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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6337 | |||||||||
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タイトル | Structure of the L-protein of vesicular stomatitis virus from electron cryomicroscopy | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the L-protein of vesicular stomatitis virus | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNA-dependent RNA polymerase / RNA capping / cryoEM single-particle analysis | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity ...NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vesicular stomatitis virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Liang B / Li Z / Jenni S / Rameh AA / Morin BM / Grant T / Grigorieff N / Harrison SC / Whelan SPJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2015 タイトル: Structure of the L Protein of Vesicular Stomatitis Virus from Electron Cryomicroscopy. 著者: Bo Liang / Zongli Li / Simon Jenni / Amal A Rahmeh / Benjamin M Morin / Timothy Grant / Nikolaus Grigorieff / Stephen C Harrison / Sean P J Whelan / 要旨: The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses, a group that includes Ebola and rabies viruses, catalyze RNA-dependent RNA polymerization with viral ribonucleoprotein as ...The large (L) proteins of non-segmented, negative-strand RNA viruses, a group that includes Ebola and rabies viruses, catalyze RNA-dependent RNA polymerization with viral ribonucleoprotein as template, a non-canonical sequence of capping and methylation reactions, and polyadenylation of viral messages. We have determined by electron cryomicroscopy the structure of the vesicular stomatitis virus (VSV) L protein. The density map, at a resolution of 3.8 Å, has led to an atomic model for nearly all of the 2109-residue polypeptide chain, which comprises three enzymatic domains (RNA-dependent RNA polymerase [RdRp], polyribonucleotidyl transferase [PRNTase], and methyltransferase) and two structural domains. The RdRp resembles the corresponding enzymatic regions of dsRNA virus polymerases and influenza virus polymerase. A loop from the PRNTase (capping) domain projects into the catalytic site of the RdRp, where it appears to have the role of a priming loop and to couple product elongation to large-scale conformational changes in L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6337.map.gz | 6.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6337-v30.xml emd-6337.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6337.gif 80_6337.gif | 82.4 KB 5 KB | ||
Filedesc structureFactors | emd_6337_sf.cif.gz | 1.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6337 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6337 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6337_validation.pdf.gz | 281.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6337_full_validation.pdf.gz | 280.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6337_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6337 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6337 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6337.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the L-protein of vesicular stomatitis virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.237 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : VSV-L
全体 | 名称: VSV-L |
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要素 |
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-超分子 #1000: VSV-L
超分子 | 名称: VSV-L / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One monomer of VSV-L bound to one monomer of P Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: VSV large protein
分子 | 名称: VSV large protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: VSV-L / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Vesicular stomatitis virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 240 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: Sf21 |
-分子 #2: VSV phosphoprotein
分子 | 名称: VSV phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: P / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Vesicular stomatitis virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 10 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: BL21 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.35 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 25 mM HEPES, 250 mM NaCl, 6 mM MgSO4, 0.5 mM TCEP |
グリッド | 詳細: 400 mesh Quantifoil R1.2/1.3 Cu grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 65 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I 手法: Blot time 2 seconds, drain time 1 second before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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詳細 | Beam intensity: 8 electrons/pixel/s Movie mode: 30 frames, 5 frames/s |
日付 | 2014年8月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 1272 / 平均電子線量: 31 e/Å2 詳細: Images are the sums of all 30 aligned movie frames (high dose) or frames 3 - 12 (low-dose). |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 40410 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: CT3500 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | An initial map was obtained with EMAN2, IMAGIC, and TIGRIS. CTF was determined using CTFFIND3. Refinement and classification were done using Frealign. |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, IMAGIC, Frealign 詳細: The final map represents the best class out of three classes. 使用した粒子像数: 74940 |
最終 2次元分類 | クラス数: 3 |