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- EMDB-61213: Cryo-EM structure of wild type Aquifex aeolicus RseP in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61213
タイトルCryo-EM structure of wild type Aquifex aeolicus RseP in complex with Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: RseP ortholog wild-type from Aquifex aeolicus in complex with 4A9 Fab
    • 複合体: Fab of mouse monoclonal antibody IgG 4A9
      • タンパク質・ペプチド: VH-CH1 region of mouse monoclonal antibody IgG 4A9
      • タンパク質・ペプチド: L chain of mouse monoclonal antibody IgG 4A9
    • 複合体: RseP ortholog wild-type from Aquifex aeolicus
      • タンパク質・ペプチド: Putative zinc metalloprotease aq_1964
  • リガンド: ZINC ION
キーワードProtease / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase / Peptidase M50 / Peptidase family M50 / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative zinc metalloprotease aq_1964
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) / Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Asahi K / Hirose M / Aruga R / Kato T / Nogi T
資金援助 日本, 5件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K23825 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H02561 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H03170 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26291016 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22370039 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the bacterial intramembrane metalloprotease RseP in the substrate-bound state.
著者: Kikuko Asahi / Mika Hirose / Rie Aruga / Yosuke Shimizu / Michiko Tajiri / Tsubasa Tanaka / Yuriko Adachi / Yukari Tanaka / Mika K Kaneko / Yukinari Kato / Satoko Akashi / Yoshinori Akiyama / ...著者: Kikuko Asahi / Mika Hirose / Rie Aruga / Yosuke Shimizu / Michiko Tajiri / Tsubasa Tanaka / Yuriko Adachi / Yukari Tanaka / Mika K Kaneko / Yukinari Kato / Satoko Akashi / Yoshinori Akiyama / Yohei Hizukuri / Takayuki Kato / Terukazu Nogi /
要旨: Site-2 proteases (S2Ps), conserved intramembrane metalloproteases that maintain cellular homeostasis, are associated with chronic infection and persistence leading to multidrug resistance in ...Site-2 proteases (S2Ps), conserved intramembrane metalloproteases that maintain cellular homeostasis, are associated with chronic infection and persistence leading to multidrug resistance in bacterial pathogens. A structural model of how S2Ps discriminate and accommodate substrates could help us develop selective antimicrobial agents. We previously proposed that the S2P RseP unwinds helical substrate segments before cleavage, but the mechanism for accommodating a full-length membrane-spanning substrate remained unclear. Our present cryo-EM analysis of RseP (RseP) revealed that a substrate-like membrane protein fragment from the expression host occupied the active site while spanning a transmembrane cavity that is inaccessible via lateral diffusion. Furthermore, in vivo photocrosslinking supported that this substrate accommodation mode is recapitulated on the cell membrane. Our results suggest that the substrate accommodation by threading through a conserved membrane-associated region stabilizes the substrate-complex and contributes to substrate discrimination on the membrane.
履歴
登録2024年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61213.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61213.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 180 pix.
= 243. Å		1.35 Å/pix.
x 180 pix.
= 243. Å		1.35 Å/pix.
x 180 pix.
= 243. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.1985594 - 0.48858675
平均 (標準偏差)0.00026100434 (±0.018254424)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 243.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61213_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61213_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RseP ortholog wild-type from Aquifex aeolicus in complex with 4A9 Fab

全体名称: RseP ortholog wild-type from Aquifex aeolicus in complex with 4A9 Fab
要素
  • 複合体: RseP ortholog wild-type from Aquifex aeolicus in complex with 4A9 Fab
    • 複合体: Fab of mouse monoclonal antibody IgG 4A9
      • タンパク質・ペプチド: VH-CH1 region of mouse monoclonal antibody IgG 4A9
      • タンパク質・ペプチド: L chain of mouse monoclonal antibody IgG 4A9
    • 複合体: RseP ortholog wild-type from Aquifex aeolicus
      • タンパク質・ペプチド: Putative zinc metalloprotease aq_1964
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: RseP ortholog wild-type from Aquifex aeolicus in complex with 4A9 Fab

超分子名称: RseP ortholog wild-type from Aquifex aeolicus in complex with 4A9 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 50 KDa

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超分子 #2: Fab of mouse monoclonal antibody IgG 4A9

