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- EMDB-62717: Cryo-EM structure of PSI-11ACPIs from Rhodomonas sp. NIES-2332 at... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62717
タイトルCryo-EM structure of PSI-11ACPIs from Rhodomonas sp. NIES-2332 at 2.14 angstrom resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I complex binding with 11 ACPIs
    • タンパク質・ペプチド: x 24種
  • リガンド: x 14種
キーワードphotosynthesis complex / PHOTOSYNTHESIS
生物種Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Zhang WY / Akita F / Shen JR
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22H04916 日本
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of PSI-ACPI and PSII-ACPII supercomplexes from a cryptophyte alga sp. NIES-2332.
著者: Wenyue Zhang / Nozomi Yonehara / Mizuki Ishii / Haowei Jiang / Romain La Rocca / Pi-Cheng Tsai / Hongjie Li / Koji Kato / Fusamichi Akita / Jian-Ren Shen
要旨: Light energy is converted to chemical energy by two photosystems (PSI and PSII) in complex with their light-harvesting complex proteins (LHCI and LHCII) in photosynthesis. is a member of cryptophyte ...Light energy is converted to chemical energy by two photosystems (PSI and PSII) in complex with their light-harvesting complex proteins (LHCI and LHCII) in photosynthesis. is a member of cryptophyte alga whose LHCs contain unique chlorophyll proteins (ACPs) and phycobiliproteins. We purified PSI-ACPI and PSII-ACPII supercomplexes from a cryptophyte sp. NIES-2332 and analyzed their structures at high resolutions of 2.08 Å and 2.17 Å, respectively, using cryo-electron microscopy. These structures are largely similar to those reported previously from two other species of cryptophytes, but exhibited some differences in both the pigment locations and subunit structures. A part of the antenna subunits of both photosystems is shifted compared with the previously reported structures from other species of cryptophytes, suggesting some differences in the energy transfer rates from the antenna to the PSI and PSII cores. Newly identified lipids are found to occupy the interfaces between the antennae and cores, which may be important for assembly and stabilization of the supercomplexes. Water molecules surrounding three iron-sulfur clusters of the PSI core are found in our high-resolution structure, some of which are conserved from cyanobacteria to higher plants but some are different. In addition, our structure of PSII-ACPII lacks the subunits of oxygen-evolving complex as well as the MnCaO cluster, suggesting that the cells are in the S-growth phase, yet the PSI-ACPI structure showed the binding of PsaQ, suggesting that it is in an L-phase. These results suggest that the S-phase and L-phase can co-exist in the cryptophytic cells. The high-resolution structures of both PSI-ACPIs and PSII-ACPIIs solved in this study provide a more solid structural basis for elucidating the energy transfer and quenching mechanisms in this group of the organisms.
履歴
登録2024年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2026年8月12日-
現状2026年8月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62717.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.727 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.032
最小 - 最大-0.14326389 - 0.3631105
平均 (標準偏差)0.00006482735 (±0.009539852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 436.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62717_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62717_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I complex binding with 11 ACPIs

全体名称: Photosystem I complex binding with 11 ACPIs
要素
  • 複合体: Photosystem I complex binding with 11 ACPIs
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-s
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-c
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-a
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-b
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-h
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-m
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-l
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-k
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-i
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-d
    • タンパク質・ペプチド: PsaR
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-n
    • タンパク質・ペプチド: PsaQ
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1R)-2,6,6-trimethylcyclohex-2-en-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohexene
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Photosystem I complex binding with 11 ACPIs

超分子名称: Photosystem I complex binding with 11 ACPIs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 726.968 KDa

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 83.441609 KDa
配列文字列: MTISSKEQEA KKVSITVDRD PVATSFEKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADVHDFD SHTNSLEDIS RKIFSAHFGQ LSIIFLWLS GMYFHGARFS NYSAWLSNPT AVKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGVQ VTSGFFQIWR ASGITSEVEL Y WCALAGLL ...文字列:
MTISSKEQEA KKVSITVDRD PVATSFEKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADVHDFD SHTNSLEDIS RKIFSAHFGQ LSIIFLWLS GMYFHGARFS NYSAWLSNPT AVKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGVQ VTSGFFQIWR ASGITSEVEL Y WCALAGLL MSGLMIFAGW FHYHKAAPKL EWFQNAESML NHHLSGLLGL GCLSWAGHQI HISLPVNKLL DAGVAPQEIP LP HEFLVNR DLMAQLYPSF SKGLVPFFTL NWSEYSDFLT FKGGLNPVTG GLWLSDTAHH HLALAVLFIV AGHMYRTNWG IGH SMKEIL EAHKGPFTGE GHKGLYEILT TSWHAQLAIN LAMMGSVSII VAHHMYAMPP YPYIATDYPT QLSIFTHHMW IGGF CVVGG AAHAGIFMVR DYNPAQNYNN LLDRVIRHRD AIISHLNWIC IFLGFHSFGL YIHNDTMRAL GRTQDMFSDT AIQLK PVFA QWVQSIHTLA PGNTTPNALA TASYAFGGDV VAVGNKVAMM PISLGTADFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFSRNS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQSSAWDSVF LGLFWMYNCI SVVIFHFSWK MQSDVWGTVQ ADGTVTHITG GNFAQSA IT INGWLRDFLW AQASQVIQSY GSALSAYGLI FLGAHFIWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLNVAP AIQPRALS I TQGRAVGLAH YLLGGIGTTW AFFLARIISV G

