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- EMDB-62242: PSI-LHCI of the red alga Galdieria sulphuraria NIES-3638 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62242
タイトルPSI-LHCI of the red alga Galdieria sulphuraria NIES-3638
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-LHCI
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
  • リガンド: x 12種
キーワードPhotosystem I / ELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK ...Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit XI ...Photosystem I subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit XII / Light-harvesting complex protein / Light-harvesting complex protein / Light-harvesting complex protein / Light-harvesting complex protein / Light-harvesting complex protein / Uncharacterized protein / Photosystem I subunit O / Uncharacterized protein / Light-harvesting complex protein
類似検索 - 構成要素
生物種Galdieria sulphuraria (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Kato K / Nakajima Y / Shen JR / Nagao R
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23K14211 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22H04916 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23H02423 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structure of a photosystem I supercomplex from close to an ancestral red alga.
著者: Koji Kato / Minoru Kumazawa / Yoshiki Nakajima / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Jian-Ren Shen / Kentaro Ifuku / Ryo Nagao /
要旨: Red algae exhibit unique photosynthetic adaptations, characterized by photosystem I (PSI) supercomplexes containing light-harvesting complexes (LHCs), forming PSI-LHCI supercomplexes. In this study, ...Red algae exhibit unique photosynthetic adaptations, characterized by photosystem I (PSI) supercomplexes containing light-harvesting complexes (LHCs), forming PSI-LHCI supercomplexes. In this study, we solved the PSI-LHCI structure of NIES-3638 at 2.19-angstrom resolution using cryo-electron microscopy, revealing a PSI monomer core associated with seven LHCI subunits. Structural analysis uncovered the absence of phylloquinones, the common secondary electron acceptor in PSI of photosynthetic organisms, suggesting adaptation to a benzoquinone-like molecule. Phylogenetic analysis suggests that retains traits characteristic of an ancestral red alga, including distinctive LHCI binding and interaction patterns. Variations in LHCI composition and interactions across red algae, particularly in red-lineage chlorophyll /-binding-like protein and red algal LHCs, highlight evolutionary divergence and specialization. These findings not only deepen our understanding of red algal PSI-LHCI diversification but also enable us to predict features of an ancestral red algal PSI-LHCI supercomplex, providing a framework to explore evolutionary adaptations from an ancestral red alga.
履歴
登録2024年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62242.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62242.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 320 pix.
= 240.64 Å		0.75 Å/pix.
x 320 pix.
= 240.64 Å		0.75 Å/pix.
x 320 pix.
= 240.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.752 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.011
最小 - 最大-0.056990836 - 0.16694579
平均 (標準偏差)0.00032227056 (±0.0041305195)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 240.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_62242_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62242_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62242_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PSI-LHCI

全体名称: PSI-LHCI
要素
  • 複合体: PSI-LHCI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: PSI-K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I subunit O
    • タンパク質・ペプチド: Psa28
    • タンパク質・ペプチド: RedCAP
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting complex protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting complex protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting complex protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting complex protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting complex protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting complex protein
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Coenzyme Q4
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: Zeaxanthin
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
  • リガンド: water

