+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6244 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Thermoplasma acidophilum 20S proteasome | |||||||||
マップデータ | Thermoplasma acidophilum 20S proteasome. Reconstruction determined from the first 10,000 particles of a dataset used to calculate map EMD-5623. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | T. acidophilum 20S proteasome | |||||||||
生物種 | Thermoplasma acidophilum (好酸性) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Li X / Cheng Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2013 タイトル: Influence of electron dose rate on electron counting images recorded with the K2 camera. 著者: Xueming Li / Shawn Q Zheng / Kiyoshi Egami / David A Agard / Yifan Cheng / 要旨: A recent technological breakthrough in electron cryomicroscopy (cryoEM) is the development of direct electron detection cameras for data acquisition. By bypassing the traditional phosphor ...A recent technological breakthrough in electron cryomicroscopy (cryoEM) is the development of direct electron detection cameras for data acquisition. By bypassing the traditional phosphor scintillator and fiber optic coupling, these cameras have greatly enhanced sensitivity and detective quantum efficiency (DQE). Of the three currently available commercial cameras, the Gatan K2 Summit was designed specifically for counting individual electron events. Counting further enhances the DQE, allows for practical doubling of detector resolution and eliminates noise arising from the variable deposition of energy by each primary electron. While counting has many advantages, undercounting of electrons happens when more than one electron strikes the same area of the detector within the analog readout period (coincidence loss), which influences image quality. In this work, we characterized the K2 Summit in electron counting mode, and studied the relationship of dose rate and coincidence loss and its influence on the quality of counted images. We found that coincidence loss reduces low frequency amplitudes but has no significant influence on the signal-to-noise ratio of the recorded image. It also has little influence on high frequency signals. Images of frozen hydrated archaeal 20S proteasome (~700 kDa, D7 symmetry) recorded at the optimal dose rate retained both high-resolution signal and low-resolution contrast and enabled calculating a 3.6 Å three-dimensional reconstruction from only 10,000 particles. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6244.map.gz | 59.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6244-v30.xml emd-6244.xml | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6244.gif 80_6244.gif | 58.9 KB 4.6 KB | ||
その他 | emd_6244_half_map_1.map.gz emd_6244_half_map_2.map.gz | 56.7 MB 56.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6244 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6244 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6244_validation.pdf.gz | 78.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_6244_full_validation.pdf.gz | 77.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6244_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6244 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6244 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Thermoplasma acidophilum 20S proteasome. Reconstruction determined from the first 10,000 particles of a dataset used to calculate map EMD-5623. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2156 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-添付マップデータ: emd 6244 half map 1.map
ファイル | emd_6244_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 6244 half map 2.map
ファイル | emd_6244_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
全体 | 名称: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
超分子 | 名称: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: 28-mer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 実験値: 700 KDa |
-分子 #1: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
分子 | 名称: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 集合状態: 28-mer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) |
分子量 | 実験値: 700 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
---|
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
日付 | 2012年1月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | FREALIGN |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 10000 |