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- EMDB-63401: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana RGA in complex with GID... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63401
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis thaliana RGA in complex with GID1A, SLY1, and ASK2 (composite map)
マップデータ
試料
  • 複合体: Heterotetramer of RGA, GID1A, SLY1, and ASK2
    • タンパク質・ペプチド: DELLA protein RGA
    • タンパク質・ペプチド: Gibberellin receptor GID1A
    • タンパク質・ペプチド: F-box protein GID2
    • タンパク質・ペプチド: SKP1-like protein 1B
  • リガンド: GIBBERELLIN A3
キーワードGibberellin / DELLA motif / GRAS domain / Plant growth / HORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / fruit morphogenesis / gibberellin mediated signaling pathway / positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / floral organ morphogenesis / negative regulation of trichome patterning / negative regulation of developmental vegetative growth / negative regulation of leaf development / regulation of seed dormancy process / gibberellin binding ...regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / fruit morphogenesis / gibberellin mediated signaling pathway / positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / floral organ morphogenesis / negative regulation of trichome patterning / negative regulation of developmental vegetative growth / negative regulation of leaf development / regulation of seed dormancy process / gibberellin binding / seed dormancy process / negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / positive regulation of fertilization / meiotic cytokinesis / response to gibberellin / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / jasmonic acid mediated signaling pathway / seed germination / ethylene-activated signaling pathway / response to far red light / response to jasmonic acid / response to auxin / 加水分解酵素 / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / SCF ubiquitin ligase complex / plastid / regulation of protein catabolic process / response to cold / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to hypoxia / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
F-box protein SNE / Transcriptional factor DELLA, N-terminal / DELLA, N-terminal domain superfamily / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcription factor GRAS / GRAS domain family / GRAS family profile. / : / F-box domain ...F-box protein SNE / Transcriptional factor DELLA, N-terminal / DELLA, N-terminal domain superfamily / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcription factor GRAS / GRAS domain family / GRAS family profile. / : / F-box domain / Lipase, GDXG, putative histidine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative histidine active site. / Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-3 / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / alpha/beta hydrolase fold / F-box domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
SKP1-like protein 1B / Gibberellin receptor GID1A / DELLA protein RGA / F-box protein GID2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Islam S / Park K / Kwon E / Kim DY
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2025
タイトル: Structural insights into gibberellin-mediated DELLA protein degradation.
著者: Soyaab Islam / Kunwoong Park / Jing Xia / Eunju Kwon / Dong Young Kim /
要旨: Gibberellin promotes plant growth by downregulating DELLA proteins, which act as growth repressors. In the presence of gibberellin, the gibberellin receptor GID1 binds DELLA proteins, triggering ...Gibberellin promotes plant growth by downregulating DELLA proteins, which act as growth repressors. In the presence of gibberellin, the gibberellin receptor GID1 binds DELLA proteins, triggering their degradation through polyubiquitination by the SCF ubiquitin E3 ligase. Despite extensive studies, the molecular mechanisms by which DELLA proteins assemble with SCF to regulate plant growth remain poorly understood. Here, we present two cryo-electron microscopy structures of the Arabidopsis thaliana DELLA protein RGA in complex with GID1A and GID1A-SLY1-ASK2, respectively. Structural analyses revealed that RGA interacts with GID1A and SLY1 through nonoverlapping binding surfaces, stabilizing the proteins. This suggests that the SCF-RGA-GID1A complex assembles through a stepwise stabilization process induced by gibberellin. Furthermore, structural comparison with GRAS proteins indicates that RGA does not interact with IDD-family transcription factors when bound to SLY1, suggesting that DELLA protein binding to GID1/SLY1 and to transcription factors is mutually exclusive. These findings provide new insights into the gibberellin-mediated regulation of transcription factor activity by DELLA proteins.
履歴
登録2025年2月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 298.04 Å		0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 298.04 Å		0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 298.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7451 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 9.369999999999999
最小 - 最大-41.652070000000002 - 55.076588000000001
平均 (標準偏差)0.00055715843 (±1.0397624)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 298.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Heterotetramer of RGA, GID1A, SLY1, and ASK2

全体名称: Heterotetramer of RGA, GID1A, SLY1, and ASK2
要素
  • 複合体: Heterotetramer of RGA, GID1A, SLY1, and ASK2
    • タンパク質・ペプチド: DELLA protein RGA
    • タンパク質・ペプチド: Gibberellin receptor GID1A
    • タンパク質・ペプチド: F-box protein GID2
    • タンパク質・ペプチド: SKP1-like protein 1B
  • リガンド: GIBBERELLIN A3

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超分子 #1: Heterotetramer of RGA, GID1A, SLY1, and ASK2

超分子名称: Heterotetramer of RGA, GID1A, SLY1, and ASK2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Heterotetramer of the DELLA protein RGA, gibberellin receptor GID1A, F-box protein SLY1, and SKP1-like protein ASK2
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 140 KDa

