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万見
- EMDB-62912: Cryo-EM structure of bacteriophage T1 tail tip complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62912
タイトルCryo-EM structure of bacteriophage T1 tail tip complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Escherichia phage T1
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail assembly protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative minor tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative minor tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Tape measure protein
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードtail tip complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail / iron-sulfur cluster binding / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage tail tape measure, C-terminal / Bacteriophage tail tape measure, N-terminal / Tape measure protein / Prophage tail length tape measure protein / Lambda phage tail tape-measure protein (Tape_meas_lam_C) / Bacteriophage lambda, Tail tip protein L / Bacteriophage lambda, Tail tip protein M / Bacteriophage lambda tail assembly I / Phage minor tail protein L / Phage minor tail protein ...Bacteriophage tail tape measure, C-terminal / Bacteriophage tail tape measure, N-terminal / Tape measure protein / Prophage tail length tape measure protein / Lambda phage tail tape-measure protein (Tape_meas_lam_C) / Bacteriophage lambda, Tail tip protein L / Bacteriophage lambda, Tail tip protein M / Bacteriophage lambda tail assembly I / Phage minor tail protein L / Phage minor tail protein / Bacteriophage lambda tail assembly protein I / : / : / Tip attachment protein J,FNIII-A domain / Domain of unknown function DUF1983 / Bacteriophage tail tip fiber protein / Tip attachment protein J / Putative phage tail protein / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative tail fiber protein / Putative minor tail protein / Putative tail assembly protein / Putative minor tail protein / Tape measure protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Chen Y / Liu HR
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32430020 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The in situ structure of T-series T1 reveals a conserved Lambda-like tail tip
著者: Chen Y / Liu HR
履歴
登録2024年12月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62912.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 240 pix.
= 326.4 Å		1.36 Å/pix.
x 240 pix.
= 326.4 Å		1.36 Å/pix.
x 240 pix.
= 326.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-8.842487 - 25.300173000000001
平均 (標準偏差)0.0021388608 (±0.81859267)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 326.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62912_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62912_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage T1

全体名称: Escherichia phage T1 (ファージ)
要素
  • 複合体: Escherichia phage T1
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative tail assembly protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative minor tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative minor tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Tape measure protein
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Escherichia phage T1

超分子名称: Escherichia phage T1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Escherichia phage T1 (ファージ)

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分子 #1: Putative tail fiber protein

分子名称: Putative tail fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T1 (ファージ)
分子量理論値: 130.265047 KDa
配列文字列: MIQKVISGSK GGSQKPHNPV EMEDNLISIN KIKILLAVSD GEIDETFSLK QLMFNSVPVQ NEDGSFNFEG VKAEFRPGTQ TQEYIKGME DSSSEVTVNR EVTTDNPYTI SVTNKTLSAI RIKMFMPRGV RIESNGDKNG VRVEYEVQQA VDGGSFETVL T DVIEGKTM ...文字列:
MIQKVISGSK GGSQKPHNPV EMEDNLISIN KIKILLAVSD GEIDETFSLK QLMFNSVPVQ NEDGSFNFEG VKAEFRPGTQ TQEYIKGME DSSSEVTVNR EVTTDNPYTI SVTNKTLSAI RIKMFMPRGV RIESNGDKNG VRVEYEVQQA VDGGSFETVL T DVIEGKTM SGYDRSRRVN LPNFNNQVIF RVVRKTPDSN DSNVVDAIQV KSYAEVIDAK FRYPLTGLLF VEFDSKMFPN QL PTISIRK RWKIVNVPSN YDPESRTYNG NWDGTFKKAW TNNPAWVLYD LMINQRYGLD QKELGIAVDK WALYEAAQYC DQM VPDGKG GTEPRYLCDV IIQSQTDAYK VIRDICSIFR GMSFWNGESI SVIIDRPREP AYIFTNDNVV NGDFSYTFAS EKSM YTTCN VMFDDEQNMY QQDVEPVFDR EATLRFGNNV TSITAIGCTR RSEANRRGRW ILKTNLRSTT VNFATGLEGM IPTIG DVVA IADNFWSSNL TMNLSGRLLE VSGSQIFLPF RVDARAGDFI IVNKPDGKPV KRTISSVSAD GKTIEVNIGF GFPVKP NTV FAIDRTDIAL QQYVVTKIDK GDDDEEFTYK ITAVEYDPNK YDEIDYGVNI DDRPTSIVEP DQIPRPKNVQ VSSESRI VQ GMSVETMIVS WDKVPYAVFY DVQWRKDNGN WQNVPQTANK EVYVEGIYAG NYQVRVRSVA GSGTTSGWSN IVAATLTG K QGEPGRPINL TATDDVVFGI RTKWGFSDGS GDTAYTELQQ SPDGTVDNAS LLSLIPYPQH EYYHSPMPGG NIVWYRVRT VDRIGNVSQW TDFVRGMAST NVDDIIGEIS VDIENSPGYE WLVDNATDNA AQNSANAEAA IENALANDKD AIYMKKENGK RKAEYTKSL KLIADETQAR VTAIEQLKAS FGDQISASNS ELREVIATET EALSREIDQL KAQIGDDIQA SLTDIREVIA T ETEALSRE IDQLKAQIGD DIQASLTDIR EAIANETEAR TQADLTLSAR LGNNEAALAQ KLDSWSNADS TGAMYGVKLG LK YNGQEYS AGMAMSLVGS GAAVKAQILF EASRFAIMTG MNGQTQYPFV VENGQVILSS AIIKNGFITN AMIGNFIQSN NYV FNQSGW RLDKGGTFEN YGSDGEGAMK QTNTTISVRD ASGRLRVQIG RLTGSW