+
超分子 #1: PSI-LHCI

超分子名称: PSI-LHCI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 680 KDa

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 82.528977 KDa
配列文字列: KVLIDRNVVP TNFEKWSKPG HFSRSLAKGP KTTTWIWNLH ADAHDFDSHT NSLEEISRKI FSAHFGQLAV IFIWLSGMYF HGAKFSNYV AWLNNPINIK PSAQVVWPII GQEILNADVG GGFQGIQITS GLFQLWRASG ITNEMQLYVT AIGGLFMASL M LFAGWFHY ...文字列:
KVLIDRNVVP TNFEKWSKPG HFSRSLAKGP KTTTWIWNLH ADAHDFDSHT NSLEEISRKI FSAHFGQLAV IFIWLSGMYF HGAKFSNYV AWLNNPINIK PSAQVVWPII GQEILNADVG GGFQGIQITS GLFQLWRASG ITNEMQLYVT AIGGLFMASL M LFAGWFHY HKAAPKLEWF QNVESMLNHH LAGLLGLGSL GWTGHLIHVS LPINKLLDSG IVPAQIPLPH EFILNRNLMS EL YPSFNKG LLPFFTLNWN EYNDFLTFKG GLNPVTGGLW LTDIAHHHLA IAVIFIIAGH MYRTNWSIGH SLKEILDAHK GPF TGEGHR GLFEILTTSW HAQLAINLAM LGSLSIIVAH HMYAMPPYPY LATDYPTQLS LFTHHMWIGG FCIVGAGAHA AIFM VRDYS PAQNYNNLLD RVIRHRDAII SHLNWVCIFL GFHSFGLYIH NDTMRALGRP QDMFSDVAIQ LQPIFAQWIQ NCHSI APGN TAPNVLATTS YVFGGDIISV GNKIAIMPMS LGTADFMVHH IHAFTIHVTA LILLKGVLFA RNSRLIPDKA NLGFRF PCD GPGRGGTCQV SGWDHVFLGL FWMYNSLSIV IFHFSWKMQS DVWGTISSSG DISHITRGNF AQSAITINGW LRDFLWA QA SQVIQSYGSS SSAYGLMFLG AHFVWAFSLM FLFSGRGYWQ ELIESIVWAH NKLKVAPSIQ PRALSITQGR AVGVAHYL L GGIATTWAFF LARIIAIG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 82.418102 KDa
配列文字列: VTKFPKFSQA LAQDPTTRRI WYGIATAHDF ESHDNITEEN LYQRIFASHF GHLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEKWILNP TKIKPIAHA IWDPHFGQAA LKAFSQTGVD YPTNISYSGL YHWWYTIGIR TNNDLYLGAL FLLVISGLFL FAGWLHLQPK F KPSLAWFK ...文字列:
VTKFPKFSQA LAQDPTTRRI WYGIATAHDF ESHDNITEEN LYQRIFASHF GHLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEKWILNP TKIKPIAHA IWDPHFGQAA LKAFSQTGVD YPTNISYSGL YHWWYTIGIR TNNDLYLGAL FLLVISGLFL FAGWLHLQPK F KPSLAWFK NNESRLNHHL AGLFGVSSLA WAGHLVHVAI PEARGQHVGW DNFLSTKPHP AGLEPFFKGQ WSVYADGPDS MN HVFNTSE GAGKAILTFL GGFHPQTKSL WLTDIAHHHL AIAVIFIIAG HMYRTNWSIG HSLKEILDAH RAPGGRLGDG HKG LFETIN NSLHFQLGLA LASLGVITSL VAQHMYAMPS YVFIANDFTT QAALYTHHQY IAGFLMVGAF AHGAIFFIRD YNPE QNKNN VLARMLEHKE AIISHLSWVS LFLGFHTLGI YVHNDVVVAF GSPEKQILIE PVFAQWIQAA SGKALYGFNI LLSSS DSVA TRAGESLWLP GWLKGVNDTN NSLFLDIGPG DFLVHHAIAL GLHTTTLILV KGALDARGSK LMPDKKDFGY SFPCDG PGR GGTCDISAWD AFYLAMFWML NTLGWLTFYW HWKHLTLWGG NVNQFNESST YLMGWFRDYL WLNSSPLING YNPYGVN NL SVWAWMFLFG HLVWATGFMF LISWRGYWQE LIETLAWAHE RTPLANLIKW KDKPVALSIV QARLVGLAHF AVGYILTY A PFVIASTVGK F

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 8.719128 KDa
配列文字列:
AHNVKIYDTC IGCTQCVRAC PCDVLEMVPW DGCKALQIAS APRTEDCVGC KRCETACPTD FLSIRVYLGA ETSRSMGLAY

