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Structure paper

タイトルDetailed structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex.
ジャーナル・号・ページMol Biol Cell, Vol. 26, Issue 2, Page 294-304, Year 2015
掲載日2015年1月15日
著者Toshiyuki Oda / Haruaki Yanagisawa / Masahide Kikkawa /
PubMed 要旨The nexin-dynein regulatory complex (N-DRC) forms a cross-bridge between the outer doublet microtubules of the axoneme and regulates dynein motor activity in cilia/flagella. Although the molecular ...The nexin-dynein regulatory complex (N-DRC) forms a cross-bridge between the outer doublet microtubules of the axoneme and regulates dynein motor activity in cilia/flagella. Although the molecular composition and the three-dimensional structure of N-DRC have been studied using mutant strains lacking N-DRC subunits, more accurate approaches are necessary to characterize the structure and function of N-DRC. In this study, we precisely localized DRC1, DRC2, and DRC4 using cryo-electron tomography and structural labeling. All three N-DRC subunits had elongated conformations and spanned the length of N-DRC. Furthermore, we purified N-DRC and characterized its microtubule-binding properties. Purified N-DRC bound to the microtubule and partially inhibited microtubule sliding driven by the outer dynein arms (ODAs). Of interest, microtubule sliding was observed even in the presence of fourfold molar excess of N-DRC relative to ODA. These results provide insights into the role of N-DRC in generating the beating motions of cilia/flagella.
リンクMol Biol Cell / PubMed:25411337 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度43.0 - 49.0 Å
構造データ

EMDB-6154:
Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.0 Å

EMDB-6155:
Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 49.0 Å

EMDB-6156:
Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 43.0 Å

EMDB-6157:
Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 43.0 Å

EMDB-6158:
Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 43.0 Å

EMDB-6159:
Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.0 Å

EMDB-6160:
Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 44.0 Å

EMDB-6161:
Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.0 Å

EMDB-6162:
Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 46.0 Å

EMDB-6163:
Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 43.0 Å

EMDB-6164:
Detailed Structural and biochemical characterization of the nexin-dynein regulatory complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 45.0 Å

由来
  • Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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