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- PDB-9j1k: Tip region of monocin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j1k
タイトルTip region of monocin
要素
  • AA protein
  • CCA-adding enzyme
  • FtbJ
  • FtbK
  • FtbL
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Bacteriocin / bacteriophage / Siphoviridae / F-type tailocin / phage tail-like bacteriocins / Listeria monocytogenes / monocin / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


Prophage endopeptidase tail, N-terminal / Prophage endopeptidase tail N-terminal domain / Prophage tail endopeptidase / Prophage endopeptidase tail / Siphovirus-type tail component / Phage tail protein RIFT-related domain / Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CCA-adding enzyme / FtbJ / FtbL / FtbK / AA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Wang, J.W. / Gu, Z.W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371254 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171190 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of an F-type phage tail-like bacteriocin from Listeria monocytogenes.
著者: Zhiwei Gu / Xiaofei Ge / Jiawei Wang /
要旨: F-type phage tail-like bacteriocins (PTLBs) are high-molecular-weight protein complexes exhibiting bactericidal activity and share evolutionary similarities with the tails of non-contractile ...F-type phage tail-like bacteriocins (PTLBs) are high-molecular-weight protein complexes exhibiting bactericidal activity and share evolutionary similarities with the tails of non-contractile siphoviruses. In this study, we present the atomic structure of monocin, a genetically engineered F-type PTLB from Listeria monocytogenes. Our detailed atomic-level analysis, excluding two chaperone proteins, provides crucial insights into the molecular architecture of F-type PTLBs. The core structure of monocin resembles TP901-1-like phage tails, featuring three side fibers with receptor-binding domains that connect to the baseplate for host adhesion. Based on these findings, we propose a potential mechanism by which F-type PTLBs induce cell death, offering a foundation for developing targeted antibacterial therapies.
履歴
登録2024年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年3月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: AA protein
E: AA protein
F: AA protein
G: AA protein
H: AA protein
J: FtbJ
K: FtbK
L: FtbL
M: CCA-adding enzyme
a: AA protein
b: AA protein
c: AA protein
d: AA protein
g: AA protein
k: FtbK
A: AA protein
B: AA protein
C: AA protein
I: AA protein
N: AA protein
O: FtbJ
P: FtbK
Q: FtbL
R: CCA-adding enzyme
S: AA protein
T: AA protein
U: AA protein
V: AA protein
W: AA protein
X: FtbK
Y: AA protein
Z: AA protein
e: AA protein
f: AA protein
h: AA protein
i: FtbJ
j: FtbK
l: FtbL
m: CCA-adding enzyme
n: AA protein
o: AA protein
p: AA protein
q: AA protein
r: AA protein
s: FtbK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,086,08045
ポリマ－1,086,08045
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
AA protein / FtbG / Antigen A / Phage major tail protein / TP901-1 family


分子量: 18010.260 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: lmaA, aA, A7H14_01990, A8L61_07680, AB917_02055, ABZ57_09930, AF817_12225, AP104_04170, APD71_11000, APD94_11395, ART25_13165, ARY78_13740, B1N52_06345, B4X68_12550, B5K54_07765, BB997_ ...遺伝子: lmaA, aA, A7H14_01990, A8L61_07680, AB917_02055, ABZ57_09930, AF817_12225, AP104_04170, APD71_11000, APD94_11395, ART25_13165, ARY78_13740, B1N52_06345, B4X68_12550, B5K54_07765, BB997_05830, BCZ19_12960, BCZ21_05430, CAV64_13840, CD20_13395, CW845_05245, CW895_09010, D4271_13110, D4920_13625, D4B11_08575, D4C60_14745, D4D89_13045, D4U23_07845, D5M70_13180, D5N24_12985, D7104_05135, DCT16_05880, DG57_02025, DQ70_12600, DU018_08360, E0I30_13015, E0I39_12940, E1V33_11285, E1W56_14335, E5F58_14110, EX365_09125, EXZ73_03465, EYJ21_12355, EZM42_13115, F1788_11005, F3300_10015, F6436_02005, F6515_08425, FA835_09655, FJL03_10525, FJU19_13205, FLQ76_11460, FLQ91_11040, FLQ97_00985, FNX40_02305, FPL45_04450, FV747_02065, G3O21_000404, G3R95_002798, G3R97_002705, GCV64_11950, GHH22_14070, GHO09_06915, GJW51_04795, GQG13_06300, GT011_12400, GYO01_10490, GYP27_04130, GYR60_10835, GYS09_07335, GYU24_12575, GYX23_01965, GYY14_04840, GZK27_10205, KV70_02000, QD52_06145
発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: O05551
#2: タンパク質 FtbJ


分子量: 65312.633 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: ftbJ, AP104_04185, B4X68_12565 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A239T408
#3: タンパク質
FtbK / Phage tail family protein


分子量: 31373.350 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: ftbK, A7H14_02010, AP104_04190, APD71_11020, APD94_11415, B4X68_12570, GCV64_11970, GYO01_10510
発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A240EUI0
#4: タンパク質 FtbL


分子量: 43228.668 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: ftbL, AP104_04195, B4X68_12575 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A239T448
#5: タンパク質 CCA-adding enzyme / FtbM


分子量: 10635.911 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: A7H14_02020, A8L61_07710, AB917_02085, ABZ57_09960, AP104_04200, APD71_11030, APD94_11425, ART25_13195, ARY78_13770, B1N52_06375, B4X68_12580, B5K54_07795, BB997_05860, BCZ19_12990, BCZ21_ ...遺伝子: A7H14_02020, A8L61_07710, AB917_02085, ABZ57_09960, AP104_04200, APD71_11030, APD94_11425, ART25_13195, ARY78_13770, B1N52_06375, B4X68_12580, B5K54_07795, BB997_05860, BCZ19_12990, BCZ21_05460, CAV64_13870, CW845_05275, D4920_13655, D4B11_08605, D5N24_13015, D7104_05165, DCT16_05910, DQ70_12630, DU018_08390, E1W56_14365, E5F58_14140, EX365_09155, EXZ73_03495, EYJ21_12325, F1788_11035, F3300_10045, F6436_02035, F6515_08455, FA835_09685, FJL03_10555, FLQ76_11490, FLQ91_11070, FLQ97_01015, FNX40_02335, FV747_02095, G3O21_000410, GCV64_11980, GHH22_14100, GHO09_06945, GJW51_04825, GQG13_06330, GYP27_04160, GYR60_10865, GYS09_07365, GYX23_01995, GYY14_04870, GZK27_10235, KV70_02030, QD52_06175
発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A0E1A1J3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: monocin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44283 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00261164
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58482632
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.1538256
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0439168
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00310710

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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