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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6236 | |||||||||
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タイトル | Negative stain single particle electron microscopy of Marburg Virus Glycoproteins bound to antibodies from a human survivor | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of Marburg Virus GPdMuc bound to antibody MR191 from a human survivor | |||||||||
試料 |
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キーワード | Marburg Virus / Antibodies / Neutralization / Glycoprotein | |||||||||
生物種 | Marburg marburgvirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Flyak A / Ilinykh PA / Murin CD / Garron T / Shen X / Fusco ML / Hashiguchi T / Bornholdt ZA / Slaughter C / Sapparapu G ...Flyak A / Ilinykh PA / Murin CD / Garron T / Shen X / Fusco ML / Hashiguchi T / Bornholdt ZA / Slaughter C / Sapparapu G / Ksiazek TG / Ward AB / Saphire EO / Bukreyev A / Crowe JE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2015 タイトル: Mechanism of human antibody-mediated neutralization of Marburg virus. 著者: Andrew I Flyak / Philipp A Ilinykh / Charles D Murin / Tania Garron / Xiaoli Shen / Marnie L Fusco / Takao Hashiguchi / Zachary A Bornholdt / James C Slaughter / Gopal Sapparapu / Curtis ...著者: Andrew I Flyak / Philipp A Ilinykh / Charles D Murin / Tania Garron / Xiaoli Shen / Marnie L Fusco / Takao Hashiguchi / Zachary A Bornholdt / James C Slaughter / Gopal Sapparapu / Curtis Klages / Thomas G Ksiazek / Andrew B Ward / Erica Ollmann Saphire / Alexander Bukreyev / James E Crowe / 要旨: The mechanisms by which neutralizing antibodies inhibit Marburg virus (MARV) are not known. We isolated a panel of neutralizing antibodies from a human MARV survivor that bind to MARV glycoprotein ...The mechanisms by which neutralizing antibodies inhibit Marburg virus (MARV) are not known. We isolated a panel of neutralizing antibodies from a human MARV survivor that bind to MARV glycoprotein (GP) and compete for binding to a single major antigenic site. Remarkably, several of the antibodies also bind to Ebola virus (EBOV) GP. Single-particle EM structures of antibody-GP complexes reveal that all of the neutralizing antibodies bind to MARV GP at or near the predicted region of the receptor-binding site. The presence of the glycan cap or mucin-like domain blocks binding of neutralizing antibodies to EBOV GP, but not to MARV GP. The data suggest that MARV-neutralizing antibodies inhibit virus by binding to infectious virions at the exposed MARV receptor-binding site, revealing a mechanism of filovirus inhibition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6236.map.gz | 1.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6236-v30.xml emd-6236.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6236.jpg | 635.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6236 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6236 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6236_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6236_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6236_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6236 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6236 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6236.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of Marburg Virus GPdMuc bound to antibody MR191 from a human survivor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Fab Fragment of MR191 human IgG1 monoclonal antibody to Marburg V...
全体 | 名称: Fab Fragment of MR191 human IgG1 monoclonal antibody to Marburg Virus GP |
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要素 |
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-超分子 #1000: Fab Fragment of MR191 human IgG1 monoclonal antibody to Marburg V...
超分子 | 名称: Fab Fragment of MR191 human IgG1 monoclonal antibody to Marburg Virus GP タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 310 KDa |
-分子 #1: GP, mucin-deleted
分子 | 名称: GP, mucin-deleted / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: glycoprotein 詳細: Recombinant Marburg Virus GP; mucin-like domains were not included in the construct. コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Marburg marburgvirus (ウイルス) / 別称: Marburg virus |
分子量 | 理論値: 160 MDa |
組換発現 | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 組換細胞: Schneider S2 cells / 組換プラスミド: pMT-puro |
-分子 #2: Human Monoclonal Antibody IgG1
分子 | 名称: Human Monoclonal Antibody IgG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: IgG1, monoclonal mAb / 詳細: Human monoclonal antibody IgG1, MR191 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Blood / 細胞: Peripheral blood mononuclear cells |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with absorbed protein stained with 2% uranyl formate for 30 seconds |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid with carbon support, plasma cleaned 20 seconds (Ar/O2 mix, Gatan) |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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日付 | 2013年11月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 実像数: 273 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particles were selected using DoG picker. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 3096 |