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万見
- EMDB-6150: Structures of Protective Antibodies Reveal Sites of Vulnerability... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6150
タイトルStructures of Protective Antibodies Reveal Sites of Vulnerability on Ebola Virus
マップデータReconstruction of Ebola virus glycoprotein in complex with Fab fragments of c1H3 and KZ52
試料
  • 試料: Complex of Ebola virus glycoprotein with transmembrane region and cytoplasmic tail removed (GPdTM) in complex with Fab fragments of c1H3 chimerized human IgG1 and human KZ52 IgG1 antibodies to Ebola virus GP
  • タンパク質・ペプチド: Ebola virus GP
  • タンパク質・ペプチド: chimerized human IgG1 antigen binding fragment c1H3
  • タンパク質・ペプチド: chimerized human IgG1 antigen binding fragment KZ52
キーワードEbola / Antibody cocktails / mAbs / ZMAb / ZMapp / MB-003
生物種Ebola virus sp. (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Murin CD / Fusco ML / Bornholdt ZA / Qiu X / Olinger GG / Zeitlin L / Kobinger GP / Ward AB / Saphire EO
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Structures of protective antibodies reveal sites of vulnerability on Ebola virus.
著者: Charles D Murin / Marnie L Fusco / Zachary A Bornholdt / Xiangguo Qiu / Gene G Olinger / Larry Zeitlin / Gary P Kobinger / Andrew B Ward / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Ebola virus (EBOV) and related filoviruses cause severe hemorrhagic fever, with up to 90% lethality, and no treatments are approved for human use. Multiple recent outbreaks of EBOV and the likelihood ...Ebola virus (EBOV) and related filoviruses cause severe hemorrhagic fever, with up to 90% lethality, and no treatments are approved for human use. Multiple recent outbreaks of EBOV and the likelihood of future human exposure highlight the need for pre- and postexposure treatments. Monoclonal antibody (mAb) cocktails are particularly attractive candidates due to their proven postexposure efficacy in nonhuman primate models of EBOV infection. Two candidate cocktails, MB-003 and ZMAb, have been extensively evaluated in both in vitro and in vivo studies. Recently, these two therapeutics have been combined into a new cocktail named ZMapp, which showed increased efficacy and has been given compassionately to some human patients. Epitope information and mechanism of action are currently unknown for most of the component mAbs. Here we provide single-particle EM reconstructions of every mAb in the ZMapp cocktail, as well as additional antibodies from MB-003 and ZMAb. Our results illuminate key and recurring sites of vulnerability on the EBOV glycoprotein and provide a structural rationale for the efficacy of ZMapp. Interestingly, two of its components recognize overlapping epitopes and compete with each other for binding. Going forward, this work now provides a basis for strategic selection of next-generation antibody cocktails against Ebola and related viruses and a model for predicting the impact of ZMapp on potential escape mutations in ongoing or future Ebola outbreaks.
履歴
登録2014年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年11月19日-
マップ公開2014年11月19日-
更新2014年12月10日-
現状2014年12月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.55
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6150.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6150.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Ebola virus glycoprotein in complex with Fab fragments of c1H3 and KZ52
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.55 / ムービー #1: 3.55
最小 - 最大-4.40797615 - 13.05906105
平均 (標準偏差)0.00428074 (±0.99983615)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-4.40813.0590.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Ebola virus glycoprotein with transmembrane region and...

全体名称: Complex of Ebola virus glycoprotein with transmembrane region and cytoplasmic tail removed (GPdTM) in complex with Fab fragments of c1H3 chimerized human IgG1 and human KZ52 IgG1 antibodies to Ebola virus GP
要素
  • 試料: Complex of Ebola virus glycoprotein with transmembrane region and cytoplasmic tail removed (GPdTM) in complex with Fab fragments of c1H3 chimerized human IgG1 and human KZ52 IgG1 antibodies to Ebola virus GP
  • タンパク質・ペプチド: Ebola virus GP
  • タンパク質・ペプチド: chimerized human IgG1 antigen binding fragment c1H3
  • タンパク質・ペプチド: chimerized human IgG1 antigen binding fragment KZ52

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超分子 #1000: Complex of Ebola virus glycoprotein with transmembrane region and...

超分子名称: Complex of Ebola virus glycoprotein with transmembrane region and cytoplasmic tail removed (GPdTM) in complex with Fab fragments of c1H3 chimerized human IgG1 and human KZ52 IgG1 antibodies to Ebola virus GP
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Ebola GP trimer bound to six Fab fragments (two per monomer)
Number unique components: 3
分子量理論値: 750 KDa

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分子 #1: Ebola virus GP

分子名称: Ebola virus GP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EBOV GP / 詳細: transmembrane and cytoplasmic tail removed / コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Ebola virus sp. (エボラウイルス)
分子量理論値: 450 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換細胞: Schneider 2 (S2) / 組換プラスミド: pMT-puro

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分子 #2: chimerized human IgG1 antigen binding fragment c1H3

分子名称: chimerized human IgG1 antigen binding fragment c1H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: c1H3 Fab / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)

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分子 #3: chimerized human IgG1 antigen binding fragment KZ52

分子名称: chimerized human IgG1 antigen binding fragment KZ52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: KZ52 Fab / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: To prepare negative stain grids, a 4 uL aliquot of each complex, which had been diluted to a concentration of ~0.03 ug/mL with TBS buffer, was placed for 15 seconds onto carbon-coated 400 Cu ...詳細: To prepare negative stain grids, a 4 uL aliquot of each complex, which had been diluted to a concentration of ~0.03 ug/mL with TBS buffer, was placed for 15 seconds onto carbon-coated 400 Cu mesh grids that had been plasma cleaned for 20 s (Gatan), blotted off on the edge of the grid, then immediately stained for 30 s with 4 uL of 2% uranyl formate. The stain was blotted off on the edge of the grid and the grid was allowed to dry.
グリッド詳細: 400 Cu mesh grids, plasma-cleaned with Ag/O2 mix for 20 seconds
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2014年1月15日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 実像数: 23
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles selected and sorted using automatic selection program (DoG Picker, Xmipp) using Appion.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 2411

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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