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- EMDB-63514: Alpha SARS-CoV-2 spike protein RBD-down in complex with REGN10987... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63514
タイトルAlpha SARS-CoV-2 spike protein RBD-down in complex with REGN10987 Fab homologue (local refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: Alpha SARS-CoV-2 S-protein RBD-down + REGN10987 Fab homologue
    • 複合体: REGN10987 Fab homologue
      • タンパク質・ペプチド: REGN10987 Fab homologue (Light chain)
      • タンパク質・ペプチド: REGN10987 Fab homologue (Heavy chain)
    • 細胞器官・細胞要素: Alpha SARS-CoV-2 S-protein RBD-down
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kocharovskaya MV / Pichkur EB / Shenkarev ZO / Lyukmanova EN
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2025
タイトル: Structure and dynamics of Alpha B.1.1.7 SARS-CoV-2 S-protein in complex with Fab of neutralizing antibody REGN10987.
著者: Milita V Kocharovskaya / Evgeny B Pichkur / Artem D Ivannikov / Daria D Kharlampieva / Ekaterina N Grafskaia / Ekaterina N Lyukmanova / Mikhail P Kirpichnikov / Zakhar O Shenkarev /
要旨: One of the approaches for treatment of COVID-19 is a use of neutralizing antibodies (nAbs). The study of the mechanisms by which nAbs recognize different strains of SARS-CoV-2 may facilitate the ...One of the approaches for treatment of COVID-19 is a use of neutralizing antibodies (nAbs). The study of the mechanisms by which nAbs recognize different strains of SARS-CoV-2 may facilitate the development of new drugs and vaccines against the coronavirus infection. In this work, we present the 3.1 Å resolution cryo-electron microscopy structure of a full-length trimeric spike-protein (S-protein) of the SARS-CoV-2 Alpha (B.1.1.7) variant in complex with the Fab of the REGN10987 nAb. In the complex, two receptor-binding domains (RBDs) of the S-protein were observed in the 'up' state, whereas third RBD was in the 'down' state. This distinguishes the obtained structure from the complex of Delta (B.1.617.2) S-protein with REGN10987-Fab, where only one RBD was in the 'up' state. Probably some of the substituted residues (K478T, A570D, and S982A) located at the interprotomer interfaces are responsible for the greater Alpha S-protein opening upon the REGN10987-Fab binding. The Fab identically binds to the RBD in the both 'up' and 'down' conformations. The RBD-Fab interaction interface was refined to a resolution of 3.6 Å. The antibody binds to the receptor-binding motif (RBM), which prevents the S-protein from the binding to its receptor, angiotensin-converting enzyme 2 (ACE-2). Comparison with the structures of the Wuhan (wild type) and Delta RBD variants in complex with REGN10987-Fab revealed that the N501Y and T478K/L452R mutations presented in the RBM of the Alpha and Delta variants, respectively, do not affect the mode of the RBD-Fab interaction.
履歴
登録2025年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63514.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63514.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.12 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.12 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-0.75304556 - 1.5567322
平均 (標準偏差)-0.0013451672 (±0.022122188)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 357.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63514_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63514_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63514_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Alpha SARS-CoV-2 S-protein RBD-down + REGN10987 Fab homologue

全体名称: Alpha SARS-CoV-2 S-protein RBD-down + REGN10987 Fab homologue
要素
  • 複合体: Alpha SARS-CoV-2 S-protein RBD-down + REGN10987 Fab homologue
    • 複合体: REGN10987 Fab homologue
      • タンパク質・ペプチド: REGN10987 Fab homologue (Light chain)
      • タンパク質・ペプチド: REGN10987 Fab homologue (Heavy chain)
    • 細胞器官・細胞要素: Alpha SARS-CoV-2 S-protein RBD-down
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein

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超分子 #1: Alpha SARS-CoV-2 S-protein RBD-down + REGN10987 Fab homologue

超分子名称: Alpha SARS-CoV-2 S-protein RBD-down + REGN10987 Fab homologue
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3, #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #2: REGN10987 Fab homologue

超分子名称: REGN10987 Fab homologue / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Alpha SARS-CoV-2 S-protein RBD-down

超分子名称: Alpha SARS-CoV-2 S-protein RBD-down / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 21.821463 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSTPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTY ...文字列:
NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSTPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTY GVGYQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGP

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: REGN10987 Fab homologue (Light chain)

分子名称: REGN10987 Fab homologue (Light chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.334691 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG GYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YDVSKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QSEDEADYY CNSLTSISTW VFGGGTKLTV LGRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT ...文字列:
QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG GYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YDVSKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QSEDEADYY CNSLTSISTW VFGGGTKLTV LGRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

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分子 #3: REGN10987 Fab homologue (Heavy chain)

分子名称: REGN10987 Fab homologue (Heavy chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.792617 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS NYAMYWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRTE DTAVYYCASG SDYGDYLLVY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS NYAMYWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRTE DTAVYYCASG SDYGDYLLVY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7zjl

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34988
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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