超分子名称: Fab of mouse monoclonal antibody IgG 4A9 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: RseP ortholog wild-type from Aquifex aeolicus

超分子名称: RseP ortholog wild-type from Aquifex aeolicus / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)

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分子 #1: Putative zinc metalloprotease aq_1964

分子名称: Putative zinc metalloprotease aq_1964 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
分子量理論値: 49.322203 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: (FME)GLIAFLILI GVLVWVHEFG HFLMAKLFRV KVEIFSIGFG PPIFRRQWGE TVYQIAALPL GGYVKLYGEE ENVHDP RAF STKKPWQKIL IALGGPLFNF LFTILVFALV YTAGVEVPKY LKEPVVVGYV QRDSIAQKIG IKPGDKIIKI (SNN)GY EVRTWE ...文字列:
(FME)GLIAFLILI GVLVWVHEFG HFLMAKLFRV KVEIFSIGFG PPIFRRQWGE TVYQIAALPL GGYVKLYGEE ENVHDP RAF STKKPWQKIL IALGGPLFNF LFTILVFALV YTAGVEVPKY LKEPVVVGYV QRDSIAQKIG IKPGDKIIKI (SNN)GY EVRTWE DLRDALIRLS LDGVKETTLF LERNGEVLHL TIKVPNVQKG EELGIAPLVK PVVGGVKKGS PADQVGIKPG DLIL EVNGK KINTWYELVE EVRKSQGKAI KLKILRNGKM IEKELIPAKD PKTGTYFIGL FPKTETVVEK KPFGEALASA VNRTW ELTV LTLKTIAGLI TGKVSFQTLG GPIAIAQIAG QAAQSGFIPY LVMMAFISLQ LGIFNLIPLP ILDGGLILLF AIEWLR GRP LPEKFKEYWQ RVGLAIIITL TIFVFINDIL RLLRGRGSHH HHHHHH

UniProtKB: Putative zinc metalloprotease aq_1964

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分子 #2: VH-CH1 region of mouse monoclonal antibody IgG 4A9

分子名称: VH-CH1 region of mouse monoclonal antibody IgG 4A9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.564592 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSEVKLVESG GGLVQPGGSL RLSCVTSGFT FTDYYMSWVR QPPGKALEWL AFIRNKVNGY TTEYRASVKG RFTISRDSSQ SILYLQVNT LRAEDSATYY CARDRGGNGV YFDYWGQGTT LTVSSAKTTP PSVYPLAPGS AAQTNSMVTL GCLVKGYFPE P VTVTWNSG ...文字列:
GSEVKLVESG GGLVQPGGSL RLSCVTSGFT FTDYYMSWVR QPPGKALEWL AFIRNKVNGY TTEYRASVKG RFTISRDSSQ SILYLQVNT LRAEDSATYY CARDRGGNGV YFDYWGQGTT LTVSSAKTTP PSVYPLAPGS AAQTNSMVTL GCLVKGYFPE P VTVTWNSG SLSSGVHTFP AVLQSDLYTL SSSVTVPSST WPSETVTCNV AHPASSTKVD KKIVPRDCGG VAMPGAEDDV V

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分子 #3: L chain of mouse monoclonal antibody IgG 4A9

分子名称: L chain of mouse monoclonal antibody IgG 4A9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.734125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVG TDVAWYQQKP GQSPKLLIYW ASIRHTGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNVQS EDLADYFCQ QYSSYPLTFG AGTKLELERA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVG TDVAWYQQKP GQSPKLLIYW ASIRHTGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNVQS EDLADYFCQ QYSSYPLTFG AGTKLELERA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: CEOS, spherical aberration corrector
エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11400 / 平均露光時間: 3.238 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm
最大 デフォーカス（補正後）: 3.6470000000000002 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.162 µm / 倍率（補正後）: 103703 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.019 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1925238
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / 使用した粒子像数: 88124
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 75707 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
ChainPDB ID
chain_id: A, residue_range: 1-113, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: A, residue_range: 114-206, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6akq

chain_id: A, residue_range: 207-298, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3wkm

chain_id: A, residue_range: 299-429, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8zay

chain_id: L, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8zay

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9j82:
Cryo-EM structure of wild type Aquifex aeolicus RseP in complex with Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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