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- EMDB-60830: Cryo-EM structure of a TEF30-associated intermediate C2S-type PSI... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60830
タイトルCryo-EM structure of a TEF30-associated intermediate C2S-type PSII-LHCII supercomplex from Chlamydomonas reinhardtii
マップデータ
試料
  • 複合体: TEF30-associated C2S-type PSII-LHCII supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 22種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 16種
キーワードphotosystem II / PSII repair / PSII assembly / PSII intermediate / TEF30 / C2S / supercomplex / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...thylakoid light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / photosystem II / response to herbicide / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / : / response to light stimulus / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre ...Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / PDZ domain / PDZ domain profile. / PDZ domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PDZ domain-containing protein / Uncharacterized protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II CP47 reaction center protein ...PDZ domain-containing protein / Uncharacterized protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein M / Cytochrome b559 subunit beta / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP29 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang Y / Wang C / Li A / Liu Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2025
タイトル: Roles of multiple TEF30-associated intermediate complexes in the repair and reassembly of photosystem II in Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Yidi Wang / Chenxi Wang / Anjie Li / Zhenfeng Liu /
要旨: During oxygenic photosynthesis, photosystem II (PSII) uses light energy for oxidizing water and reducing plastoquinone. It is susceptible to photodamage, and the damaged PSII is repaired through a ...During oxygenic photosynthesis, photosystem II (PSII) uses light energy for oxidizing water and reducing plastoquinone. It is susceptible to photodamage, and the damaged PSII is repaired through a sophisticated biological process assisted by numerous auxiliary proteins. Here we report the cryogenic electron microscopy structures of four PSII-repair complexes from Chlamydomonas reinhardtii associated with the Thylakoid Enriched Fraction 30 (TEF30, an orthologue of plant MET1) protein-namely, a TEF30-PSII core monomer (TEF30-C), two types of TEF30-PSII core dimers (types I and II, TEF30-C-I and TEF30-C-II) and a TEF30-CS-type PSII-LHCII supercomplex (TEF30-CS; S, strongly associated light-harvesting complex II trimer). TEF30 mediates the assembly of CP43 with the RC47 module by clamping on the stromal surfaces and prevents the premature association of peripheral antennae with PSII-C. In the transition from TEF30-C-I to TEF30-C-II, TEF30-CS and mature CS, one PSII core slides along the dimerization interface against the adjacent one by 22-35 Å, generating a zigzagged surface for accommodating the peripheral antennae. These results suggest that the PSII repair process undergoes multiple TEF30-mediated intermediate states to form intact PSII-LHCII supercomplexes.
履歴
登録2024年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60830.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.8
最小 - 最大-20.689045 - 39.153754999999997
平均 (標準偏差)0.008478108 (±1.163341)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TEF30-associated C2S-type PSII-LHCII supercomplex

全体名称: TEF30-associated C2S-type PSII-LHCII supercomplex
要素
  • 複合体: TEF30-associated C2S-type PSII-LHCII supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Psb30
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chloroplast photosystem II subunit X
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein CP29
  • タンパク質・ペプチド: PDZ domain-containing protein
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
超分子 #1: TEF30-associated C2S-type PSII-LHCII supercomplex

超分子名称: TEF30-associated C2S-type PSII-LHCII supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#23
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: PDZ domain-containing protein

分子名称: PDZ domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 18.299564 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AAEKQWKKER AGGNYGAGTK EIQARNYVQR KENERKRREM FDDALAKFKE NDIQGALVEF ENIIAMEPRN FVGDNFSRNT PIYKVTQYN IACCYSMLDQ VEEAIKSLDA AMLSGFDNYD QIRRDKNLSK ARANPKFQAV LDKYDEPVVN WNAVKATFGA