UniProtKB: Putative tail fiber protein

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分子 #2: Putative tail assembly protein

分子名称: Putative tail assembly protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T1 (ファージ)
分子量理論値: 20.916922 KDa
配列文字列: MNDVKVIKLS GSLGRRFGVF HRYAVDSYPE AIRALSSQVD GFKEYMQSEV GSRSKFAIFV DGVNVGHHEE EKFKCAKEIR IVPIPTGSK TGGLFQVVLG AAIMVAAFYT GGASLALMGT MSSSLFMMGG AMVLGGVMQM ISPQPGGANF EVQSSKNKPS Y AFGGAVNT ...文字列:
MNDVKVIKLS GSLGRRFGVF HRYAVDSYPE AIRALSSQVD GFKEYMQSEV GSRSKFAIFV DGVNVGHHEE EKFKCAKEIR IVPIPTGSK TGGLFQVVLG AAIMVAAFYT GGASLALMGT MSSSLFMMGG AMVLGGVMQM ISPQPGGANF EVQSSKNKPS Y AFGGAVNT TAAGYPLPVP YGYRAGGGAT FSAGSYAEDM S

UniProtKB: Putative tail assembly protein

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分子 #3: Putative minor tail protein

分子名称: Putative minor tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T1 (ファージ)
分子量理論値: 29.058648 KDa
配列文字列: MSENKKLYDE ESGKSLFHNC LQSLYPGEII TLIEVDGSKF GAQVYRFHGE NIQYTPEEIM QAQQTGTLPP KEITFRGEKY GARPFGISG ISFDSSGKAT KPQLTVANID SRVSAMIRAY NGLMQAKVTI WITQRELINS DGSIADGAYR KLVYYIERPN Y VDKSVARF ...文字列:
MSENKKLYDE ESGKSLFHNC LQSLYPGEII TLIEVDGSKF GAQVYRFHGE NIQYTPEEIM QAQQTGTLPP KEITFRGEKY GARPFGISG ISFDSSGKAT KPQLTVANID SRVSAMIRAY NGLMQAKVTI WITQRELINS DGSIADGAYR KLVYYIERPN Y VDKSVARF DLTSPYDMDG IMIPSRLTQS VCYFAQRGWY KTGKGCGYNG QNGYFDKDNN PVDDPSLDFC PGTVTACRLR FG ANNELDF GGCAVASLQR KNQ

UniProtKB: Putative minor tail protein

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分子 #4: Putative minor tail protein

分子名称: Putative minor tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T1 (ファージ)
分子量理論値: 12.992562 KDa
配列文字列:
MATLDTFGWC TQVQGGGGSL TTTNSDRSIQ FGNGYMQLAS SGFNTTRREY SVVYAGEDFM AVYDFCNSHR IKPFAWTPPD GKIGIWVVK PNSLGAKPVS RDVMEINVTF MEQFTSME

UniProtKB: Putative minor tail protein

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分子 #5: Tape measure protein

分子名称: Tape measure protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T1 (ファージ)
分子量理論値: 103.784391 KDa
配列文字列: MVDKVAGLSL DVDVSTVQRA VKSLKEFSKA NDQAADSMGS LINESEVAKQ KAKEHAEQLR RQRKEYEAVE KAIDPTVSKM ERLKIASQQ LDKLWQQGVV PDETFFRLGE MLDLQNAKLA RSRAMLTEEG QAALQEAKAK EQAAVRSKAF MDALNGQVNA I GKTHAELM ...文字列:
MVDKVAGLSL DVDVSTVQRA VKSLKEFSKA NDQAADSMGS LINESEVAKQ KAKEHAEQLR RQRKEYEAVE KAIDPTVSKM ERLKIASQQ LDKLWQQGVV PDETFFRLGE MLDLQNAKLA RSRAMLTEEG QAALQEAKAK EQAAVRSKAF MDALNGQVNA I GKTHAELM ELKAAELGLS KEAAPLIAKL KDQGRAMNAA GISAGEYRQA MRMLPAQITD VVTSLASGMP VWMVAIQQGG QI KDSFGGI GNTFKVLLSY INPVTAGVGV LVGSLGILAK AGYDSYKSIT DIQNALIETG GYAGVTAEEL DSVSKKIAQT SNS TIGSIR EIVTELASSG KYTREQIQNI TKATAEWSAS TGKSASQIIS EFEKIASDPV KGLKKLNEQY NFLEKGQLTY IDTL SRTKG ETEAVSEATK LFADVMEKRM KSIADNATPL EKMWSDIKQW ASDAWGWVGD HTLGALNLII DVVQGTVIQV KMILA KGDE YISNFIASAI KATQSLPGMS DFGADVLKEQ ENIVKSSRDN YDQLASDLDA INARVEKGEM GYIEAMRQRR TLEKQY SEE TKEAIRKEAE EIEKRNRERN KQSKIVRSPT EQFDKELISL RAQLKVLQEH KEIGQKLSAQ RKALFTTEAT IAVLREA SS KRQLSAEEKA LLASQERVIE LAKQKAEIGD QIVKQQQLND LTDKSLKFVN EMTAATEQLN ASRGLSTRDM ERQAELAK I TTDYINSGGS EGDEKLQNMI KAQNDYYAAE DAKRADWLAG AESAFADYGD AAMDMYGNVN EIASSALNGM SDMMVQFLT TGKANFEDFA KNIIGMIIKM IAQMVIFNTI SGMMGGKTWS FAGGASSGAS AASQATPTPA ASVFRSVSSG GAAVSLAAAA GSVATSGFN ASNSAPKVVN HSGGGTVVDV SGMEVKVDNG SDPRGISQGV EMMFKKMIRE SCSQGGEVYN YIQEKTGG

UniProtKB: Tape measure protein

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分子 #6: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4467
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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