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- EMDB-61131: Cryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with PlexinA1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61131
タイトルCryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with PlexinA1 dimer
マップデータCryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with PlexinA1 dimer. Sharpened main map.
試料
  • 複合体: Dimer complex of Human Plexin-A1 27-710 with aPlexinA1-19-43 Fab binding
    • 複合体: Dimer of Human Plexin-A1 27-710
      • タンパク質・ペプチド: Plexin-A1
    • 複合体: aPlexinA1-19-43 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of aPlexinA1-19-43 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of aPlexinA1-19-43 Fab
キーワードSignalling / Fab / Complex / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


olfactory nerve formation / neuron projection guidance / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / Other semaphorin interactions / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / semaphorin receptor complex / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / semaphorin receptor activity / CRMPs in Sema3A signaling ...olfactory nerve formation / neuron projection guidance / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / Other semaphorin interactions / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / semaphorin receptor complex / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / semaphorin receptor activity / CRMPs in Sema3A signaling / regulation of smooth muscle cell migration / RHOD GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / neuron projection extension / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / synapse assembly / regulation of cell migration / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Plexin-A1, Sema domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain ...Plexin-A1, Sema domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Tian H / Fung CP
資金援助 香港, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentPRP/065/19FX 香港
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2026
タイトル: A bispecific antibody designed to act as a NRP2/PLXNA1 agonist mimics anticancer activity of SEMA3F.
著者: Honglei Tian / Chun Po Fung / Luke Burman / Yeeting E Chong / Changdong Liu / Yanyan Geng / Lam Yang / Man Wai Chow / Yingyi Zhang / Kwok Wa Hugo Ho / Guang Zhu / Zhenguo Wu / Xiang-Lei Yang ...著者: Honglei Tian / Chun Po Fung / Luke Burman / Yeeting E Chong / Changdong Liu / Yanyan Geng / Lam Yang / Man Wai Chow / Yingyi Zhang / Kwok Wa Hugo Ho / Guang Zhu / Zhenguo Wu / Xiang-Lei Yang / Zhiwen Xu / Leslie A Nangle /
要旨: Neuropilin-2 (NRP2) is a pleiotropic receptor with diverse roles across biological systems. Recent work detailed its role as an immunomodulatory receptor target that is currently being explored in ...Neuropilin-2 (NRP2) is a pleiotropic receptor with diverse roles across biological systems. Recent work detailed its role as an immunomodulatory receptor target that is currently being explored in clinical development for interstitial lung diseases, establishing it as a viable therapeutic target. To mediate its diverse effects, NRP2 interacts with endogenous ligands, including semaphorins (SEMAs) and vascular endothelial growth factors, signaling via ligand-induced heterodimerization with various receptor families. One of these ligands, SEMA3F exhibits well-documented tumor-suppressive activities mediated through NRP2 and plexinA1 (PLXNA1). Despite its observed benefits, SEMA3F is not therapeutically viable due to the multifaceted nature of its functions through non-NRP2-mediated interactions, leading to concerns around potential toxicity. Here, we describe development of bispecific antibodies (bsAbs) that dimerize PLXNA1 and NRP2, selectively mimicking the beneficial aspects of SEMA3F signaling as a basis for a novel anticancer therapy. Using a single B cell-based mAb discovery platform, anti-PLXNA1 mAbs with diverse lineages were generated and combined with anti-NRP2 mAbs to produce over 200 PLXNA1-NRP2 bsAbs. Antibodies were screened in cell-based assays (receptor dimerization, phospho-AKT, oncogene expression, and cell proliferation), yielding one bsAb capable of mimicking NRP2-mediated SEMA3F activities in all assays. Structural studies revealed that this bsAb binds to PLXNA1/NRP2 at sites distinct from the SEMA3F-binding site, but in a manner that allows proper spacing for receptor complex formation and flexibility of conformational changes for signaling. This study demonstrates the potential of these receptors as targets for agonistic bsAbs development and provides the groundwork for further exploration in tumor models.
履歴
登録2024年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61131.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with PlexinA1 dimer. Sharpened main map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 280 pix.
= 287.28 Å		1.03 Å/pix.
x 280 pix.
= 287.28 Å		1.03 Å/pix.
x 280 pix.
= 287.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.026 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.173
最小 - 最大-1.4498564 - 2.5345814
平均 (標準偏差)0.00083649304 (±0.055359047)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 287.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Cryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with...