UniProtKB: PDZ domain-containing protein

+
分子 #2: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 37.172312 KDa
配列文字列: NSSLWARFCE WITSTENRLY IGWFGVIMIP CLLTATSVFI IAFIAAPPVD IDGIREPVSG SLLYGNNIIT GAVIPTSNAI GLHFYPIWE AASLDEWLYN GGPYQLIVCH FLLGVYCYMG REWELSFRLG MRPWIAVAYS APVAAASAVF LVYPIGQGSF S DGMPLGIS ...文字列:
NSSLWARFCE WITSTENRLY IGWFGVIMIP CLLTATSVFI IAFIAAPPVD IDGIREPVSG SLLYGNNIIT GAVIPTSNAI GLHFYPIWE AASLDEWLYN GGPYQLIVCH FLLGVYCYMG REWELSFRLG MRPWIAVAYS APVAAASAVF LVYPIGQGSF S DGMPLGIS GTFNFMIVFQ AEHNILMHPF HMLGVAGVFG GSLFSAMHGS LVTSSLIRET TENESANEGY RFGQEEETYN IV AAHGYFG RLIFQYASFN NSRSLHFFLA AWPVIGIWFT ALGLSTMAFN LNGFNFNQSV VDSQGRVLNT WADIINRANL GME VMHERN AHNFPLDLA

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #3: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 53.051438 KDa
配列文字列: GLPWYRVHTV VINDPGRLIS VHLMHTALVS GWAGSMALFE ISVFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFMTRLGI TQSWGGWTIS GETATNPGI WSYEGVAAAH IILSGALFLA SVWHWTYWDL ELFRDPRTGK TALDLPKIFG IHLFLSGLLC FGFGAFHVTG V FGPGIWVS ...文字列:
GLPWYRVHTV VINDPGRLIS VHLMHTALVS GWAGSMALFE ISVFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFMTRLGI TQSWGGWTIS GETATNPGI WSYEGVAAAH IILSGALFLA SVWHWTYWDL ELFRDPRTGK TALDLPKIFG IHLFLSGLLC FGFGAFHVTG V FGPGIWVS DPYGLTGRVQ PVAPSWGADG FDPYNPGGIA SHHIAAGILG VLAGLFHLCV RPSIRLYFGL SMGSIETVLS SS IAAVFWA AFVVAGTMWY GSAATPIELF GPTRYQWDQG FFQQEIQKRV QASLAEGASL SDAWSRIPEK LAFYDYIGNN PAK GGLFRT GAMNSGDGIA VGWLGHASFK DQEGRELFVR RMPTFFETFP VLLLDKDGIV RADVPFRKAE SKYSIEQVGV SVTF YGGEL DGLTFTDPAT VKKYARKAQL GEIFEFDRST LQSDGVFRSS PRGWFTFGHV CFALLFFFGH IWHGARTIFR DVFAG I

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.416305 KDa
配列文字列: GRDQETTGFA WWSGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVSH FVPEKPMYEQ GLILLPHIAT LGYGVGPGGE IIDTFPYFV SGVLHLISSA VLGFGGVYHS LIGPETLEES YPFFGYVWKD KNKMTNILGY HLIMLGLGAW LLVWKAMYFG G VYDTWAPG ...文字列:
GRDQETTGFA WWSGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVSH FVPEKPMYEQ GLILLPHIAT LGYGVGPGGE IIDTFPYFV SGVLHLISSA VLGFGGVYHS LIGPETLEES YPFFGYVWKD KNKMTNILGY HLIMLGLGAW LLVWKAMYFG G VYDTWAPG GGDVRVITNP TTNAAVIFGY LVKSPFGGDG WICSVDNMED IIGGHIWIGT LEILGGIWHI YTTPWPWARR AF VWSGEAY LSYSLGAIGV MGFIACCMSW FNNTAYPSEF YGPTGPEASQ SQAFTFLVRD QRLGANVASA QGPTGLGKYL MRS PTGEII FGGETMRFWD FRGPWLEPLR GPNGLDLNKL KNDIQPWQER RAAEYMTHAP LGSLNSVGGV ATEINAVNFV SPRS WLACS HFCLGFFFFI GHLWHAGRAR AAAAGFEKGI DRFDEPVLSM RPLD

