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万見
- EMDB-61074: Tip region of monocin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61074
タイトルTip region of monocin
マップデータ
試料
  • 複合体: monocin
    • タンパク質・ペプチド: AA protein
    • タンパク質・ペプチド: FtbJ
    • タンパク質・ペプチド: FtbK
    • タンパク質・ペプチド: FtbL
    • タンパク質・ペプチド: CCA-adding enzyme
キーワードBacteriocin / bacteriophage / Siphoviridae / F-type tailocin / phage tail-like bacteriocins / Listeria monocytogenes / monocin / cryo-EM / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


Prophage endopeptidase tail, N-terminal / Prophage endopeptidase tail N-terminal domain / Prophage tail endopeptidase / Prophage endopeptidase tail / Siphovirus-type tail component / Phage tail protein RIFT-related domain / Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CCA-adding enzyme / FtbJ / FtbL / FtbK / AA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Wang JW / Gu ZW
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371254 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171190 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of an F-type phage tail-like bacteriocin from Listeria monocytogenes.
著者: Zhiwei Gu / Xiaofei Ge / Jiawei Wang /
要旨: F-type phage tail-like bacteriocins (PTLBs) are high-molecular-weight protein complexes exhibiting bactericidal activity and share evolutionary similarities with the tails of non-contractile ...F-type phage tail-like bacteriocins (PTLBs) are high-molecular-weight protein complexes exhibiting bactericidal activity and share evolutionary similarities with the tails of non-contractile siphoviruses. In this study, we present the atomic structure of monocin, a genetically engineered F-type PTLB from Listeria monocytogenes. Our detailed atomic-level analysis, excluding two chaperone proteins, provides crucial insights into the molecular architecture of F-type PTLBs. The core structure of monocin resembles TP901-1-like phage tails, featuring three side fibers with receptor-binding domains that connect to the baseplate for host adhesion. Based on these findings, we propose a potential mechanism by which F-type PTLBs induce cell death, offering a foundation for developing targeted antibacterial therapies.
履歴
登録2024年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月8日-
マップ公開2025年1月8日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 549.99 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 549.99 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 549.99 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0742 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23
最小 - 最大-0.50309724 - 1.7631584
平均 (標準偏差)0.00036040074 (±0.05955037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 549.9904 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61074_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61074_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : monocin

全体名称: monocin
要素
  • 複合体: monocin
    • タンパク質・ペプチド: AA protein
    • タンパク質・ペプチド: FtbJ
    • タンパク質・ペプチド: FtbK
    • タンパク質・ペプチド: FtbL
    • タンパク質・ペプチド: CCA-adding enzyme

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超分子 #1: monocin

超分子名称: monocin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)

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分子 #1: AA protein

分子名称: AA protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)
分子量理論値: 18.01026 KDa
組換発現生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)
配列文字列:
MAFEENLYCD YTPGAAKAVA GKDVILAVFN AAGDKLLAVA GQQGLTVNRS KDSIEITSKD TVGGWKSKIG GMKEWSIEND GLYVADAES HKELAKYFES DSPVCVKIIN QASKKGLFGG LAIVADYSFE APFDEAMTYS VKLDGMGALV DLTITEGGDQ M PGETPVAP AE

