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- EMDB-6200: Cryo-electron microscopy of Enterovirus 71 (EV71) in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6200
タイトルCryo-electron microscopy of Enterovirus 71 (EV71) in complex with Fab fragments of neutralizing antibody 22A12
マップデータReconstruction of EV71 procapsid in complex with Fab22A12
試料
  • 試料: Fab fragment of 22A12 monoclonal antibody bound to Enterovirus 71 procapsid at the VP1 GH Loop
  • ウイルス: Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: neutralizing antibody 22A12 Fab
キーワードEV71 / picornavirus / Mab22A12 / antibody / Fab / neutralization / canyon / enterovirus / enterovirus 71
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified (未定義) / Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å
データ登録者Shingler KL / Cifuente JO / Ashley RE / Makhov AM / Conway JF / Hafenstein S
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: The enterovirus 71 procapsid binds neutralizing antibodies and rescues virus infection in vitro.
著者: Kristin L Shingler / Javier O Cifuente / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Susan Hafenstein /
要旨: Enterovirus 71 (EV71) is responsible for seasonal outbreaks of hand, foot, and mouth disease in the Asia-Pacific region. The virus has the capability to cause severe disease and death, especially in ...Enterovirus 71 (EV71) is responsible for seasonal outbreaks of hand, foot, and mouth disease in the Asia-Pacific region. The virus has the capability to cause severe disease and death, especially in young children. Although several vaccines are currently in clinical trials, no vaccines or therapeutics have been approved for use. Previous structural studies have revealed that two antigenically distinct capsid forms are produced in EV71-infected cells: an expanded empty capsid, sometimes called a procapsid, and the infectious virus. Specifically, an immunodominant epitope of EV71 that maps to the virus canyon is structurally different in the procapsid and virus. This structure-function study shows that the procapsid can sequester antibodies, thus enhancing EV71 infection in vitro. The results presented here suggest that, due to conformational differences between the EV71 procapsid and virus, the presence of the procapsid in natural virus infections should be considered in the future design of vaccines or therapeutics.
IMPORTANCE: In a picornavirus infection, both an infectious and a noninfectious empty capsid, sometimes referred to as a procapsid, are produced. It was novel to discover that the procapsid form of ...IMPORTANCE: In a picornavirus infection, both an infectious and a noninfectious empty capsid, sometimes referred to as a procapsid, are produced. It was novel to discover that the procapsid form of EV71 was expanded and antigenically distinct from the infectious virus. Previously, it had been supposed that this empty capsid was an off-pathway dead end or at best served for storage of pentameric subunits, which was later shown to be unlikely. It remains unexplained why picornaviruses evolutionarily conserve the wasteful production of so much noninfectious capsid. Here, we demonstrate that the EV71 procapsid has different antigenic properties than the infectious virus. Thus, the procapsid has the capacity to sequester neutralizing antibody and protect the virus, promoting or restoring a successful infection in vitro. This important observation should be considered in the future design and development of vaccines and therapeutics.
履歴
登録2014年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月10日-
マップ公開2014年12月10日-
更新2015年1月28日-
現状2015年1月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
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  • 原子モデル: PDB-3j91, PDB-3j93
  • 表面レベル: 1
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j91
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j93
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6200.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 365 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of EV71 procapsid in complex with Fab22A12
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.27 Å/pix.
x 461 pix.
= 585.47 Å		1.27 Å/pix.
x 461 pix.
= 585.47 Å		1.27 Å/pix.
x 461 pix.
= 585.47 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.27 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-4.29300165 - 8.482726100000001
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-230-230-230
サイズ461461461
Spacing461461461
セルA=B=C: 585.47 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.271.271.27
M x/y/z461461461
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z585.470585.470585.470
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ145145145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-230-230-230
NC/NR/NS461461461
D min/max/mean-4.2938.483-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fab fragment of 22A12 monoclonal antibody bound to Enterovirus 71...

全体名称: Fab fragment of 22A12 monoclonal antibody bound to Enterovirus 71 procapsid at the VP1 GH Loop
要素
  • 試料: Fab fragment of 22A12 monoclonal antibody bound to Enterovirus 71 procapsid at the VP1 GH Loop
  • ウイルス: Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: neutralizing antibody 22A12 Fab

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超分子 #1000: Fab fragment of 22A12 monoclonal antibody bound to Enterovirus 71...

超分子名称: Fab fragment of 22A12 monoclonal antibody bound to Enterovirus 71 procapsid at the VP1 GH Loop
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Human enterovirus 71

超分子名称: Human enterovirus 71 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: EV71
詳細: Virus procapsid was complexed with Fab fragments of neutralizing antibody 22A12.
NCBI-ID: 39054 / 生物種: Human enterovirus 71 / Sci species strain: 1095/Shiga / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: EV71
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 300 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: neutralizing antibody 22A12 Fab

分子名称: neutralizing antibody 22A12 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris, 200 mM NaCl, 50 mM MgCl2
グリッド詳細: holey carbon Quantifoil EM grids
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2011年7月15日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Processing was completed with EMAN2 and AUTO3DEM.
CTF補正詳細: CTFFind3
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, EMAN2, AUTO3DEM, Chimera / 使用した粒子像数: 15226

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4gmp

ソフトウェア名称: Situs
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j91:
Cryo-electron microscopy of Enterovirus 71 (EV71) procapsid in complex with Fab fragments of neutralizing antibody 22A12

PDB-3j93:
Fitting of Fab into the cryoEM density map of EV71 procapsid in complex with Fab22A12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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