[日本語] English
万見
- EMDB-63539: Structure of outer membrane lipoprotein QseG and histidine kinase... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63539
タイトルStructure of outer membrane lipoprotein QseG and histidine kinase QseE complex
マップデータ
試料
  • 複合体: QseG58-220 and QseE sensor complex
    • タンパク質・ペプチド: Quorum-sensing regulator protein G
    • タンパク質・ペプチド: histidine kinase
キーワードcomplex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / phosphorelay response regulator activity / phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / protein kinase activator activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Quorum-sensing regulator protein G / YfhG lipoprotein / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain ...Quorum-sensing regulator protein G / YfhG lipoprotein / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypothetical membrane protein / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Gao X / Li GB / Gong PQ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200144 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the QseG-QseE complex reveals an accessory protein-driven two-component system activation mechanism
著者: Gao X / Li GB / Gong PQ
履歴
登録2025年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_63539.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.6186836 - 0.84543645
平均 (標準偏差)0.000066890534 (±0.009750224)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_63539_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63539_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : QseG58-220 and QseE sensor complex

全体名称: QseG58-220 and QseE sensor complex
要素
  • 複合体: QseG58-220 and QseE sensor complex
    • タンパク質・ペプチド: Quorum-sensing regulator protein G
    • タンパク質・ペプチド: histidine kinase

-
超分子 #1: QseG58-220 and QseE sensor complex

超分子名称: QseG58-220 and QseE sensor complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)

-
分子 #1: Quorum-sensing regulator protein G

分子名称: Quorum-sensing regulator protein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)
分子量理論値: 21.02274 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
CVPHASQQLP GSAAQDTLPH YQLADYLPTA CADIWSLRGQ AVETNPLYWL RTIDCADRLM PVQSRAEARA LTDDNWQNAF RRGILLADA KITPPERRAI VTRLEALSAQ IPAQVRPVYQ IWHDGQALQL ALSAERQRYS KLQQMSDSEL DALRQQQQAL Q TQLDLTTR KLESLTDIER QLSTRKP

UniProtKB: Hypothetical membrane protein

-
分子 #2: histidine kinase

分子名称: histidine kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histidine kinase
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)
分子量理論値: 54.747652 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKRWSVFPRS LRQLVMLAFL LILLPLLVLA WQAWQSLNAL SDQAAVTNRS TLIDARRSEA MTNVALEMER SYRQYCVLDD PTLAKVYQS QRKRYSDMLD AHAGVLPDDK LYQALRQDLN ALAQLQCKDS GPEAAAAARL EAFANANTEM VQATRTVVYS R GQQLQQEI ...文字列:
MKRWSVFPRS LRQLVMLAFL LILLPLLVLA WQAWQSLNAL SDQAAVTNRS TLIDARRSEA MTNVALEMER SYRQYCVLDD PTLAKVYQS QRKRYSDMLD AHAGVLPDDK LYQALRQDLN ALAQLQCKDS GPEAAAAARL EAFANANTEM VQATRTVVYS R GQQLQQEI AERGQFFGWQ ALVLFLVSLA MVLLFTRMII GPVKGIERMI NRLGEGRSLG NTVTFTGPRE LRSVGQRIIW LS ERLAWLE SQRHQFLRHL SHELKTPLAS MREGTELLAD QVVGPLTPEQ KEVVDILDDS SRNLQKLIEQ LLDYNRKLVD SAT ELEAVD IAPLVDMVVS AHSLPARAKM MHTDVDLEAE RCIAEPMLLM SVLDNLYSNA VHYGAESGNI CIRSRSQGST VYID VVNSG EPIPQTEREM IFEPFFQGSH QRKGAVKGSG LGLSIARDCI RRMQGEIQLV DDNAQEVCFR ISLPLPASDK HGSWS HPQF EK

UniProtKB: histidine kinase

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 88834
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る