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- EMDB-6120: Structure of a mycobacterial protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6120
タイトルStructure of a mycobacterial protein
マップデータReconstruction of mycobacterial protein
試料
  • 試料: Mycobacterial protein
  • タンパク質・ペプチド: Mycobacterial protein
機能・相同性ESX-1 secretion-associated protein EspB, PE domain / ESX-1 secreted protein B PE domain / protein secretion by the type VII secretion system / PPE superfamily / biological process involved in interaction with host / extracellular region / identical protein binding / ESX-1 secretion-associated protein EspB
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Solomonson M / Setiaputra D / Makepeace KAT / Lameignere E / Petrotchenko EV / Conrady DG / Bergeron JR / Vuckovic M / DiMaio F / Borchers CH ...Solomonson M / Setiaputra D / Makepeace KAT / Lameignere E / Petrotchenko EV / Conrady DG / Bergeron JR / Vuckovic M / DiMaio F / Borchers CH / Yip CK / Strynadka NCJ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of EspB from the ESX-1 type VII secretion system and insights into its export mechanism.
著者: Matthew Solomonson / Dheva Setiaputra / Karl A T Makepeace / Emilie Lameignere / Evgeniy V Petrotchenko / Deborah G Conrady / Julien R Bergeron / Marija Vuckovic / Frank DiMaio / Christoph H ...著者: Matthew Solomonson / Dheva Setiaputra / Karl A T Makepeace / Emilie Lameignere / Evgeniy V Petrotchenko / Deborah G Conrady / Julien R Bergeron / Marija Vuckovic / Frank DiMaio / Christoph H Borchers / Calvin K Yip / Natalie C J Strynadka /
要旨: Mycobacterium tuberculosis (Mtb) uses the ESX-1 type VII secretion system to export virulence proteins across its lipid-rich cell wall, which helps permeabilize the host's macrophage phagosomal ...Mycobacterium tuberculosis (Mtb) uses the ESX-1 type VII secretion system to export virulence proteins across its lipid-rich cell wall, which helps permeabilize the host's macrophage phagosomal membrane, facilitating the escape and cell-to-cell spread of Mtb. ESX-1 membranolytic activity depends on a set of specialized secreted Esp proteins, the structure and specific roles of which are not currently understood. Here, we report the X-ray and electron microscopic structures of the ESX-1-secreted EspB. We demonstrate that EspB adopts a PE/PPE-like fold that mediates oligomerization with apparent heptameric symmetry, generating a barrel-shaped structure with a central pore that we propose contributes to the macrophage killing functions of EspB. Our structural data also reveal unexpected direct interactions between the EspB bipartite secretion signal sequence elements that form a unified aromatic surface. These findings provide insight into how specialized proteins encoded within the ESX-1 locus are targeted for secretion, and for the first time indicate an oligomerization-dependent role for Esp virulence factors.
履歴
登録2014年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年11月5日-
マップ公開2015年3月11日-
更新2015年3月18日-
現状2015年3月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j83
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6120.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of mycobacterial protein
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-2.66882896 - 1.93457854
平均 (標準偏差)-0.01802388 (±0.19855918)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 300.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.74.74.7
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.800300.800300.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-2.6691.935-0.018

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterial protein

全体名称: Mycobacterial protein
要素
  • 試料: Mycobacterial protein
  • タンパク質・ペプチド: Mycobacterial protein

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超分子 #1000: Mycobacterial protein

超分子名称: Mycobacterial protein / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 230 KDa / 理論値: 230 KDa
手法: size exclusion chromatography coupled to multi-angle light scattering

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分子 #1: Mycobacterial protein

分子名称: Mycobacterial protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: pET28a

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Protein was adsorbed onto grid, quickly blotted, and floated on 1% uranyl formate solution for 30 seconds
グリッド詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
温度平均: 298 K
詳細Low dose
日付2013年8月28日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.3 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 65900 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダー: side entry room temperature tomography holder
試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, EMAN2
詳細: Initial reconstructions were determined from a side-view 2D average based on observed 7-fold symmetry of the top view using a rotational extrusion method. The initial model was then refined ...詳細: Initial reconstructions were determined from a side-view 2D average based on observed 7-fold symmetry of the top view using a rotational extrusion method. The initial model was then refined in 6 iterations with EMAN2 using untilted particles.
使用した粒子像数: 1455
最終 2次元分類クラス数: 2

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4wj1


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Rosetta
詳細Homology model generated from PDB coordinates and used for symmetric docking in Rosetta.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: RMSD / Rosetta score
得られたモデル

PDB-3j83:
Heptameric EspB Rosetta model guided by EM density

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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