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分子 #1: DELLA protein RGA

分子名称: DELLA protein RGA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 64.113125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSKRDHHQFQ GRLSNHGTSS SSSSISKDKM MMVKKEEDGG GNMDDELLAV LGYKVRSSEM AEVALKLEQL ETMMSNVQED GLSHLATDT VHYNPSELYS WLDNMLSELN PPPLPASSNG LDPVLPSPEI CGFPASDYDL KVIPGNAIYQ FPAIDSSSSS N NQNKRLKS ...文字列:
GSKRDHHQFQ GRLSNHGTSS SSSSISKDKM MMVKKEEDGG GNMDDELLAV LGYKVRSSEM AEVALKLEQL ETMMSNVQED GLSHLATDT VHYNPSELYS WLDNMLSELN PPPLPASSNG LDPVLPSPEI CGFPASDYDL KVIPGNAIYQ FPAIDSSSSS N NQNKRLKS CSSPDSMVTS TSTGTQIGGV IGTTVTTTTT TTTAAGESTR SVILVDSQEN GVRLVHALMA CAEAIQQNNL TL AEALVKQ IGCLAVSQAG AMRKVATYFA EALARRIYRL SPPQNQIDHC LSDTLQMHFY ETCPYLKFAH FTANQAILEA FEG KKRVHV IDFSMNQGLQ WPALMQALAL REGGPPTFRL TGIGPPAPDN SDHLHEVGCK LAQLAEAIHV EFEYRGFVAN SLAD LDASM LELRPSDTEA VAVNSVFELH KLLGRPGGIE KVLGVVKQIK PVIFTVVEQE SNHNGPVFLD RFTESLHYYS TLFDS LEGV PNSQDKVMSE VYLGKQICNL VACEGPDRVE RHETLSQWGN RFGSSGLAPA HLGSNAFKQA SMLLSVFNSG QGYRVE ESN GCLMLGWHTR PLITTSAWKL STAAY

UniProtKB: DELLA protein RGA

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分子 #2: Gibberellin receptor GID1A

分子名称: Gibberellin receptor GID1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 38.808922 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSMAASDEVN LIESRTVVPL NTWVLISNFK VAYNILRRPD GTFNRHLAEY LDRKVTANAN PVDGVFSFDV LIDRRINLLS RVYRPAYAD QEQPPSILDL EKPVDGDIVP VILFFHGGSF AHSSANSAIY DTLCRRLVGL CKCVVVSVNY RRAPENPYPC A YDDGWIAL ...文字列:
GSMAASDEVN LIESRTVVPL NTWVLISNFK VAYNILRRPD GTFNRHLAEY LDRKVTANAN PVDGVFSFDV LIDRRINLLS RVYRPAYAD QEQPPSILDL EKPVDGDIVP VILFFHGGSF AHSSANSAIY DTLCRRLVGL CKCVVVSVNY RRAPENPYPC A YDDGWIAL NWVNSRSWLK SKKDSKVHIF LAGDSSGGNI AHNVALRAGE SGIDVLGNIL LNPMFGGNER TESEKSLDGK YF VTVRDRD WYWKAFLPEG EDREHPACNP FSPRGKSLEG VSFPKSLVVV AGLDLIRDWQ LAYAEGLKKA GQEVKLMHLE KAT VGFYLL PNNNHFHNVM DEISAFVNAE C

UniProtKB: Gibberellin receptor GID1A

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分子 #3: F-box protein GID2

分子名称: F-box protein GID2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 17.628209 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GSMKRSTTDS DLAGDAHNET NKKMKSTEEE EIGFSNLDEN LVYEVLKHVD AKTLAMSSCV SKIWHKTAQD ERLWELICTR HWTNIGCGQ NQLRSVVLAL GGFRRLHSLY LWPLSKPNPR ARFGKDELKL TLSLLSIRYY EKMSFTKRPL PESK

UniProtKB: F-box protein GID2

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分子 #4: SKP1-like protein 1B

分子名称: SKP1-like protein 1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 19.262406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GSMSTVRKIT LKSSDGENFE IDEAVALESQ TIKHMIEDDC TDNGIPLPNV TSKILSKVIE YCKRHVEAAE KSETTADAAA ATTTTTVAS GSSDEDLKTW DSEFIKVDQG TLFDLILAAN YLNIKGLLDL TCQTVADMIK GKTPEEIRKT FNIKNDFTPE E EEEVRREN QWAFE

UniProtKB: SKP1-like protein 1B

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分子 #5: GIBBERELLIN A3

分子名称: GIBBERELLIN A3 / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GA3
分子量理論値: 346.374 Da
Chemical component information

ChemComp-GA3:
GIBBERELLIN A3 / ジベレリン酸 / ホルモン*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2183664
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65737
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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