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Structure paper

タイトルStructural insights into gibberellin-mediated DELLA protein degradation.
ジャーナル・号・ページMol Plant, Vol. 18, Issue 7, Page 1210-1221, Year 2025
掲載日2025年7月7日
著者Soyaab Islam / Kunwoong Park / Jing Xia / Eunju Kwon / Dong Young Kim /
PubMed 要旨Gibberellin promotes plant growth by downregulating DELLA proteins, which act as growth repressors. In the presence of gibberellin, the gibberellin receptor GID1 binds DELLA proteins, triggering ...Gibberellin promotes plant growth by downregulating DELLA proteins, which act as growth repressors. In the presence of gibberellin, the gibberellin receptor GID1 binds DELLA proteins, triggering their degradation through polyubiquitination by the SCF ubiquitin E3 ligase. Despite extensive studies, the molecular mechanisms by which DELLA proteins assemble with SCF to regulate plant growth remain poorly understood. Here, we present two cryo-electron microscopy structures of the Arabidopsis thaliana DELLA protein RGA in complex with GID1A and GID1A-SLY1-ASK2, respectively. Structural analyses revealed that RGA interacts with GID1A and SLY1 through nonoverlapping binding surfaces, stabilizing the proteins. This suggests that the SCF-RGA-GID1A complex assembles through a stepwise stabilization process induced by gibberellin. Furthermore, structural comparison with GRAS proteins indicates that RGA does not interact with IDD-family transcription factors when bound to SLY1, suggesting that DELLA protein binding to GID1/SLY1 and to transcription factors is mutually exclusive. These findings provide new insights into the gibberellin-mediated regulation of transcription factor activity by DELLA proteins.
リンクMol Plant / PubMed:40542507
手法EM (単粒子)
解像度2.66 - 3.07 Å
構造データ

63398

9lum

EMDB-63398, PDB-9lum:
Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana RGA in complex with GID1A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

63399

9lun

EMDB-63399, PDB-9lun:
Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana RGA in complex with GID1A, SLY1, and ASK2 (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

63400

9luo

EMDB-63400, PDB-9luo:
Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana RGA in complex with GID1A, SLY1, and ASK2 (focused map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

63401

9lup

EMDB-63401, PDB-9lup:
Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana RGA in complex with GID1A, SLY1, and ASK2 (composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-GA3:
GIBBERELLIN A3 / ジベレリン酸 / ホルモン*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードHORMONE / Gibberellin / DELLA motif / GRAS domain / Plant growth

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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