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 15.669881 KDa
配列文字列:
TLNLKMPSPS FGGSTGGWLR SAENEEKYAI TWISKNEEVF EMPTAGAALM RSGENLLYFA RKEQCLSLGT QLKTQFKIDN YKIYRVFPN GEIQYLHPKD GVFPEKVNEG RKAINTLTRS IGKNPDPVVV KFINKQTFE

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I subunit IV

分子名称: Photosystem I subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 7.330392 KDa
配列文字列:
MVQKGSKVKI LRKESYWYQE IGNVVTVEKS GIKYPIIVRF DKVNYAGVNT NNFASEEVIE IEAP

UniProtKB: Photosystem I subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 18.254176 KDa
配列文字列:
EFNNLIPCKE SKIFNKRLES TIKKLENKLS KYEVGSSSYL AIKNTINKTN NRFHKYMESG VLCGKDGLPH LIADGRWSHA GEFVIPSLL FIYISGWIGW VGRGYLSAIK NTNKAIENEI IIDVPLALKF MSSGFIWPLS ALREYTKGDL LMKDSEVTIS P R

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 3.879621 KDa
配列文字列:
MTASYLPSIL VPIIGLVFPF ISMALFFIYV EQEE

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 4.754694 KDa
配列文字列:
MNKDLLKYLS TAPVLGVIWI AITAAIIVEF NRLYPDALFF PL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #9: PSI-K

分子名称: PSI-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 6.874181 KDa
配列文字列:
SASTSIIFIV VNTICIILGK YSIQNKKNQV SLIANINLAE LLASMSLGHI ISSATVIGLK SLNII

UniProtKB: PSI-K

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 15.206506 KDa
配列文字列:
DFIKPYNDDP FVGNLATPIN TSSLTKNLLG NLPIYRRRLS PLLRGLEIGM AHGYFFIGPF YKLGPLRNSE IALLSGFLSC VGLIIFLTV GLLLYGNTSF DKDESKDQLQ TSEGWNQFTA GFLVGAIGGA GFAYLILVNL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 3.067771 KDa
配列文字列:
MINDSQIFIA LILSLVPAVL ALKLAREL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #12: Photosystem I subunit O

分子名称: Photosystem I subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 10.52216 KDa
配列文字列:
FQISEDTPFD ANPLVIIVAL LGWTLPASIP SNIPILHGTG LTQAFFTSIQ SNLAEWPKGP ALDDPFWLYM VLWHVGLFIV LFFGTIGYG ISKNRV

UniProtKB: Photosystem I subunit O

+
分子 #13: Psa28

分子名称: Psa28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 9.030552 KDa
配列文字列:
KDTFWTGKVP PSTVLGIGEK VPSAAYIISS VVCLLVGSYC VYESNLLSPL TVTTINPLYV LGSLLVPYSW GLHVAGWIQL KNGK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #14: RedCAP

分子名称: RedCAP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 19.43558 KDa
配列文字列:
LGIFRQAMKD FASEYPDFVS RGLGVTSKAE RWNGRHAMFG LLAIVLTGYA KGHGWIPNAD QVLDMQQWGT LVMEGFNQKI TNERAIVLV AHIHVLLVSI AAAIAPFSFQ DRLLLRPGEK DEEPAGLLPP FKLGLTKEAE LWNGRLAMLG VTFIVATSII T GQSILDVV NKGLGNILY

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #15: Light-harvesting complex protein

分子名称: Light-harvesting complex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 18.228047 KDa
配列文字列:
SRALPFLEAP KKLDGKIPGD AGFDPLYISD NMNLDYLRAS EIKHCRVAML AALGYITQEF FHLPGDVFNE KHALAAIHKV PIEGWIQII LFISLVEIAT FRTTFSFDRE PGDFGFDPLG LAKSPQLRRR YQESEIRNGR LAMIAVIGFI VQELVTGKSV V EQ

