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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6158 | |||||||||
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タイトル | Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex | |||||||||
![]() | Streptavidin-labeled N-DRC structure from DRC2-N-BCCP axoneme | |||||||||
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![]() | cilia and flagella / axoneme / dynein regulatory complex | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 43.0 Å | |||||||||
![]() | Oda T / Yanagisawa H / Kikkawa M | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Detailed structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex. 著者: Toshiyuki Oda / Haruaki Yanagisawa / Masahide Kikkawa / ![]() 要旨: The nexin-dynein regulatory complex (N-DRC) forms a cross-bridge between the outer doublet microtubules of the axoneme and regulates dynein motor activity in cilia/flagella. Although the molecular ...The nexin-dynein regulatory complex (N-DRC) forms a cross-bridge between the outer doublet microtubules of the axoneme and regulates dynein motor activity in cilia/flagella. Although the molecular composition and the three-dimensional structure of N-DRC have been studied using mutant strains lacking N-DRC subunits, more accurate approaches are necessary to characterize the structure and function of N-DRC. In this study, we precisely localized DRC1, DRC2, and DRC4 using cryo-electron tomography and structural labeling. All three N-DRC subunits had elongated conformations and spanned the length of N-DRC. Furthermore, we purified N-DRC and characterized its microtubule-binding properties. Purified N-DRC bound to the microtubule and partially inhibited microtubule sliding driven by the outer dynein arms (ODAs). Of interest, microtubule sliding was observed even in the presence of fourfold molar excess of N-DRC relative to ODA. These results provide insights into the role of N-DRC in generating the beating motions of cilia/flagella. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 55.7 KB 3.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Streptavidin-labeled N-DRC structure from DRC2-N-BCCP axoneme | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Streptavidin-labeled N-DRC structure from DRC2-N-BCCP axoneme
全体 | 名称: Streptavidin-labeled N-DRC structure from DRC2-N-BCCP axoneme |
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要素 |
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-超分子 #1000: Streptavidin-labeled N-DRC structure from DRC2-N-BCCP axoneme
超分子 | 名称: Streptavidin-labeled N-DRC structure from DRC2-N-BCCP axoneme タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: axoneme
超分子 | 名称: axoneme / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() Organelle: flagella |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 詳細: 30 mM Hepes-NaOH pH 7.2, 5 mM MgCl2, 1 mM dithiothreitol, 1 mM EGTA, 50 mM NaCl |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid, holey carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot for 5 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3100FFC |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2013年12月4日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 100 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 7.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 倍率(公称値): 25700 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 ° |
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画像解析
詳細 | Number of tilts (projections) used in 3D reconstruction: 65 Tomographic tilt angle increment: 2 |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 43.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, PEET |