[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルWell-ordered trimeric HIV-1 subtype B and C soluble spike mimetics generated by negative selection display native-like properties.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 11, Issue 1, Page e1004570, Year 2015
掲載日2015年1月8日
著者Javier Guenaga / Natalia de Val / Karen Tran / Yu Feng / Karen Satchwell / Andrew B Ward / Richard T Wyatt /
PubMed 要旨The structure of BG505 gp140 SOSIP, a soluble mimic of the native HIV-1 envelope glycoprotein (Env), marks the beginning of new era in Env structure-based immunogen design. Displaying a well-ordered ...The structure of BG505 gp140 SOSIP, a soluble mimic of the native HIV-1 envelope glycoprotein (Env), marks the beginning of new era in Env structure-based immunogen design. Displaying a well-ordered quaternary structure, these subtype A-derived trimers display an excellent antigenic profile, discriminating recognition by broadly neutralizing antibodies (bNAbs) from non-broadly neutralizing antibodies (non-bNAbs), and provide a solid Env-based immunogenic platform starting point. Even with this important advance, obtaining homogeneous well-ordered soluble SOSIP trimers derived from other subtypes remains challenging. Here, we report the "rescue" of homogeneous well-ordered subtype B and C SOSIP trimers from a heterogeneous Env mixture using CD4 binding site-directed (CD4bs) non-bNAbs in a negative-selection purification process. These non-bNAbs recognize the primary receptor CD4bs only on disordered trimers but not on the native Env spike or well-ordered soluble trimers due to steric hindrance. Following negative selection to remove disordered oligomers, we demonstrated recovery of well-ordered, homogeneous trimers by electron microscopy (EM). We obtained 3D EM reconstructions of unliganded trimers, as well as in complex with sCD4, a panel of CD4bs-directed bNAbs, and the cleavage-dependent, trimer-specific bNAb, PGT151. Using bio-layer light interferometry (BLI) we demonstrated that the well-ordered trimers were efficiently recognized by bNAbs and poorly recognized by non-bNAbs, representing soluble mimics of the native viral spike. Biophysical characterization was consistent with the thermostability of a homogeneous species that could be further stabilized by specific bNAbs. This study revealed that Env trimers generate different frequencies of well-ordered versus disordered aberrant trimers even when they are genetically identical. By negatively selecting the native-like well-ordered trimers, we establish a new means to obtain soluble Env mimetics derived from subtypes B and C for expanded use as candidate vaccine immunogens.
リンクPLoS Pathog / PubMed:25569572 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度18.0 - 24.0 Å
構造データ

EMDB-6189:
Negative stain single particle electron microscopy of unliganded 16055 SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-6190:
Negative stain electron microscopy of unliganded JRFL SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-6191:
Negative stain electron microscopy of 16055 SOSIP liganded with sCD4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-6192:
Negative stain electron microscopy of JRFL SOSIP liganded with sCD4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-6193:
Negative stain electron microscopy of 16055 SOSIP liganded with VRC01
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-6194:
Negative stain electron microscopy of JRFL SOSIP liganded with VRC01
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-6195:
Negative stain electron microscopy of 16055 SOSIP liganded with VRC03
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-6196:
Negative stain electron microscopy of JRFL SOSIP liganded with VRC03
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-6197:
Negative stain electron microscopy of JRFL SOSIP liganded with PGT151
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-6198:
Negative staining electron microscopy of JRFL SOSIP liganded with PGV04 at day 0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-6199:
Negative stain electron microscopy of JRFL SOSIP liganded with PGV04 at day 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

由来
  • Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • unidentified (未定義)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る