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- EMDB-6196: Negative stain electron microscopy of JRFL SOSIP liganded with VRC03 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6196
タイトルNegative stain electron microscopy of JRFL SOSIP liganded with VRC03
マップデータReconstruction of JRFL SOSIP liganded with VRC03
試料
  • 試料: JRFL SOSIP liganded with VRC03
  • タンパク質・ペプチド: JRFL SOSIP gp140
  • タンパク質・ペプチド: VRC03
生物種Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Guenaga J / de Val N / Ward AB / Wyatt RT
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2015
タイトル: Well-ordered trimeric HIV-1 subtype B and C soluble spike mimetics generated by negative selection display native-like properties.
著者: Javier Guenaga / Natalia de Val / Karen Tran / Yu Feng / Karen Satchwell / Andrew B Ward / Richard T Wyatt /
要旨: The structure of BG505 gp140 SOSIP, a soluble mimic of the native HIV-1 envelope glycoprotein (Env), marks the beginning of new era in Env structure-based immunogen design. Displaying a well-ordered ...The structure of BG505 gp140 SOSIP, a soluble mimic of the native HIV-1 envelope glycoprotein (Env), marks the beginning of new era in Env structure-based immunogen design. Displaying a well-ordered quaternary structure, these subtype A-derived trimers display an excellent antigenic profile, discriminating recognition by broadly neutralizing antibodies (bNAbs) from non-broadly neutralizing antibodies (non-bNAbs), and provide a solid Env-based immunogenic platform starting point. Even with this important advance, obtaining homogeneous well-ordered soluble SOSIP trimers derived from other subtypes remains challenging. Here, we report the "rescue" of homogeneous well-ordered subtype B and C SOSIP trimers from a heterogeneous Env mixture using CD4 binding site-directed (CD4bs) non-bNAbs in a negative-selection purification process. These non-bNAbs recognize the primary receptor CD4bs only on disordered trimers but not on the native Env spike or well-ordered soluble trimers due to steric hindrance. Following negative selection to remove disordered oligomers, we demonstrated recovery of well-ordered, homogeneous trimers by electron microscopy (EM). We obtained 3D EM reconstructions of unliganded trimers, as well as in complex with sCD4, a panel of CD4bs-directed bNAbs, and the cleavage-dependent, trimer-specific bNAb, PGT151. Using bio-layer light interferometry (BLI) we demonstrated that the well-ordered trimers were efficiently recognized by bNAbs and poorly recognized by non-bNAbs, representing soluble mimics of the native viral spike. Biophysical characterization was consistent with the thermostability of a homogeneous species that could be further stabilized by specific bNAbs. This study revealed that Env trimers generate different frequencies of well-ordered versus disordered aberrant trimers even when they are genetically identical. By negatively selecting the native-like well-ordered trimers, we establish a new means to obtain soluble Env mimetics derived from subtypes B and C for expanded use as candidate vaccine immunogens.
履歴
登録2014年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2015年1月21日-
更新2015年1月21日-
現状2015年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 40
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 40
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6196.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6196.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of JRFL SOSIP liganded with VRC03
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å		2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å		2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 38.399999999999999 / ムービー #1: 40
最小 - 最大-66.989395139999999 - 181.482894899999991
平均 (標準偏差)0.86766845 (±11.68252468)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ145145145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-66.989181.4830.868

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : JRFL SOSIP liganded with VRC03

全体名称: JRFL SOSIP liganded with VRC03
要素
  • 試料: JRFL SOSIP liganded with VRC03
  • タンパク質・ペプチド: JRFL SOSIP gp140
  • タンパク質・ペプチド: VRC03

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超分子 #1000: JRFL SOSIP liganded with VRC03

超分子名称: JRFL SOSIP liganded with VRC03 / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One trimer of JRFL SOSIP binds 3 VRC03 molecules
Number unique components: 2
分子量実験値: 570 KDa / 理論値: 570 KDa / 手法: Size exclusion chromatography (SEC)

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分子 #1: JRFL SOSIP gp140

分子名称: JRFL SOSIP gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス)
分子量実験値: 570 KDa / 理論値: 570 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293F

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分子 #2: VRC03

分子名称: VRC03 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids were stained for 30 seconds with 2% uranyl formate.
グリッド詳細: 400 Cu mesh grids, glow-discharged at 15 mA for 30 seconds
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
日付2014年4月16日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 180 / 平均電子線量: 30.25 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 46000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 50
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, sparx / 使用した粒子像数: 50109

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j5m

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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