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万見
- EMDB-62948: The composite cryo-EM structure of the head-to-tail connector and... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62948
タイトルThe composite cryo-EM structure of the head-to-tail connector and head-proximal tail components of bacteriophage phiXacJX1
マップデータ
試料
  • ウイルス: Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: portal protein gp1
    • タンパク質・ペプチド: adaptor protein gp5
    • タンパク質・ペプチド: stopper protein gp6
    • タンパク質・ペプチド: terminator protein gp8
    • タンパク質・ペプチド: tube protein gp9
キーワードXanthomonas phage / head-to-tail connector / tail / VIRUS
生物種Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Guo M / Wang A / Zheng Y / Liu C / Shao Q / Fang Q
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of a Xanthomonas phage: Insights into viral architecture and implications for the model phage HK97.
著者: Mingcheng Guo / Aohan Wang / Yaqi Zheng / Chaoying Liu / Qianqian Shao / Yunfei Deng / Lin Li / Yueting Wang / Xiaofang Wang / Yue Shen / Jun Qian / Xiaofeng Zhou / Qianglin Fang /
要旨: Xanthomonas bacteria are responsible for disease outbreaks in several hundred plant species, causing significant economic losses. Xanthomonas phages have emerged as a promising biocontrol strategy in ...Xanthomonas bacteria are responsible for disease outbreaks in several hundred plant species, causing significant economic losses. Xanthomonas phages have emerged as a promising biocontrol strategy in managing various important plant diseases caused by Xanthomonas bacteria. However, structural information for Xanthomonas phages has remained limited so far. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the Xanthomonas citri phage ΦXacJX1 from siphoviruses. These structures include atomic models for the head, head-to-tail connector and head-proximal portion of the tail. ΦXacJX1's head and head-to-tail connector components show significant protein sequence and structural homology with those of the model siphophage HK97. However, the in-situ structures of head-to-tail connector of phage HK97 remain unavailable. The presented structures of phage ΦXacJX1 enhance our understanding of Xanthomonas phages and the mature virion of phage HK97. They provide a valuable framework for future structural and functional studies on both Xanthomonas phages and phage HK97.
履歴
登録2025年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62948.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62948.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.37 Å/pix.
x 400 pix.
= 548.8 Å		1.37 Å/pix.
x 400 pix.
= 548.8 Å		1.37 Å/pix.
x 400 pix.
= 548.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.372 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5
最小 - 最大-23.438337000000001 - 39.166110000000003
平均 (標準偏差)0.00096393004 (±1.0469015)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 548.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Xanthomonas phage phiXacJX1

全体名称: Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: portal protein gp1
    • タンパク質・ペプチド: adaptor protein gp5
    • タンパク質・ペプチド: stopper protein gp6
    • タンパク質・ペプチド: terminator protein gp8
    • タンパク質・ペプチド: tube protein gp9

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超分子 #1: Xanthomonas phage phiXacJX1

超分子名称: Xanthomonas phage phiXacJX1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 3374911 / 生物種: Xanthomonas phage phiXacJX1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Xanthomonas citri pv. citri (バクテリア)

