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万見
- EMDB-6290: Negative stain reconstruction of bovine dynactin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6290
タイトルNegative stain reconstruction of bovine dynactin complex
マップデータNegative stain reconstruction of bovine dynactin complex
試料
  • 試料: Bovine dynactin complex
  • タンパク質・ペプチド: x 11種
キーワードdynactin / actin-related proteins / dynein
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Chowdhury S / Ketcham SA / Schroer TA / Lander GC
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Structural organization of the dynein-dynactin complex bound to microtubules.
著者: Saikat Chowdhury / Stephanie A Ketcham / Trina A Schroer / Gabriel C Lander /
要旨: Cytoplasmic dynein associates with dynactin to drive cargo movement on microtubules, but the structure of the dynein-dynactin complex is unknown. Using electron microscopy, we determined the ...Cytoplasmic dynein associates with dynactin to drive cargo movement on microtubules, but the structure of the dynein-dynactin complex is unknown. Using electron microscopy, we determined the organization of native bovine dynein, dynactin and the dynein-dynactin-microtubule quaternary complex. In the microtubule-bound complex, the dynein motor domains are positioned for processive unidirectional movement, and the cargo-binding domains of both dynein and dynactin are accessible.
履歴
登録2015年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月11日-
マップ公開2015年3月11日-
更新2015年5月27日-
現状2015年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6290.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain reconstruction of bovine dynactin complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 182 pix.
= 746.2 Å		4.1 Å/pix.
x 182 pix.
= 746.2 Å		4.1 Å/pix.
x 182 pix.
= 746.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.14 / ムービー #1: 2.14
最小 - 最大-1.95755327 - 40.294017789999998
平均 (標準偏差)0.05338419 (±0.84441221)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ182182182
Spacing182182182
セルA=B=C: 746.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z182182182
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z746.200746.200746.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ145145145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS182182182
D min/max/mean-1.95840.2940.053

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bovine dynactin complex

全体名称: Bovine dynactin complex
要素
  • 試料: Bovine dynactin complex
  • タンパク質・ペプチド: p150Glued
  • タンパク質・ペプチド: p50
  • タンパク質・ペプチド: p24
  • タンパク質・ペプチド: Arp1
  • タンパク質・ペプチド: Actin
  • タンパク質・ペプチド: Arp11
  • タンパク質・ペプチド: p62
  • タンパク質・ペプチド: p25
  • タンパク質・ペプチド: p27
  • タンパク質・ペプチド: CapZ alpha
  • タンパク質・ペプチド: CapZ beta

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超分子 #1000: Bovine dynactin complex

超分子名称: Bovine dynactin complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse.
集合状態: One CapZ alpha, one capZ beta, two p150Glued, four p50/dynamitin, two p24, eight Arp1, one actin, one Arp11, one p25, one p27, one p62
Number unique components: 11
分子量実験値: 1 MDa / 理論値: 1 MDa

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分子 #1: p150Glued

分子名称: p150Glued / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: dynactin subunit 1 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #2: p50

分子名称: p50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Dynamitin / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 50 KDa

+
分子 #3: p24

分子名称: p24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 24 KDa

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分子 #4: Arp1

分子名称: Arp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 8 / 集合状態: Octamer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 42.6 KDa

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分子 #5: Actin

分子名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 42 KDa

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分子 #6: Arp11

分子名称: Arp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 42 KDa

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分子 #7: p62

分子名称: p62 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 62 KDa

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分子 #8: p25

分子名称: p25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 25 KDa

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分子 #9: p27

分子名称: p27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 27 KDa

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分子 #10: CapZ alpha

分子名称: CapZ alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 33 KDa

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分子 #11: CapZ beta

分子名称: CapZ beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 33 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 35 mM Tris, 5 mM MgSO4, 150 mM KCl, 1mM TCEP
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 4 uL of sample was applied to a freshly plasma-cleaned thin carbon surface that was pre-treated with 0.1% w/v poly-L-lysine hydrobromide. After removing excess protein, negative staining was ...詳細: 4 uL of sample was applied to a freshly plasma-cleaned thin carbon surface that was pre-treated with 0.1% w/v poly-L-lysine hydrobromide. After removing excess protein, negative staining was performed with 2% w/v uranyl formate solution.
グリッド詳細: 400 mesh Cu-Rh Maxtaform grid with a thin continuous carbon film on top
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
温度最低: 294 K / 最高: 297 K / 平均: 295 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism was corrected using a quadrupole stigmator at 52,000 times magnification.
日付2013年5月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 1978 / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: Data were collected using Leginon automated image acquisition software.
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.20 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダー: Room temperature holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Processing leading up to 3D reconstruction was performed using the Appion package. Particles were selected from micrographs using an automated template-based particle picker. The stack was subjected to five iterations of iterative 2D alignment and classification using multivariate statistical analysis (MSA) and multi-reference alignment (MRA). The clean particle stack was subsequently subjected to 3D refinement by iterative projection matching using EMAN2 and SPARX libraries.
CTF補正詳細: Phase flipping of whole micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, SPARX
詳細: Processing leading up to 3D reconstruction was performed using the Appion package. Particles were selected from micrographs using an automated template-based particle picker. The stack was ...詳細: Processing leading up to 3D reconstruction was performed using the Appion package. Particles were selected from micrographs using an automated template-based particle picker. The stack was subjected to five iterations of iterative 2D alignment and classification using multivariate statistical analysis (MSA) and multi-reference alignment (MRA). The clean particle stack was subsequently subjected to 3D refinement by iterative projection matching using EMAN2 and SPARX libraries.
使用した粒子像数: 46734
最終 角度割当詳細: EMAN2: az 90 degrees, alt 90 degrees, phi 90 degrees

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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