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万見
- EMDB-6267: Human TRPA1 ion channel with agonist AITC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6267
タイトルHuman TRPA1 ion channel with agonist AITC
マップデータReconstruction of hTRPA1 treated with AITC comprising summed half-maps, unfiltered and unsharpened. Two associated maps are low-pass-filtered and negative-B-factor-sharpened.
試料
  • 試料: Recombinant human TRPA1 treated with AITC
  • タンパク質・ペプチド: TRPA1
キーワードTRPA1 / TRP / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / thermoception / TRP channels / response to pain / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport ...temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / thermoception / TRP channels / response to pain / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / intracellularly gated calcium channel activity / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / monoatomic ion transport / sensory perception of pain / response to cold / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to organic cyclic compound / cellular response to hydrogen peroxide / intracellular calcium ion homeostasis / channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homotetramerization / periplasmic space / cell surface receptor signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. ...: / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.24 Å
データ登録者Paulsen CE / Armache JP / Gao Y / Cheng Y / Julius D
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of the TRPA1 ion channel suggests regulatory mechanisms.
著者: Candice E Paulsen / Jean-Paul Armache / Yuan Gao / Yifan Cheng / David Julius /
要旨: The TRPA1 ion channel (also known as the wasabi receptor) is a detector of noxious chemical agents encountered in our environment or produced endogenously during tissue injury or drug metabolism. ...The TRPA1 ion channel (also known as the wasabi receptor) is a detector of noxious chemical agents encountered in our environment or produced endogenously during tissue injury or drug metabolism. These include a broad class of electrophiles that activate the channel through covalent protein modification. TRPA1 antagonists hold potential for treating neurogenic inflammatory conditions provoked or exacerbated by irritant exposure. Despite compelling reasons to understand TRPA1 function, structural mechanisms underlying channel regulation remain obscure. Here we use single-particle electron cryo- microscopy to determine the structure of full-length human TRPA1 to ∼4 Å resolution in the presence of pharmacophores, including a potent antagonist. Several unexpected features are revealed, including an extensive coiled-coil assembly domain stabilized by polyphosphate co-factors and a highly integrated nexus that converges on an unpredicted transient receptor potential (TRP)-like allosteric domain. These findings provide new insights into the mechanisms of TRPA1 regulation, and establish a blueprint for structure-based design of analgesic and anti-inflammatory agents.
履歴
登録2015年2月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月8日-
マップ公開2015年4月8日-
更新2015年10月7日-
現状2015年10月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j9p
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6267.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6267.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of hTRPA1 treated with AITC comprising summed half-maps, unfiltered and unsharpened. Two associated maps are low-pass-filtered and negative-B-factor-sharpened.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.22 Å/pix.
x 300 pix.
= 364.68 Å		1.22 Å/pix.
x 300 pix.
= 364.68 Å		1.22 Å/pix.
x 300 pix.
= 364.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2156 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8.0 / ムービー #1: 8
最小 - 最大-12.649605749999999 - 20.724081040000002
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 364.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.21561.21561.2156
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z364.680364.680364.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-800-4
NX/NY/NZ1611358
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-12.65020.7240.000

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添付データ

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添付マップデータ: emd 6267 additional 1.map

ファイルemd_6267_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 6267 additional 2.map

ファイルemd_6267_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant human TRPA1 treated with AITC

全体名称: Recombinant human TRPA1 treated with AITC
要素
  • 試料: Recombinant human TRPA1 treated with AITC
  • タンパク質・ペプチド: TRPA1

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超分子 #1000: Recombinant human TRPA1 treated with AITC

超分子名称: Recombinant human TRPA1 treated with AITC / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: tetramer / Number unique components: 1
分子量理論値: 688 KDa

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分子 #1: TRPA1

分子名称: TRPA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
Name.synonym: Transient receptor potential cation channel, member A1
コピー数: 4 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量実験値: 172 KDa / 理論値: 172 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 GnTi-
配列UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM IP6
グリッド詳細: 400 mesh holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 7 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
詳細Gatan K2 Summit in super-resolution counting mode. Motion correction as described in Li et al. (2013) Nature Methods.
日付2014年7月18日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 1160 / 平均電子線量: 21 e/Å2
詳細: Every image is the average of 30 frames recorded using the K2 Summit. The final reconstruction was calculated from images motion-corrected and weighted using the method described in Scheres, 2014.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 31000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected using an automatic selection program and manually screened. Defocus was calculated using CTFFIND3 and data were processed and refined using RELION 1.3.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.24 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 43585

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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