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 82.087664 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGLATAHD LESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAVIFLW TSGNLFHLAW QGNFEQWVLN PLKVKPIAH AIWDPHFGQP AVKAFTKGGV SYPVNIATSG VYHWWYTIGM RSNTDLYAGS LFLLFLAGVF LFAGWLHLQP K FRPGLSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGLATAHD LESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAVIFLW TSGNLFHLAW QGNFEQWVLN PLKVKPIAH AIWDPHFGQP AVKAFTKGGV SYPVNIATSG VYHWWYTIGM RSNTDLYAGS LFLLFLAGVF LFAGWLHLQP K FRPGLSWF KNNESRLNHH LSGLFGFSSL AWSAHLIHVA IPEARGQHVG WDNFTKVAPH PAGLQPFFSG NWGVYAAAPD TT NHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTQA LWLTDIAHHH LAIGVVFIFA GHMYRTNWGI GHSLKEILDA HRPPGGRLGA GHK GIFETL TNSLHFQLGL ALASLGVITS LVAQHMYALP SYAFIAKDYV TQSALYTHHQ YIAGFLMVGA FAHGAIFFVR DYDP EQNKN NVLARILDHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG IYVHNDVVVA FGTPEKQILV EPVFAQWIQA SSGKALYGFD VFLSS SNSV ATNASSNIWL PGWLEAINSG KNSLFLPIGP GDFLIHHAIA LALHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLSMFWM LNTIGWVTFY WHWKHVTIWQ GNAGQFNESS TYIMGWLRDY LWLNSSPLIN GYNPFGM NS LSVWSWMFLF GHLIWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLVWAH ERTPLANLVR WKDKPVALSI VQARLVGLIH FTAGYIFT Y AAFVIASTTG KFG

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 8.759131 KDa
配列文字列:
MSHSVKVYDT CIGCTQCVRA CPCDVLEMVS WDGCKAGQIA SAPRTEDCIG CKRCETACPT DFLSVRVYLG GETTRSMGLA Y

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 15.585724 KDa
配列文字列:
MAETLNLQIP SPTFEGSTGG WLRAAEVEEK YAITWTSPKE QVFEMPTGGA AIMRQGENLL YLARKEQCLA LATQVKNSFK ITDYKVYRI FPSGEVQYLH PKDGVFPEKV NAGRVGVGNV SHSIGKNLNP AQIKFTSKSF NG

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 7.309363 KDa
配列文字列:
MVKRGSKVRI LRKESYWYQD IGTVATIDTS GIRYPVVVRF EKVSYSGVNT NNFSLDEVVE VVAK

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 20.849227 KDa
配列文字列:
MEIFFVKNWV SMLLVCSFLA FPSLAKADVA GLTPCGESKE FARRLDGSVK KLQTRLKKYE AGTPPALALQ KQIDKTKNRF DRYGKAGLL CGTDGLPHLI ADGRWSHSGE FVIPGLFFLY VAGWIGWVGR SYVLFARTAD KPTEKEIIID VPVALSFVST G FIWPFSAF KEFTSGNLIV PADEITVSPR

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 3.927708 KDa
配列文字列:
MTAAYLPSIL VPIIGLIFPG LVMAFAFIYI EQDEVA

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 4.974812 KDa
配列文字列:
MDSNFLKYLS TAPVLFTVWL SFTASFIIEA NRFFPDMLYF PM

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 16.489076 KDa
配列文字列:
MSQFIKPYND DPFVGNLATP VSTSSFTKSL LSNLPAYRAG LSPLLRGVEI GLTHGYFLVG PFYKLGPLRN SDVALLSGFF SALGLIIIL VACLTIYGVV SFEETEAKDQ LQTAKGWRQF TSGWLVGSVG GASFAYILIS NIPFLQTAGM SMLK