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分子 #1: portal protein gp1

分子名称: portal protein gp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: This protein corresponds to a novel sequence that is not yet available in UniProt. The current reference for the sequence is GenBank Accession Number: PQ476032.1
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
分子量理論値: 46.652449 KDa
配列文字列: MSENERPGLL GRVMSAFKPK AADAVTVASF SQRDAGLYIG SRFTSDAGRE VSVQTAMSLD AVQACVKLIS QSIAAMPLYL YKKTPDGRK EAVNHPLYDL LLSAPNSSQT AFEFFECILT AMLLHGNAYV RKLMSNGKIE SLQFMHSSRL TISQDARGAY K YAYRKLDG ...文字列:
MSENERPGLL GRVMSAFKPK AADAVTVASF SQRDAGLYIG SRFTSDAGRE VSVQTAMSLD AVQACVKLIS QSIAAMPLYL YKKTPDGRK EAVNHPLYDL LLSAPNSSQT AFEFFECILT AMLLHGNAYV RKLMSNGKIE SLQFMHSSRL TISQDARGAY K YAYRKLDG TQIDVPSAQV WKIRGYSLDG ENGISAIQYG AQVFGTALAA ERQAGRAFTN GNLQQIYYSV AAFLTPEQRE QF SANVAQS VESGRTPVLE GGIDVKALGL NPADAQLLQS RNYSVESICR FFAVPPSMIG HASAGTTSWG SGIEAQQLAF LGL TLAPWL RRIEQSLSLD LLTPGERRQY FVDYDVTTLL RADSAARSSF YATMVNNGVM TRDECREAEG LPKLGGNASV LTVQ SAMVP LDEITNNTGA DPAAAQGTTS LDRSAQ

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分子 #2: adaptor protein gp5

分子名称: adaptor protein gp5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: This protein corresponds to a novel sequence that is not yet available in UniProt. The current reference for the sequence is GenBank Accession Number: PQ476032.1
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
分子量理論値: 12.313031 KDa
配列文字列:
MALTLAMVQR HLQADLIEDD ERSYVMEQLL PAARESAEMF LNRNIYSTSE ELAAAVAAGT AGQYPLVTPR AVEQAILLML GDFYRDREA TGKPVSTSAH NLLYPYRVKV GV

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分子 #3: stopper protein gp6

分子名称: stopper protein gp6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: This protein corresponds to a novel sequence that is not yet available in UniProt. The current reference for the sequence is GenBank Accession Number: PQ476032.1
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
分子量理論値: 13.217896 KDa
配列文字列:
MPISAGSLKT RLLAQRRTSG TDDWGAPVQG WSDLGLFSGD VKNDTGLGAI RTAAGSGLPA SIAKYSIKVR SEVIRRWSIN SADRIIGRL PFSTQEMVFS VTGVISDFAD PSMAYILVEA GADEQ

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分子 #4: terminator protein gp8

分子名称: terminator protein gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: This protein corresponds to a novel sequence that is not yet available in UniProt. The current reference for the sequence is GenBank Accession Number: PQ476032.1
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
分子量理論値: 13.10487 KDa
配列文字列:
MTYGPILKQL LSPYFSGRVF PDAAPDVPGQ DPYVIYQRVG GIPTYFTEGA LADKANARVQ LEVWSTSKQA TYEAMVHIMR SVAAAPAME PLGQPIDDYE PALRIYGSRV DISMYYNLT

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分子 #5: tube protein gp9

分子名称: tube protein gp9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: This protein corresponds to a novel sequence that is not yet available in UniProt. The current reference for the sequence is GenBank Accession Number: PQ476032.1
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
分子量理論値: 22.31592 KDa
配列文字列: MALTLPKGIV FGFAPITSTT SSVTGVTRAA PPVATGTMLT AGTTVLVRSN TWTGINNRIS VVDANKALQG FDTTDTTTYP GTSGPVELI TVGAFVNFTQ QGEPSTSGGD QQFWNGQLLE DRSGRQLAIP TFKNAKTLTL PLYMDTSLPW YAAAKAADAR G EPVAVRML ...文字列:
MALTLPKGIV FGFAPITSTT SSVTGVTRAA PPVATGTMLT AGTTVLVRSN TWTGINNRIS VVDANKALQG FDTTDTTTYP GTSGPVELI TVGAFVNFTQ QGEPSTSGGD QQFWNGQLLE DRSGRQLAIP TFKNAKTLTL PLYMDTSLPW YAAAKAADAR G EPVAVRML LPNGDASYNY GYMSFDGDAT ITANAPITNV ATFTFLSDST LVEA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 26.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 109188
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 79701
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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