[日本語] English
- EMDB-63358: Cryo-EM structure of the Klebsiella pneumoniae CitS (citrate-boun... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63358
タイトルCryo-EM structure of the Klebsiella pneumoniae CitS (citrate-bound occluded state)
マップデータ
試料
  • 複合体: CitS
    • タンパク質・ペプチド: Citrate/sodium symporter
  • リガンド: CITRIC ACID
  • リガンド: PALMITIC ACID
キーワードDisulfide-bridged diabody / cryo-electron microscopy (cryo-EM) / small protein imaging / structural marker / antibody engineering / protein nanotechnology / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate metabolic process / symporter activity / organic anion transmembrane transporter activity / sodium ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
2-hydroxycarboxylate transporter / 2-hydroxycarboxylate transporter, Proteobacteria/Firmicutes / 2-hydroxycarboxylate transporter family
類似検索 - ドメイン・相同性
Citrate/sodium symporter
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kim S / Kim JW / Park JG / Lee SS / Choi SH / Lee J-O / Jin MS
資金援助 韓国, 3件
OrganizationGrant number
Samsung Science and Technology FoundationSSTF-BA1702-14 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00344154 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00440614 韓国
引用ジャーナル: Structure / : 2025
タイトル: Disulfide-stabilized diabodies enable near-atomic cryo-EM imaging of small proteins: A case study of the bacterial Na/citrate symporter CitS.
著者: Subin Kim / Ji Won Kim / Jun Gyou Park / Sang Soo Lee / Seung Hun Choi / Jie-Oh Lee / Mi Sun Jin /
要旨: Diabodies are engineered antibody fragments with two antigen-binding Fv domains. Previously, we demonstrated that they are often highly flexible but can be rigidified by introducing a disulfide bond ...Diabodies are engineered antibody fragments with two antigen-binding Fv domains. Previously, we demonstrated that they are often highly flexible but can be rigidified by introducing a disulfide bond at the Fv interface. In this study, we explored the potential of disulfide-bridged, bispecific diabodies for near-atomic cryoelectron microscopy (cryo-EM) imaging of small proteins because they can predictably link target proteins to "structural marker" proteins. As a case study, we used the bacterial citrate transporter CitS as the target protein, and the horseshoe-shaped ectodomain of human Toll-like receptor 3 (TLR3) as the marker. We show that diabodies containing one or two disulfide bonds enabled the 3D reconstruction of CitS at resolutions of 3.3 Å and 3.1 Å, respectively. This resolution surpassed previous crystallographic results and allowed us to visualize the high-resolution structural features of the transporter. Our work expands the application of diabodies in structural biology to address a key limitation in the field.
履歴
登録2025年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63358.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 250 pix.
= 206.2 Å
0.82 Å/pix.
x 250 pix.
= 206.2 Å
0.82 Å/pix.
x 250 pix.
= 206.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8248 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0596
最小 - 最大-0.20902531 - 0.43008196
平均 (標準偏差)0.0018264703 (±0.015080544)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 206.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63358_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_63358_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
試料の構成要素

-
全体 : CitS

全体名称: CitS
要素
  • 複合体: CitS
    • タンパク質・ペプチド: Citrate/sodium symporter
  • リガンド: CITRIC ACID
  • リガンド: PALMITIC ACID

-
超分子 #1: CitS

超分子名称: CitS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

-
分子 #1: Citrate/sodium symporter

分子名称: Citrate/sodium symporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 47.592492 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTNMSQPPAT EKKGVSDLLG FKIFGMPLPL YAFALITLLL SHFYNALPTD IVGGFAIMFI IGAIFGEIGK RLPIFNKYIG GAPVMIFLV AAYFVYAGIF TQKEIDAISN VMDKSNFLNL FIAVLITGAI LSVNRRLLLK SLLGYIPTIL MGIVGASIFG I AIGLVFGI ...文字列:
MTNMSQPPAT EKKGVSDLLG FKIFGMPLPL YAFALITLLL SHFYNALPTD IVGGFAIMFI IGAIFGEIGK RLPIFNKYIG GAPVMIFLV AAYFVYAGIF TQKEIDAISN VMDKSNFLNL FIAVLITGAI LSVNRRLLLK SLLGYIPTIL MGIVGASIFG I AIGLVFGI PVDRIMMLYV LPIMGGGNGA GAVPLSEIYH SVTGRSREEY YSTAIAILTI ANIFAIVFAA VLDIIGKKHT WL SGEGELV RKASFKVEED EKTGQITHRE TAVGLVLSTT CFLLAYVVAK KILPSIGGVA IHYFAWMVLI VAALNASGLC SPE IKAGAK RLSDFFSKQL LWVLMVGVGV CYTDLQEIIN AITFANVVIA AIIVIGAVLG AAIGGWLMGF FPIESAITAG LCMA NRGGS GDLEVLSACN RMNLISYAQI SSRLGGGIVL VIASIVFGMM I

UniProtKB: Citrate/sodium symporter

-
分子 #2: CITRIC ACID

分子名称: CITRIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / : CIT
分子量理論値: 192.124 Da
Chemical component information

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸

-
分子 #3: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / : PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 235752
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る