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 3.31807 KDa
配列文字列:
MISDTQIFIA LILALVSLVL AIRLGRALYQ

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 8.715256 KDa
配列文字列:
MNADLLIALV PQTVAWSAKT GAVMVLSNIL CIVAGRYVIQ VKGTGPSLPI SGSFAGFGLP ELLASTSLGH IVGSGAILGL SYVGVLS

+
分子 #12: ACPI-s

分子名称: ACPI-s / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 31.529 KDa
配列文字列: LTIAFSLTMR TSVLILAGVA VAQAFSPAVV STGGLTSVRM AQAPPPASGK PLPKAKINCL EVNKKQWGIE GGAAAPGSAA PPAPKKAAV KKAAAAAGGA AVGFSGVPSQ FGRPESGVYP AEPSEQTFLG MRGPRAPGHR ENFGGKHTAT MLAIAALLWQ P VSEAGMYR ...文字列:
LTIAFSLTMR TSVLILAGVA VAQAFSPAVV STGGLTSVRM AQAPPPASGK PLPKAKINCL EVNKKQWGIE GGAAAPGSAA PPAPKKAAV KKAAAAAGGA AVGFSGVPSQ FGRPESGVYP AEPSEQTFLG MRGPRAPGHR ENFGGKHTAT MLAIAALLWQ P VSEAGMYR MQGDGSLTKT SFNEFEVPGF GNAKKVPTIE SLFPFSSKGF DASPVLFGKN SMIVVEDPRD GCGAYANSGS CH TFLDEIG DALKASPETL PRSEGKATYS FPWMYEHVRG RSRLAVSQLG ATQSLSLWVS PVRVW

+
分子 #13: ACPI-c

分子名称: ACPI-c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 23.785516 KDa
配列文字列: MLRTALIAAC VASASAFAPG FAPMAMKSRS SAVSSMRMQE GDFSAAVPFL KRPTNLDGQY IGDVGFDPLG FSDVFDLRVL REAELKHGR FAMLATLGFI VQELYTFPFF PKMAPVDAHD YFVKQGGGSQ IIFWISFVEL FGVVALFETL QGKREPGDFA F DPLGLAKD ...文字列:
MLRTALIAAC VASASAFAPG FAPMAMKSRS SAVSSMRMQE GDFSAAVPFL KRPTNLDGQY IGDVGFDPLG FSDVFDLRVL REAELKHGR FAMLATLGFI VQELYTFPFF PKMAPVDAHD YFVKQGGGSQ IIFWISFVEL FGVVALFETL QGKREPGDFA F DPLGLAKD EATLERYRLA EVKHARLAMI AIGGFIHQYW VTKQTVLEQL GNFKSLA

+
分子 #14: ACPI-a

分子名称: ACPI-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 23.380867 KDa
配列文字列: MMRAVLVLAT GVASASAFAP AANFAGLSTS SRAAIARGPR MQEMSEAIPF LPKPANIDAS MPGYSGFDPL GFSDYYNVKW MQEAEIKHG RICMLAALGM MFPEFGTLPQ FSSFSTNPLE AFYQVGPAGW GQILLFIGVL ESFSYEKVFY GDSAPGDLGF D PLRMSSNA ...文字列:
MMRAVLVLAT GVASASAFAP AANFAGLSTS SRAAIARGPR MQEMSEAIPF LPKPANIDAS MPGYSGFDPL GFSDYYNVKW MQEAEIKHG RICMLAALGM MFPEFGTLPQ FSSFSTNPLE AFYQVGPAGW GQILLFIGVL ESFSYEKVFY GDSAPGDLGF D PLRMSSNA ASAKHYARAE VMNGRLAMIG FSGMLHHAIL TKQGPITQIV EQNFVPGAR

+
分子 #15: ACPI-b

分子名称: ACPI-b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 24.814875 KDa
配列文字列: MLRNVLIAAC VAGTAAFTAS PALFRAGAVT RATSGISGMQ MQAKSKAVPF LSQPEALDGS MAGDVGFDPF GFSSNFDLKW LREAELKHG RICMLAATGC LVQEVVHLPG EAFSQKMALN AWAAAPRGGM ISILVAIGLI ELISNRFALT ATDMFANPNR V PGDLGFDP ...文字列:
MLRNVLIAAC VAGTAAFTAS PALFRAGAVT RATSGISGMQ MQAKSKAVPF LSQPEALDGS MAGDVGFDPF GFSSNFDLKW LREAELKHG RICMLAATGC LVQEVVHLPG EAFSQKMALN AWAAAPRGGM ISILVAIGLI ELISNRFALT ATDMFANPNR V PGDLGFDP LSLGGNGANR ARMELAEITH GRAAMMGFSG MVHQMLVSKQ APIEQLMHFK AVDSSMMKLG GAAGNLGY

