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万見
- EMDB-6230: AML1-175 + TRiC + Ni-nano-gold -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6230
タイトルAML1-175 + TRiC + Ni-nano-gold
マップデータAML1-175 + TRiC + Ni-nano-gold
試料
  • 試料: AML1-175 + TRiC + Ni-nano-gold
  • タンパク質・ペプチド: TCP-1 Ring Complex
  • タンパク質・ペプチド: AML1-175
キーワードeukaryotic chaperonin
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Roh SH / Kasembeli M / Montoya JG / Trnka M / Lau WC / Burlingame A / Chiu W / Tweardy DJ
引用ジャーナル: Biophys J / 年: 2016
タイトル: Chaperonin TRiC/CCT Recognizes Fusion Oncoprotein AML1-ETO through Subunit-Specific Interactions.
著者: Soung-Hun Roh / Moses M Kasembeli / Jesús G Galaz-Montoya / Wah Chiu / David J Tweardy /
要旨: AML1-ETO is the translational product of a chimeric gene created by the stable chromosome translocation t (8;21)(q22;q22). It causes acute myeloid leukemia (AML) by dysregulating the expression of ...AML1-ETO is the translational product of a chimeric gene created by the stable chromosome translocation t (8;21)(q22;q22). It causes acute myeloid leukemia (AML) by dysregulating the expression of genes critical for myeloid cell development and differentiation and recently has been reported to bind multiple subunits of the mammalian cytosolic chaperonin TRiC (or CCT), primarily through its DNA binding domain (AML1-175). Through these interactions, TRiC plays an important role in the synthesis, folding, and activity of AML1-ETO. Using single-particle cryo-electron microscopy, we demonstrate here that a folding intermediate of AML1-ETO's DNA-binding domain (AML1-175) forms a stable complex with apo-TRiC. Our structure reveals that AML1-175 associates directly with a specific subset of TRiC subunits in the open conformation.
履歴
登録2014年12月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年1月21日-
マップ公開2016年5月11日-
更新2016年5月11日-
現状2016年5月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6230.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6230.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AML1-175 + TRiC + Ni-nano-gold
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.17 Å/pix.
x 196 pix.
= 425.32 Å		2.17 Å/pix.
x 196 pix.
= 425.32 Å		2.17 Å/pix.
x 196 pix.
= 425.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.17 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.3 / ムービー #1: 1.3
最小 - 最大-0.56748068 - 6.21328068
平均 (標準偏差)0.0 (±0.29425934)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 425.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.172.172.17
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z425.320425.320425.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-0.5676.213-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AML1-175 + TRiC + Ni-nano-gold

全体名称: AML1-175 + TRiC + Ni-nano-gold
要素
  • 試料: AML1-175 + TRiC + Ni-nano-gold
  • タンパク質・ペプチド: TCP-1 Ring Complex
  • タンパク質・ペプチド: AML1-175

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超分子 #1000: AML1-175 + TRiC + Ni-nano-gold

超分子名称: AML1-175 + TRiC + Ni-nano-gold / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 16 / Number unique components: 2
分子量理論値: 1 MDa

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分子 #1: TCP-1 Ring Complex

分子名称: TCP-1 Ring Complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TRiC, CCT
詳細: Ni-1.4 nanometer gold particles were applied to the AML1-175-TRiC complex.
集合状態: 16 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa
分子量理論値: 1 MDa

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分子 #2: AML1-175

分子名称: AML1-175 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: domain of AML1-ETO protein / 詳細: related to Acute Myeloid Leukemia / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.4, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA, 1 mM DTT, 2% glycerol, 1% PEG8000, 0.05% OG, 0.02% BSA, 2% MeOH, 60 mM imidazole
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil holey carbon grid (1.2/1.3), acetone-washed and glow-discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot for 10 seconds from copper side of grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
日付2013年11月24日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 2.17 µm / 実像数: 99 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 69124 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: particle-based
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Relion1.2 / 使用した粒子像数: 8346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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