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #5: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 39.342836 KDa
配列文字列: TIAIGTYQEK RTWFDDADDW LRQDRFVFVG WSGLLLFPCA YFALGGWLTG TTFVTSWYTH GLATSYLEGC NFLTAAVSTP ANSMAHSLL FVWGPEAQGD FTRWCQLGGL WAFVALHGAF GLIGFMLRQF EIARSVNLRP YNAIAFSAPI AVFVSVFLIY P LGQSGWFF ...文字列:
TIAIGTYQEK RTWFDDADDW LRQDRFVFVG WSGLLLFPCA YFALGGWLTG TTFVTSWYTH GLATSYLEGC NFLTAAVSTP ANSMAHSLL FVWGPEAQGD FTRWCQLGGL WAFVALHGAF GLIGFMLRQF EIARSVNLRP YNAIAFSAPI AVFVSVFLIY P LGQSGWFF APSFGVAAIF RFILFFQGFH NWTLNPFHMM GVAGVLGAAL LCAIHGATVE NTLFEDGDGA NTFRAFNPTQ AE ETYSMVT ANRFWSQIFG VAFSNKRWLH FFMLLVPVTG LWMSAIGVVG LALNLRAYDF VSQEIRAAED PEFETFYTKN ILL NEGIRA WMAAQDQPHE RLVFPEEVLP RGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.598734 KDa
配列文字列:
RPFSDILTSI RYWVIHSITV PALFIAGWLF VSTGLAYDVF GTPRPNEYFT EDRQEAPLIT DRFNALEQVK KLSGN

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #7: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.535273 KDa
配列文字列:
IFTVRWLAIH GIAVPTIFFL GAITAMQFIQ R

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #8: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.56159 KDa
配列文字列: EWYGPDRPKF LGPFSEGDTP AYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWAM LGALGCITPE LLAKNGIPFG EAVWFKAGA QIFAEGGLNY LGNENLIHAQ SIIATLAFQV VVMGLAEAYR ANGGPLGEGL DPLHPGGAFD PLGLADDPDT F AELKVKEI ...文字列:
EWYGPDRPKF LGPFSEGDTP AYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWAM LGALGCITPE LLAKNGIPFG EAVWFKAGA QIFAEGGLNY LGNENLIHAQ SIIATLAFQV VVMGLAEAYR ANGGPLGEGL DPLHPGGAFD PLGLADDPDT F AELKVKEI KNGRLAMFSM FGFFVQAIVT GKGPIQNLDD HLANPTAVNA FAYATKFTPS A

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 7.504862 KDa
配列文字列:
QEPGLVTPLG TLLRPLNSEA GKVLPGWGTT VLMAVFILLF AAFLLIILEI YNSSLILDDV SMSWETLAK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.01679 KDa
配列文字列:
MLTLKIFVYT VVTFFVCLFI FGFLSNDPAR NPGKN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.147979 KDa
配列文字列:
KLPEAYAPFA PIVDVLPVIP VFFILLAFVW QAAVSFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.300033 KDa
配列文字列:
ARPNPNKQVV ELNRTSLYWG LLLIFVLAVL FSSYIFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.387036 KDa
配列文字列:
VNIYGLTATA LFIIIPTSFL LILYVKTAST Q

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.6486 KDa
配列文字列: EFYGPNRAKW LGPYSENATP AYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWAM LGALGCITPE LLAKSGTQFG EAVWFKAGA QIFSEGGLDY LGNPSLVHAQ NIVATLAVQV ILMGLVEGYR VNGGPAGEGL DPLYPGESFD PLGLADDPDT F AELKVKEI ...文字列:
EFYGPNRAKW LGPYSENATP AYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWAM LGALGCITPE LLAKSGTQFG EAVWFKAGA QIFSEGGLDY LGNPSLVHAQ NIVATLAVQV ILMGLVEGYR VNGGPAGEGL DPLYPGESFD PLGLADDPDT F AELKVKEI KNGRLAMFSM FGFFVQAIVT GKGPIQNLDD HLSNPTVNNA FAFATKFTPS A

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #15: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.704027 KDa
配列文字列: LTFDEIQGLT YLQVKGSGIA NTCPVLESGT TNLKELKAGS YKLENFCIEP TSFTVKEESQ FKGGETEFVK TKLMTRLTYT LDAMSGSFK VGSDGSAELK EDDGIDYAAT TVQLPGGERV AFLFTIKQFD GKGTLDGIKG DFLVPSYRGS SFLDPKGRGG S TGYDNAVA ...文字列:
LTFDEIQGLT YLQVKGSGIA NTCPVLESGT TNLKELKAGS YKLENFCIEP TSFTVKEESQ FKGGETEFVK TKLMTRLTYT LDAMSGSFK VGSDGSAELK EDDGIDYAAT TVQLPGGERV AFLFTIKQFD GKGTLDGIKG DFLVPSYRGS SFLDPKGRGG S TGYDNAVA LPARADAEEL LKENVKITKA LKGSAVFSVA KVDPVTGEIA GVFESIQPSD TDLGAKPPKD IKVTGLWYAQ LK