+
分子 #16: ACPI-h

分子名称: ACPI-h / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 23.646422 KDa
配列文字列: SMLRSAVALA LVAGATAFAP GAMGPGLQLR AQGAAQRAPA RAGLSSLSMA QNPMSKAVAD FAESSPEFGG RGLGVTVNAE RWNGRHAMF GIFAMVMTSY MKGHGLIPDA DKILDVAQWG SLASVWDGAG NGISNERAII LIAHVHVLVV SVIAAVAPFG F QDTLVKEK ...文字列:
SMLRSAVALA LVAGATAFAP GAMGPGLQLR AQGAAQRAPA RAGLSSLSMA QNPMSKAVAD FAESSPEFGG RGLGVTVNAE RWNGRHAMF GIFAMVMTSY MKGHGLIPDA DKILDVAQWG SLASVWDGAG NGISNERAII LIAHVHVLVV SVIAAVAPFG F QDTLVKEK GYTPEAPAGL IPPFKTGLTP EAELINGRLA MLGIISIVTA SVFTGTPVVD TINLGMGKIL Y

+
分子 #17: ACPI-m

分子名称: ACPI-m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 22.379064 KDa
配列文字列: TVAAVACVAS AAAFAPSAPM GVKASTRAVS KIGPRMQAMS DSVPFLKQPE ALDGSMAGDV GFDPLGFSSI GDINFLREAE LKHGRIAML AAAGSIAQDI FTFPGVSKVV GTAKMTGVHD ILVKQGAMGQ LLLWLSFLEV FGTIALLETL DGKRAPGDFK F DPLNFSKN ...文字列:
TVAAVACVAS AAAFAPSAPM GVKASTRAVS KIGPRMQAMS DSVPFLKQPE ALDGSMAGDV GFDPLGFSSI GDINFLREAE LKHGRIAML AAAGSIAQDI FTFPGVSKVV GTAKMTGVHD ILVKQGAMGQ LLLWLSFLEV FGTIALLETL DGKRAPGDFK F DPLNFSKN PETFKRYQLA EIKNGRLAMM GVGGMVHGYF ITGKGPLELL GNFK

+
分子 #18: ACPI-l

分子名称: ACPI-l / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 18.985742 KDa
配列文字列:
DNAMPFLEGP PKLDGSLAGD VGFDPVGFSN YFDIRWLREA ELKHGRVCML GVTGLLVQEA ICLPQFANGK TPVDDFFVVP AAGLWQVFF TIGAVEFFSN GFKLTPGDMF SEGREAGDLG FDPLGCGKNP DALARRRLVE VKNGRLAMIA FGGMLHQQLL T GQGTLEQL ANFKAIN

+
分子 #19: ACPI-k

分子名称: ACPI-k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 24.658832 KDa
配列文字列: AASAFAPAAL PSMARTTARS GVTMQLYKDG VMQGKGLVAV PFALAPDSLP ADIPGYVGFD PLGLSTLCNL DFLREAEIKH GRVAMLAVT GSLVQDVFQF PGVDKVIGNA KMIGAHDKFI AGAHAGDTRS FAMHQIIFWV GLLEVLTMPA LFETMNGGPR Q PGDFKFDP ...文字列:
AASAFAPAAL PSMARTTARS GVTMQLYKDG VMQGKGLVAV PFALAPDSLP ADIPGYVGFD PLGLSTLCNL DFLREAEIKH GRVAMLAVT GSLVQDVFQF PGVDKVIGNA KMIGAHDKFI AGAHAGDTRS FAMHQIIFWV GLLEVLTMPA LFETMNGGPR Q PGDFKFDP LGLGKGDKLA RKQLTEIKNG RLAMIGVGGM VHHYLLTGKG PLQFLAGIPN YKSCIDPHMG PLCQ

+
分子 #20: ACPI-i

分子名称: ACPI-i / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 21.402549 KDa
配列文字列: LLQGSGRTAA VSGLSGMKMQ DMSASVPFLP RPAALDGSMV GDVGFDPLGF TTKYDIKWLR EAELKHGRVC MLASLGCIVQ EFVHLPSEA TSNPVASEAF FQVPAGGLWQ IFAAIGIIEH FSNNFKMSGS TMFSDGRAPG DLSFDPLNFG KNPSARARYE L AEIKNGRL ...文字列:
LLQGSGRTAA VSGLSGMKMQ DMSASVPFLP RPAALDGSMV GDVGFDPLGF TTKYDIKWLR EAELKHGRVC MLASLGCIVQ EFVHLPSEA TSNPVASEAF FQVPAGGLWQ IFAAIGIIEH FSNNFKMSGS TMFSDGRAPG DLSFDPLNFG KNPSARARYE L AEIKNGRL AMMGFSGMIH GCFITGKGPL GALGSLDWHQ SF

