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万見
- EMDB-6292: An EM structure of the helicase-loader complex in G. kaustophilus... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6292
タイトルAn EM structure of the helicase-loader complex in G. kaustophilus suggesting an early stage conformation in Gram-positive bacteria
マップデータReconstruction of the GkDnaC-GkDnaI helicase-loader complex in a putative early stage conformation
試料
  • 試料: GkDnaC-GkDnaI helicase-loader complex
  • タンパク質・ペプチド: GkDnaC-GkDnaI complex
キーワードDNA replication / primosome assembly / helicase-loader complex
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Lin Y-C / Vankadari N / Hsiao C-D
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An EM structure of the helicase-loader complex in G. kaustophilus suggesting an early stage conformation
著者: Lin Y-C / Vankadari N / Hsiao C-D
履歴
登録2015年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月22日-
マップ公開2016年3月23日-
更新2016年3月23日-
現状2016年3月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.066
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.066
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6292.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the GkDnaC-GkDnaI helicase-loader complex in a putative early stage conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.75 Å/pix.
x 120 pix.
= 210. Å		1.75 Å/pix.
x 120 pix.
= 210. Å		1.75 Å/pix.
x 120 pix.
= 210. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.066 / ムービー #1: 0.066
最小 - 最大-0.02440098 - 0.15767528
平均 (標準偏差)0.01170473 (±0.02987073)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 210.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.751.751.75
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z210.000210.000210.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.0240.1580.012

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GkDnaC-GkDnaI helicase-loader complex

全体名称: GkDnaC-GkDnaI helicase-loader complex
要素
  • 試料: GkDnaC-GkDnaI helicase-loader complex
  • タンパク質・ペプチド: GkDnaC-GkDnaI complex

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超分子 #1000: GkDnaC-GkDnaI helicase-loader complex

超分子名称: GkDnaC-GkDnaI helicase-loader complex / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One homohexamer of GkDnaC binds to one dimer (or two monomers) of GkDnaI
Number unique components: 2
分子量理論値: 378 KDa

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分子 #1: GkDnaC-GkDnaI complex

分子名称: GkDnaC-GkDnaI complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
集合状態: one GkDnaC hexamer + two GkDnaI monomer (or one GkDnaI dimer)
組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Geobacillus kaustophilus (バクテリア) / 株: HTA426
分子量理論値: 378 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21DE3

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.5, 200 mM NaCl, 5mM MgCl2, 1 mM beta-mercaptoethanol, 1 mM ATP-gamma-S
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated sequentially on three drops of 0.75 % w/v uranyl formate each for 20 seconds and then left for staining for 1 minute.
グリッド詳細: 300 mesh Cu grid with thin carbon support, glow discharged in atmosphere
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 298 K
日付2013年5月26日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 25 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 85658 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 50
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were semi-automatically selected using EMAN2 package and manually checked.
CTF補正詳細: CTFFIND3
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, Relion / 使用した粒子像数: 10214

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4nmn


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Homologous models of GkDnaC and GkDnaI using 4NMN Chain A and 4M4W Chain O as templates respectively were docked into the reconstructed EM map.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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