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.767156 KDa
配列文字列: KATRGWLGGQ GGAADLDKWY GPDRKLFLPS GLYDRSEIPE YLNGELAGDY GYDPLGLGKD PETVAKYREN ELLHARWAML AAAGILIPE GLQANGANIK GGTWFETGAE MLNGGTLNYF AVPWGIVSNP LPLFAVIAVE VGLMGAVEFY RRNGTGPAGY S PGIGKFDS ...文字列:
KATRGWLGGQ GGAADLDKWY GPDRKLFLPS GLYDRSEIPE YLNGELAGDY GYDPLGLGKD PETVAKYREN ELLHARWAML AAAGILIPE GLQANGANIK GGTWFETGAE MLNGGTLNYF AVPWGIVSNP LPLFAVIAVE VGLMGAVEFY RRNGTGPAGY S PGIGKFDS SVFDGLDPLY PGGPFDPLGL ADDPEVLQEL KVKEIKNGRL AMVSVLGFAV QSYVTGEGPY ANWTKHVADP FG YNLLTVL GAE

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #17: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.510259 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VGTLGIIFFS IFFRDPPRMI

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #18: Photosystem II reaction center protein Psb30

分子名称: Photosystem II reaction center protein Psb30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.201863 KDa
配列文字列:
NIELALTLVS LVLVVSAGPL VVVLLSARGG NL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #19: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 6.158926 KDa
配列文字列:
LVDERMNGDG TGRPFGVNDP VLGWVLLGVF GTMWAIWFIG QKDLGDFEDA DDGLKL

UniProtKB: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

+
分子 #20: Chloroplast photosystem II subunit X

分子名称: Chloroplast photosystem II subunit X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 3.05664 KDa
配列文字列:
AVTPSLKNFL GSLIAGATVL GGIALAITAV SK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #21: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.808879 KDa
配列文字列: PDSFWYGPER PLFLGAFTGE PPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPETFKRY RELELIHARW AMLGALGCIF PELLGSYGVP FGEAVWFKA GAQIFQEGGL DYLGNPNLVH AQSILAILGT QVLLMGAIEG YRVNGGPLGE GLDKLYPGGS FDPLGLADDP D TFAELKVK ...文字列:
PDSFWYGPER PLFLGAFTGE PPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPETFKRY RELELIHARW AMLGALGCIF PELLGSYGVP FGEAVWFKA GAQIFQEGGL DYLGNPNLVH AQSILAILGT QVLLMGAIEG YRVNGGPLGE GLDKLYPGGS FDPLGLADDP D TFAELKVK EIKNGRLAMF SMFGFFVQAI VTGKGPLQNL SDHLANPGTN NAFAYATKFT PQ

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #22: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 6.466732 KDa
配列文字列:
MTSILQVALL ALIFVSFALV VGVPVVFATP NGWTDNKGAV FSGLSLWLLL VFVVGILNSF V

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #23: Chlorophyll a-b binding protein CP29

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein CP29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.906639 KDa
配列文字列: RPEWLDGSLP GDRGFDPLGL SKPSEFVVIG VDENDQNAAK NNKGSVEAIV QATPDEVSSE NRLAPYSEVF GLARFRECEL IHGRWAMLA CLGALVAEAT TGVSWVEAGK VELDGASYAG LSLPFSITQL IWIEVILVGG AEFYRNSETN PEKRCYPGGV F DPLKLASE ...文字列:
RPEWLDGSLP GDRGFDPLGL SKPSEFVVIG VDENDQNAAK NNKGSVEAIV QATPDEVSSE NRLAPYSEVF GLARFRECEL IHGRWAMLA CLGALVAEAT TGVSWVEAGK VELDGASYAG LSLPFSITQL IWIEVILVGG AEFYRNSETN PEKRCYPGGV F DPLKLASE DEERAFRLKT AEIKHARLAM VSFFGYGVQA LST

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein CP29

+
分子 #24: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #25: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 109 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #26: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A

+
分子 #27: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #28: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 3 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #29: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 10 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #30: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 15 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #31: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #32: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #33: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION

+
分子 #34: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #35: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #36: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 25 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #37: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 8 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #38: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 5 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #39: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 4 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kac

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97962
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る