+
分子 #21: ACPI-d

分子名称: ACPI-d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 23.069039 KDa
配列文字列: LPPAMFRLSL CAAIVASASA FAPSSVLPTA TRRAGAVSAM KMQMPVAIPP LGRPETDMFD GSVPGDAGFD PLVISGWLDS RWLREAEVK HGRVAMLAAA GCIAQDLFTF PGVTQVFSPG TKMSALHDAA VKAGSMQQML WPIAILETIS IAATIQMLQG S GRAPGDFG ...文字列:
LPPAMFRLSL CAAIVASASA FAPSSVLPTA TRRAGAVSAM KMQMPVAIPP LGRPETDMFD GSVPGDAGFD PLVISGWLDS RWLREAEVK HGRVAMLAAA GCIAQDLFTF PGVTQVFSPG TKMSALHDAA VKAGSMQQML WPIAILETIS IAATIQMLQG S GRAPGDFG FDPLGLGKGA KAERMALCEI KNGRLAMIGF SGMMHHYFIT GKGPIELLTS R

+
分子 #22: PsaR

分子名称: PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 13.949042 KDa
配列文字列:
SFAMAALRCT VLLLAVASAS AFVSGPATLA LRSNPRAAIS RGPQMYSPVP SPEGTKEVYW ETKAPSSDVL GIGAGVSSGN FAASSVVAL MIGGFCTGQV IPLTSDPNPL FLIGSFLLPY SWALHVAAWI QKNNGK

+
分子 #23: ACPI-n

分子名称: ACPI-n / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 23.06983 KDa
配列文字列: LRSVAVCACL ASAAAFAPSA VLPRAATRAA ALRGPSMQLY KDGKMQGKGV NIIPVFARPD SLDGTIPGDQ GFDPFGFSSW VNMKFVSEA EIKHGRLAML AFAGIMVESI GISFPGATSI LGDSKDIFEI HNKAVESGAM GQILLWVGFI EACVGVPAMN E MLSGETSR ...文字列:
LRSVAVCACL ASAAAFAPSA VLPRAATRAA ALRGPSMQLY KDGKMQGKGV NIIPVFARPD SLDGTIPGDQ GFDPFGFSSW VNMKFVSEA EIKHGRLAML AFAGIMVESI GISFPGATSI LGDSKDIFEI HNKAVESGAM GQILLWVGFI EACVGVPAMN E MLSGETSR MPGDFGFDPL GLGKGDKLAR KQLVEVTNGR LAMLAVSGIV HHTIITGKGP LQ

+
分子 #24: PsaQ

分子名称: PsaQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas sp. NIES-2332 (真核生物)
分子量理論値: 23.676062 KDa
配列文字列: YVALAAASAE AFSSPALSGL KMSAEPTQIS RKDLLSTAAA GIIAVPAIAG AASLDPKTGF PVQSGGRDTL CGGSASAGCQ PMTQAASIT DKQKTVLAGK ITVAANKVPV LTAAVEKMKS GKKPKMDRDY VLRFSALYLT TLVDAMDQYC LRDANGAKAA G GAGIPKVG ...文字列:
YVALAAASAE AFSSPALSGL KMSAEPTQIS RKDLLSTAAA GIIAVPAIAG AASLDPKTGF PVQSGGRDTL CGGSASAGCQ PMTQAASIT DKQKTVLAGK ITVAANKVPV LTAAVEKMKS GKKPKMDRDY VLRFSALYLT TLVDAMDQYC LRDANGAKAA G GAGIPKVG GFKSTLAPSS ASALYGNVDS IKEDMQTIRD AAFKGDFDGV IKAAGDIQTS ATAFLGQANP PIVFN

+
分子 #25: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #26: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 218 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #27: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #28: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 18 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #29: 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tet...

分子名称: 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1R)-2,6,6-trimethylcyclohex-2-en-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohexene
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 28 / 式: WVN
分子量理論値: 536.873 Da

+
分子 #30: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 5 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #31: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #32: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #33: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #34: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 8 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #35: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 45 / 式: II0
分子量理論値: 564.84 Da
Chemical component information

ChemComp-II0:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol

+
分子 #36: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 15 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #37: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 8 / 式: IHT
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-IHT:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol

+
分子 #38: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 411 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8wm6

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 33179
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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