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万見
- EMDB-6240: Atomic structure of a non-enveloped virus reveals pH sensors for ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6240
タイトルAtomic structure of a non-enveloped virus reveals pH sensors for a coordinated process of cell entry
マップデータThe averaged density from the reconstruction of BTV virion
試料
  • 試料: VP5 of Bluetongue Virus
  • ウイルス: Bluetongue virus 1 (ウイルス)
キーワードNon-enveloped virus / cell entry / cryo-EM / pH sensor
機能・相同性Outer capsid protein VP5, Orbivirus / Orbivirus outer capsid protein VP5 / viral capsid / structural molecule activity / Outer capsid protein VP5
機能・相同性情報
生物種Bluetongue virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang X / Patel A / Celma C / Roy P / Zhou ZH
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Atomic model of a nonenveloped virus reveals pH sensors for a coordinated process of cell entry.
著者: Xing Zhang / Avnish Patel / Cristina C Celma / Xuekui Yu / Polly Roy / Z Hong Zhou /
要旨: Viruses sense environmental cues such as pH to engage in membrane interactions for cell entry during infection, but how nonenveloped viruses sense pH is largely undefined. Here, we report both high- ...Viruses sense environmental cues such as pH to engage in membrane interactions for cell entry during infection, but how nonenveloped viruses sense pH is largely undefined. Here, we report both high- and low-pH structures of bluetongue virus (BTV), which enters cells via a two-stage endosomal process. The receptor-binding protein VP2 possesses a zinc finger that may function to maintain VP2 in a metastable state and a conserved His866, which senses early-endosomal pH. The membrane-penetration protein VP5 has three domains: dagger, unfurling and anchoring. Notably, the β-meander motif of the anchoring domain contains a histidine cluster that can sense late-endosomal pH and also possesses four putative membrane-interaction elements. Exposing BTV to low pH detaches VP2 and dramatically refolds the dagger and unfurling domains of VP5. Our biochemical and structure-guided-mutagenesis studies support these coordinated pH-sensing mechanisms.
履歴
登録2015年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年1月21日-
マップ公開2015年12月9日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j9e
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6240.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6240.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The averaged density from the reconstruction of BTV virion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.01 Å/pix.
x 149 pix.
= 150.49 Å		1.01 Å/pix.
x 115 pix.
= 116.15 Å		1.01 Å/pix.
x 138 pix.
= 139.38 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-3.56089997 - 5.95811987
平均 (標準偏差)0.0080958 (±0.2118462)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-8211244
サイズ115138149
Spacing138115149
セルA: 116.15 Å / B: 139.38 Å / C: 150.49 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.011.011.01
M x/y/z115138149
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z116.150139.380150.490
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-8211244
NX/NY/NZ115138149
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS11-82244
NC/NR/NS138115149
D min/max/mean-3.5615.9580.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VP5 of Bluetongue Virus

全体名称: VP5 of Bluetongue Virus
要素
  • 試料: VP5 of Bluetongue Virus
  • ウイルス: Bluetongue virus 1 (ウイルス)

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超分子 #1000: VP5 of Bluetongue Virus

超分子名称: VP5 of Bluetongue Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Bluetongue virus 1

超分子名称: Bluetongue virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 35327 / 生物種: Bluetongue virus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Capra hircus (ヤギ) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 800 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.8
グリッド詳細: 400 mesh grid with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 82 K
日付2013年11月29日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 1630 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 24140 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 14000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 5008
最終 2次元分類クラス数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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