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万見
- EMDB-6122: RNA-targeting by the Type III-A CRISPR-Cas Csm complex of Thermus... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6122
タイトルRNA-targeting by the Type III-A CRISPR-Cas Csm complex of Thermus thermophilus
マップデータReconstruction of Csm complex
試料
  • 試料: Type III-A CRISPR-Cas Csm complex of Thermus thermophilus
  • タンパク質・ペプチド: Csm1
  • タンパク質・ペプチド: Csm2
  • タンパク質・ペプチド: Csm3
  • タンパク質・ペプチド: Csm4
  • タンパク質・ペプチド: Csm5
  • RNA: CRISPR RNA
キーワードCRISPR RNA-guided targeting complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / exonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / : / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 ...CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / : / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / Cas10/Cmr2, second palm domain / : / CRISPR type III-associated protein / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / HD domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR system Cms protein Csm5 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR system Cms protein Csm2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Staals RHJ / Zhu Y / Taylor DW / Kornfeld JE / Sharma K / Barendregt A / Koehorst JJ / Vlot M / Neupane N / Varossieau K ...Staals RHJ / Zhu Y / Taylor DW / Kornfeld JE / Sharma K / Barendregt A / Koehorst JJ / Vlot M / Neupane N / Varossieau K / Sakamoto K / Suzuki T / Dohmae N / Yokoyama S / Schaap PJ / Urlaub H / Heck AJR / Nogales E / Doudna JA / Shinkai A / van der Oost J
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2014
タイトル: RNA targeting by the type III-A CRISPR-Cas Csm complex of Thermus thermophilus.
著者: Raymond H J Staals / Yifan Zhu / David W Taylor / Jack E Kornfeld / Kundan Sharma / Arjan Barendregt / Jasper J Koehorst / Marnix Vlot / Nirajan Neupane / Koen Varossieau / Keiko Sakamoto / ...著者: Raymond H J Staals / Yifan Zhu / David W Taylor / Jack E Kornfeld / Kundan Sharma / Arjan Barendregt / Jasper J Koehorst / Marnix Vlot / Nirajan Neupane / Koen Varossieau / Keiko Sakamoto / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Shigeyuki Yokoyama / Peter J Schaap / Henning Urlaub / Albert J R Heck / Eva Nogales / Jennifer A Doudna / Akeo Shinkai / John van der Oost /
要旨: CRISPR-Cas is a prokaryotic adaptive immune system that provides sequence-specific defense against foreign nucleic acids. Here we report the structure and function of the effector complex of the Type ...CRISPR-Cas is a prokaryotic adaptive immune system that provides sequence-specific defense against foreign nucleic acids. Here we report the structure and function of the effector complex of the Type III-A CRISPR-Cas system of Thermus thermophilus: the Csm complex (TtCsm). TtCsm is composed of five different protein subunits (Csm1-Csm5) with an uneven stoichiometry and a single crRNA of variable size (35-53 nt). The TtCsm crRNA content is similar to the Type III-B Cmr complex, indicating that crRNAs are shared among different subtypes. A negative stain EM structure of the TtCsm complex exhibits the characteristic architecture of Type I and Type III CRISPR-associated ribonucleoprotein complexes. crRNA-protein crosslinking studies show extensive contacts between the Csm3 backbone and the bound crRNA. We show that, like TtCmr, TtCsm cleaves complementary target RNAs at multiple sites. Unlike Type I complexes, interference by TtCsm does not proceed via initial base pairing by a seed sequence.
履歴
登録2014年10月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年11月5日-
マップ公開2014年12月3日-
更新2014年12月10日-
現状2014年12月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.65
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6122.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6122.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Csm complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 144 pix.
= 403.2 Å		2.8 Å/pix.
x 144 pix.
= 403.2 Å		2.8 Å/pix.
x 144 pix.
= 403.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.65 / ムービー #1: 4.65
最小 - 最大-12.448145869999999 - 13.10042
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-72-72-72
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 403.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z403.200403.200403.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-72-72-72
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-12.44813.1000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type III-A CRISPR-Cas Csm complex of Thermus thermophilus

全体名称: Type III-A CRISPR-Cas Csm complex of Thermus thermophilus
要素
  • 試料: Type III-A CRISPR-Cas Csm complex of Thermus thermophilus
  • タンパク質・ペプチド: Csm1
  • タンパク質・ペプチド: Csm2
  • タンパク質・ペプチド: Csm3
  • タンパク質・ペプチド: Csm4
  • タンパク質・ペプチド: Csm5
  • RNA: CRISPR RNA

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超分子 #1000: Type III-A CRISPR-Cas Csm complex of Thermus thermophilus

超分子名称: Type III-A CRISPR-Cas Csm complex of Thermus thermophilus
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse.
集合状態: 1 Csm1: 3 Csm2: 6 Csm3: 2 Csm4: 1 Csm5: 1 crRNA
Number unique components: 6
分子量実験値: 426 KDa / 手法: Native mass spectrometry

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分子 #1: Csm1

分子名称: Csm1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Cas10 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量理論値: 90 KDa
配列UniProtKB: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
GO: metal ion binding, phosphoric diester hydrolase activity
InterPro: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1

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分子 #2: Csm2

分子名称: Csm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量理論値: 16 KDa
配列UniProtKB: CRISPR system Cms protein Csm2 / InterPro: CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A

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分子 #3: Csm3

分子名称: Csm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量理論値: 27 KDa
配列UniProtKB: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
InterPro: CRISPR-associated RAMP Csm3, CRISPR type III-associated protein

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分子 #4: Csm4

分子名称: Csm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量理論値: 32 KDa
配列UniProtKB: CRISPR system Cms protein Csm4

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分子 #5: Csm5

分子名称: Csm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量理論値: 45 KDa
配列UniProtKB: CRISPR system Cms protein Csm5
InterPro: CRISPR-associated protein Csm5, CRISPR type III-associated protein

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分子 #6: CRISPR RNA

分子名称: CRISPR RNA / タイプ: rna / ID: 6 / Name.synonym: crRNA / 詳細: endogenous crRNA of variable lengths / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
分子量理論値: 14 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 25 mM HEPES, pH 7.5, 100 mM KCl, 1 mM TCEP, 5% glycerol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Sample was negatively stained with four consecutive droplets of 2% uranyl acetate.
グリッド詳細: 200 mesh Cu grid with thin carbon, glow discharged with a sputter coater
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification.
Legacy - Electron beam tilt params: 0
詳細Data acquired using Leginon.
日付2013年10月18日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 420 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細We used a low-pass-filtered E. coli Cascade structure as an initial model for three-dimensional reconstruction using iterative projection matching refinement with libraries from the EMAN2 and SPARX software packages.
CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, SPARX / 使用した粒子像数: 60000
最終 2次元分類クラス数: 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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