UniProtKB: AA protein

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分子 #2: FtbJ

分子名称: FtbJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)
分子量理論値: 65.312633 KDa
組換発現生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)
配列文字列: MAESKSITFE LNESVLTAQV GRLDEMAMVV ERRFSELKMT IEDVGNADPG SKISESLGGL QSGLGTISSA FGQLGSSSEA ITSGFGTAV GSVGGITDAF KNLGSSVQNG TLFSSLATGI GGMSTMLGGV SGGVQGITNL ASGFMELKNH LGGLMSSIGG V GGIMGKLT ...文字列:
MAESKSITFE LNESVLTAQV GRLDEMAMVV ERRFSELKMT IEDVGNADPG SKISESLGGL QSGLGTISSA FGQLGSSSEA ITSGFGTAV GSVGGITDAF KNLGSSVQNG TLFSSLATGI GGMSTMLGGV SGGVQGITNL ASGFMELKNH LGGLMSSIGG V GGIMGKLT SPMGLVIIGI VALVAAFTYL MTTNESFRNT VMSVVTQVAQ LFGQLVASLM PIIMQIVTAV MQIGAALMPM VM QFISFFA QLLAQLMPFI NMLISMLMPV IMQIVQVVMS LVSALLPSIM TVIQGIMSVI QFLIPIIMQI ATVVVQIVVT IIS YISKIM PIVMTIIGVI VSIITTIISY VVIIATTIAS VIGKIISFIA SVITAVIGIV QPIIAFITNI FTTIVTIIGA AFQM VFTVA SKIWNSIMST ISGIIDGIKA VITGISTTVS SVFNGVKRII TGVFDGIKSA WGGLTDFVGN IFDGVSSAIQ TVVDN VKGF VNVVIRGING AIGLINKIPG VEIGKIPQLI SGTTNFQGGF ARMNEGGRGE MVVLPSGSQV IPHDATMKYA RESARG NKS MLYTSQGADL ARVENLLERL LQKNPVIKMD DKVVAEVVSR NQANSFDQYN YTMGGAAYS

UniProtKB: FtbJ

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分子 #3: FtbK

分子名称: FtbK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)
分子量理論値: 31.37335 KDa
組換発現生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)
配列文字列: MSDLFLELNG KVHSLSETFP GLSVQEVSRQ SPQLSMETAE IAGTDGVIPG MTQFKPFIFS AKCNLQALDI PDYHLAVREI YEFLFQRDS YYIWSDQMPG IRYEVHPKPV DFSRESDRVG LLTIEFDVFK GYAESRGTSL DPMTFEVDLW QMGMNLSNRD D LFYVFREN ...文字列:
MSDLFLELNG KVHSLSETFP GLSVQEVSRQ SPQLSMETAE IAGTDGVIPG MTQFKPFIFS AKCNLQALDI PDYHLAVREI YEFLFQRDS YYIWSDQMPG IRYEVHPKPV DFSRESDRVG LLTIEFDVFK GYAESRGTSL DPMTFEVDLW QMGMNLSNRD D LFYVFREN TFRVYNAGSD RVNPLMRHEL DIAMTANGTP TIHNLTTGES FEYRKELQKT DVLLLNNIYP LVNNRRVGKD TN HGIITLE KGWNDFEIKG VTDVTIAFNF PFIYR

UniProtKB: FtbK

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分子 #4: FtbL

分子名称: FtbL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)
分子量理論値: 43.228668 KDa
組換発現生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)
配列文字列: MDYVIIQSMD KEVEEILTDI DYGSFSYDYE KNTSRAISFT VNKTKQNAAI FDLVGNEAIL TYQGQQFVIK KCTPKSIGGT ISKQITAQH ICYTVQDHVQ YNVKSGRKKY SIQTVLEFAL QDNVLGFSYE IQGSFPLVEL EDLGNKNGLE LVNLCLEEFG A ILFADNKK ...文字列:
MDYVIIQSMD KEVEEILTDI DYGSFSYDYE KNTSRAISFT VNKTKQNAAI FDLVGNEAIL TYQGQQFVIK KCTPKSIGGT ISKQITAQH ICYTVQDHVQ YNVKSGRKKY SIQTVLEFAL QDNVLGFSYE IQGSFPLVEL EDLGNKNGLE LVNLCLEEFG A ILFADNKK LYFYDEKSWY VRTEKQFRYL YNTEEVSVDT NTDNLKTEIK CYGKQKENAD KLTGDNKYMA VVTYTSPNEA IY GKRMANA KSDDKITNND DLLIFAKKQI LDVPETALTI AYKGKEPVSE RDVWYFIHEP MGFETEVKVT KIKSSHPWSK KFQ EIGFSN SRRDMVRIQT QIANQVKKAS VDTNKINSFS SIAMNAYDSR ILTEVVGVVD GD

UniProtKB: FtbL

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分子 #5: CCA-adding enzyme

分子名称: CCA-adding enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)
分子量理論値: 10.635911 KDa
組換発現生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)
配列文字列:
MATEIRVLKN VDDTVFYPKT HVTAVEGLDS ATTTTSGLMP ASDKTKLNGI EANAEKNNVT AIDIANWNKK QDAILVSENG SNFKITVTN AGELKATKVE

UniProtKB: CCA-adding enzyme

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 44283
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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