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- EMDB-6333: Structure of DEC205 at acidic pH -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6333
タイトルStructure of DEC205 at acidic pH
マップデータReconstruction of DEC205 at acidic pH
試料
  • 試料: DEC205 ectodomain at pH 6.0
  • タンパク質・ペプチド: CD205, Lymphocyte antigen 75
キーワードdendritic cell receptor / apoptosis / cryoEM / mannose receptor family
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis / signaling receptor activity / carbohydrate binding / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MRC2-like, N-terminal cysteine-rich domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. ...MRC2-like, N-terminal cysteine-rich domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Kringle-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Lymphocyte antigen 75
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.6 Å
データ登録者Cao L / Shi X / Chang H / Zhang Q / Wah C / He Y
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: pH-Dependent recognition of apoptotic and necrotic cells by the human dendritic cell receptor DEC205.
著者: Longxing Cao / Xiangyi Shi / Haishuang Chang / Qinfen Zhang / Yongning He /
要旨: Dendritic cells play important roles in regulating innate and adaptive immune responses. DEC205 (CD205) is one of the major endocytotic receptors on dendritic cells and has been widely used for ...Dendritic cells play important roles in regulating innate and adaptive immune responses. DEC205 (CD205) is one of the major endocytotic receptors on dendritic cells and has been widely used for vaccine generation against viruses and tumors. However, little is known about its structure and functional mechanism. Here we determine the structure of the human DEC205 ectodomain by cryoelectron microscopy. The structure shows that the 12 extracellular domains form a compact double ring-shaped conformation at acidic pH and become extended at basic pH. Biochemical data indicate that the pH-dependent conformational change of DEC205 is correlated with ligand binding and release. DEC205 only binds to apoptotic and necrotic cells at acidic pH, whereas live cells cannot be recognized by DEC205 at either acidic or basic conditions. These results suggest that DEC205 is an immune receptor that recognizes apoptotic and necrotic cells specifically through a pH-dependent mechanism.
履歴
登録2015年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月27日-
マップ公開2015年5月27日-
更新2016年5月25日-
現状2016年5月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6333.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6333.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of DEC205 at acidic pH
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 128 pix.
= 174.08 Å		1.36 Å/pix.
x 128 pix.
= 174.08 Å		1.36 Å/pix.
x 128 pix.
= 174.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-2.22418284 - 31.99729919
平均 (標準偏差)0.32514369 (±1.81212509)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 174.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z174.080174.080174.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-2.22431.9970.325

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DEC205 ectodomain at pH 6.0

全体名称: DEC205 ectodomain at pH 6.0
要素
  • 試料: DEC205 ectodomain at pH 6.0
  • タンパク質・ペプチド: CD205, Lymphocyte antigen 75

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超分子 #1000: DEC205 ectodomain at pH 6.0

超分子名称: DEC205 ectodomain at pH 6.0 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量理論値: 191.2 MDa

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分子 #1: CD205, Lymphocyte antigen 75

分子名称: CD205, Lymphocyte antigen 75 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DEC205 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量理論値: 191.2 MDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: Human / 組換細胞: HEK293 / 組換プラスミド: pTT5
配列UniProtKB: Lymphocyte antigen 75

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 6 / 詳細: 150mM NaCl, 50mM Bis-Tris
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo
グリッド詳細: Quantifoil Holey Carbon Film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 6 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: in column filter
日付2012年4月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 153 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 11029 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

CTF補正詳細: whole micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, EMAN2 / 使用した粒子像数: 15723
最終 2次元分類クラス数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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