structures of the glucagon receptor (GCGR), we examine the relationship between full-length receptor conformation and peptide ligand binding. Molecular dynamics (MD) and disulfide crosslinking studies suggest that apo-GCGR can adopt both an open and closed conformation associated with extensive contacts between the ECD and 7TM domain. The electron microscopy (EM) map of the full-length GCGR shows how a monoclonal antibody stabilizes the ECD and 7TM domain in an elongated conformation. Hydrogen/deuterium exchange (HDX) studies and MD simulations indicate that an open conformation is also stabilized by peptide ligand binding. The combined studies reveal the open/closed states of GCGR and suggest that glucagon binds to GCGR by a conformational selection mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6357.map.gz | 423.3 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6357-v30.xml emd-6357.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6357.jpg | 33.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6357 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6357 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6357_validation.pdf.gz | 79.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6357_full_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6357_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6357 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6357 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6357.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | full-length glucagon receptor FAB complex, negative stain, RCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7275 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Full-length GCGR in complex with the antigen-binding fragment (Fa...
全体 | 名称: Full-length GCGR in complex with the antigen-binding fragment (Fab) of the monoclonal antibody mAb2330 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Full-length GCGR in complex with the antigen-binding fragment (Fa...
超分子 | 名称: Full-length GCGR in complex with the antigen-binding fragment (Fab) of the monoclonal antibody mAb2330 タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heterodimer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 95 KDa |
-分子 #1: glucagon receptor
分子 | 名称: glucagon receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GCGR / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞中の位置: plasma membrane |
分子量 | 実験値: 95 KDa / 理論値: 95 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 組換細胞: CHO-K1 |
-分子 #2: antibody mAb2330 Fab
分子 | 名称: antibody mAb2330 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.00095 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: HEPES LMNG |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: stained 3 times with 2% w/v uranyl formate |
グリッド | 詳細: thin carbon over holes |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2014年2月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 648 / 平均電子線量: 45 e/Å2 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 62000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -50 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | RCT |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Appion, Xmipp, Spider / 使用した粒子像数: 343 |
最終 2次元分類 | クラス数: 1 |