ファイルemd_61131_additional_1.map
注釈Cryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with PlexinA1 dimer. Raw Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with...

ファイルemd_61131_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with PlexinA1 dimer. Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with...

ファイルemd_61131_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with PlexinA1 dimer. Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimer complex of Human Plexin-A1 27-710 with aPlexinA1-19-43 Fab ...

全体名称: Dimer complex of Human Plexin-A1 27-710 with aPlexinA1-19-43 Fab binding
要素
  • 複合体: Dimer complex of Human Plexin-A1 27-710 with aPlexinA1-19-43 Fab binding
    • 複合体: Dimer of Human Plexin-A1 27-710
      • タンパク質・ペプチド: Plexin-A1
    • 複合体: aPlexinA1-19-43 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of aPlexinA1-19-43 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of aPlexinA1-19-43 Fab

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超分子 #1: Dimer complex of Human Plexin-A1 27-710 with aPlexinA1-19-43 Fab ...

超分子名称: Dimer complex of Human Plexin-A1 27-710 with aPlexinA1-19-43 Fab binding
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Fab fragments generated from cloning the variable region of PlexinA1 antibody generated from mouse, into Fab vector. Fab fragments and PlexinA1 27-710 are expressed and purified from CHO cells.

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超分子 #2: Dimer of Human Plexin-A1 27-710

超分子名称: Dimer of Human Plexin-A1 27-710 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: aPlexinA1-19-43 Fab

超分子名称: aPlexinA1-19-43 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: Heavy chain and light chain of aPlexinA1-19-43 Fab expressed and purified from CHO cells
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Plexin-A1

分子名称: Plexin-A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Human Plexin A1 27 to 710 with His Tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 76.710734 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EAGLPRAGGG SQPPFRTFSA SDWGLTHLVV HEQTGEVYVG AVNRIYKLSG NLTLLRAHVT GPVEDNEKCY PPPSVQSCPH GLGSTDNVN KLLLLDYAAN RLLACGSASQ GICQFLRLDD LFKLGEPHHR KEHYLSSVQE AGSMAGVLIA GPPGQGQAKL F VGTPIDGK ...文字列:
EAGLPRAGGG SQPPFRTFSA SDWGLTHLVV HEQTGEVYVG AVNRIYKLSG NLTLLRAHVT GPVEDNEKCY PPPSVQSCPH GLGSTDNVN KLLLLDYAAN RLLACGSASQ GICQFLRLDD LFKLGEPHHR KEHYLSSVQE AGSMAGVLIA GPPGQGQAKL F VGTPIDGK SEYFPTLSSR RLMANEEDAD MFGFVYQDEF VSSQLKIPSD TLSKFPAFDI YYVYSFRSEQ FVYYLTLQLD TQ LTSPDAA GEHFFTSKIV RLCVDDPKFY SYVEFPIGCE QAGVEYRLVQ DAYLSRPGRA LAHQLGLAED EDVLFTVFAQ GQK NRVKPP KESALCLFTL RAIKEKIKER IQSCYRGEGK LSLPWLLNKE LGCINSPLQI DDDFCGQDFN QPLGGTVTIE GTPL FVDKD DGLTAVAAYD YRGRTVVFAG TRSGRIRKIL VDLSNPGGRP ALAYESVVAQ EGSPILRDLV LSPNHQYLYA MTEKQ VTRV PVESCVQYTS CELCLGSRDP HCGWCVLHSI CSRRDACERA DEPQRFAADL LQCVQLTVQP RNVSVTMSQV PLVLQA WNV PDLSAGVNCS FEDFTESESV LEDGRIHCRS PSAREVAPIT RGQGDQRVVK LYLKSKETGK KFASVDFVFY NCSVHQS CL SCVNGSFPCH WCKYRHVCTH NVADCAFLEG RVNVSEDCPQ ILHHHHHH