UniProtKB: Light-harvesting complex protein

+
分子 #16: Light-harvesting complex protein

分子名称: Light-harvesting complex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 14.670181 KDa
配列文字列:
GFDPLGFSTI IDLRYLRESE LKHCRIAMLA VVGFIVQEFI HLPGDLFSNP HPMQAIGQVP ISGWIQIFLL VAILEMIDIA AIKETLQGN REPGYFGFDP LGLAKDKQAH DRYLLSELKN GRLAMIASIA FM

UniProtKB: Light-harvesting complex protein

+
分子 #17: Light-harvesting complex protein

分子名称: Light-harvesting complex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 19.949285 KDa
配列文字列:
RMSKAIPFFP KPARLDESMP GYAGFDPLGF SDKFDVKFLQ EAEIKHCRIC MLAALGWVVP EFWHLPSEVF SNTSPLAALG QVPKLGLIQ ILLLVLALEA ISLDKITFHP EKEPGDFGFD PLGLGKGNAK KWMQTAELKN GRLAMIAMGA FFHQNLLTNQ G IFEQLRTH NFFPTTFPLH

UniProtKB: Light-harvesting complex protein

+
分子 #18: Light-harvesting complex protein

分子名称: Light-harvesting complex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 19.901129 KDa
配列文字列:
TKSLSVPFLE RPKNLDGTAP GDVGFDPLYI SDLLDIQWLR ESEIKHGRIC MLAAVGFIVQ EFVHLPGEVF SNKVAIDALF QVPSGGLWQ IFLFIGLLEF VMNKGKMTPL DMFSDPNRKP GDFGFDPLGL GKDPQARKRY EVAEIKNGRL AMLAVGGFIH H MLLTHQGV VEQLTHFRSL

UniProtKB: Light-harvesting complex protein

+
分子 #19: Light-harvesting complex protein

分子名称: Light-harvesting complex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 20.512943 KDa
配列文字列:
KPKWSKALPF MLWPQNLDGT MAGDVGFDPF GFTNVFDVKW MREAELKHCR IAMLAALGFI VQELWTFPYP YFSKVPPVLA HDVYVKTGG MSQILLFVIF FEVISLFAVS QMMEGKREPG VFHFDPLGLA KDPDTFRKYE WSELRNGRLA MIAVGGFIHQ Y WVTKQGIF EQLANFRPLS

UniProtKB: Light-harvesting complex protein

+
分子 #20: Light-harvesting complex protein

分子名称: Light-harvesting complex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
分子量理論値: 18.787791 KDa
配列文字列:
KSKAIPFLDR PPALDGSMVG DVGFDPLNIS SYLDLRWLRE SEIKHCRIAM LAVVGWFVQE VYHLPNEIYS SSVPTEAFWK TLVTGPMGQ IVLWTSLFEM ISTPAVIQML QGSGREPGYF GFDPLGLGKN PELYKRFQLS ELKNGRLAMI AIGGLIHQSF L THMGAIQQ

UniProtKB: Light-harvesting complex protein

+
分子 #21: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #22: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 167 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #23: Coenzyme Q4

分子名称: Coenzyme Q4 / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: A1L64
分子量理論値: 454.641 Da

+
分子 #24: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 10 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #25: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 24 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #26: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #27: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 52 / 式: UNL
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #28: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #29: Zeaxanthin

分子名称: Zeaxanthin / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 30 / 式: 5X6
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-K3I:
Zeaxanthin

+
分子 #30: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 4 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #31: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol

分子名称: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 4 / 式: RRX
分子量理論値: 552.872 Da
Chemical component information

ChemComp-RRX:
(3R)-beta,beta-caroten-3-ol / β-クリプトキサンチン

+
分子 #32: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 608 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 構成要素:
濃度式名称
20.0 mMMES-NaOHMES
0.03 %DDMDDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 60000

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2583694
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: An initial model was generated de novo from 2D classification.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 110313
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Phyre2 server
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9kc5:
PSI-LHCI of the red alga Galdieria sulphuraria NIES-3638

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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