UniProtKB: Plexin-A1

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分子 #2: Light chain of aPlexinA1-19-43 Fab

分子名称: Light chain of aPlexinA1-19-43 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.413873 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QIVLTQSPAI LSASPGEKVT MSCSVSSSIT YMHWYQQKPG TSPKRWIYDT SKLASGVPAR FSGSGSGTSF SLTISNMEAE DAATYYCHQ RSSYPYSFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
QIVLTQSPAI LSASPGEKVT MSCSVSSSIT YMHWYQQKPG TSPKRWIYDT SKLASGVPAR FSGSGSGTSF SLTISNMEAE DAATYYCHQ RSSYPYSFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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分子 #3: Heavy chain of aPlexinA1-19-43 Fab

分子名称: Heavy chain of aPlexinA1-19-43 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.302014 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASVKI SCKASGYKFT ENYMDWVKQS HGESLEWIGD ISPDNGDTSY NQKFRDKATL TVDKSSSTAY MELRSLTSE DSAVYYCAQI IYYDYVGYAL DYWGQGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL ...文字列:
EVQLQQSGPE LVKPGASVKI SCKASGYKFT ENYMDWVKQS HGESLEWIGD ISPDNGDTSY NQKFRDKATL TVDKSSSTAY MELRSLTSE DSAVYYCAQI IYYDYVGYAL DYWGQGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IVPRDCGGSH HHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: To prepare cryo-grids, 3 ul samples were applied to glow discharged Quantifoil Au grids (R2/2, 300 mesh), which were subsequently blotted with filter paper (Ted Pella) for 3 seconds at 18oC ...詳細: To prepare cryo-grids, 3 ul samples were applied to glow discharged Quantifoil Au grids (R2/2, 300 mesh), which were subsequently blotted with filter paper (Ted Pella) for 3 seconds at 18oC and 100% humidity. The grids were immediately plunge frozen in liquid ethane using a FEI Vitrobot IV (ThermoFisher).
詳細This sample is a 1:1 mixture of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with PlexinA1 dimer. The sample was mono disperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 1989 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: A total of 2,084 movies were acquired and imported into Cryo-SPARC using the following parameters: Raw pixel size 1.026 A, Accelerating Voltage 300 kV, Spherical Aberration 2.7 mm, and Total ...詳細: A total of 2,084 movies were acquired and imported into Cryo-SPARC using the following parameters: Raw pixel size 1.026 A, Accelerating Voltage 300 kV, Spherical Aberration 2.7 mm, and Total exposure dose 50 e/A^2. Motion correction and CTF estimation were performed using Full-frame Motion Correction and Patch CTF. After that, 1,989 micrographs were selected from the 2,084 micrographs based on average intensity (-10055.05 to 2041.77)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3741859
詳細: After Inspect Particle Picks (NCC score > 0.620, 10421 < local power score < 17132) and Extract From Micrographs (Extraction box size 320 pix), a total of 3,741,859 particles were extracted
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / 使用した粒子像数: 253734
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

5l59

chain_id: A, residue_range: 27-710, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelInital model was based on PDB entry 5L59, and truncated to the appropriate lenght of 27-710
chain_id: H, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelIntial model of Fab was generated in silico using alphafold servers.
chain_id: L, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelIntial model of Fab was generated in silico using alphafold servers.
詳細Initial local fitting was done using Chimera X, followed by manual fitting using Coot. Finally it was refined using Phenix real space refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9j4c:
Cryo-EM structure of aPlexinA1-19-43 Fab in complex with PlexinA1 dimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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