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タイトルRoles of multiple TEF30-associated intermediate complexes in the repair and reassembly of photosystem II in Chlamydomonas reinhardtii.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 11, Issue 7, Page 1455-1469, Year 2025
掲載日2025年6月27日
著者Yidi Wang / Chenxi Wang / Anjie Li / Zhenfeng Liu /
PubMed 要旨During oxygenic photosynthesis, photosystem II (PSII) uses light energy for oxidizing water and reducing plastoquinone. It is susceptible to photodamage, and the damaged PSII is repaired through a ...During oxygenic photosynthesis, photosystem II (PSII) uses light energy for oxidizing water and reducing plastoquinone. It is susceptible to photodamage, and the damaged PSII is repaired through a sophisticated biological process assisted by numerous auxiliary proteins. Here we report the cryogenic electron microscopy structures of four PSII-repair complexes from Chlamydomonas reinhardtii associated with the Thylakoid Enriched Fraction 30 (TEF30, an orthologue of plant MET1) protein-namely, a TEF30-PSII core monomer (TEF30-C), two types of TEF30-PSII core dimers (types I and II, TEF30-C-I and TEF30-C-II) and a TEF30-CS-type PSII-LHCII supercomplex (TEF30-CS; S, strongly associated light-harvesting complex II trimer). TEF30 mediates the assembly of CP43 with the RC47 module by clamping on the stromal surfaces and prevents the premature association of peripheral antennae with PSII-C. In the transition from TEF30-C-I to TEF30-C-II, TEF30-CS and mature CS, one PSII core slides along the dimerization interface against the adjacent one by 22-35 Å, generating a zigzagged surface for accommodating the peripheral antennae. These results suggest that the PSII repair process undergoes multiple TEF30-mediated intermediate states to form intact PSII-LHCII supercomplexes.
リンクNat Plants / PubMed:40579438
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.3 Å
構造データ

60605

9iiu

EMDB-60605, PDB-9iiu:
Cryo-EM structure of an TEF30-associated intermediate PSII core complex from Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

60694

9imn

EMDB-60694, PDB-9imn:
Cryo-EM structure of a TEF30-associated intermediate PSII core dimer complex, type I, from Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

60748

9iox

EMDB-60748, PDB-9iox:
Cryo-EM structure of a TEF30-associated intermediate PSII core dimer complex, type II, from Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-60827: The consensus map of TEF30-associated C2S-type PSII supercomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-60828: The local map of the TEF30-associated PSII core in TEF30-C2S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-60829: The local map of the CS-PsbO part in TEF30-C2S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

60830

9is4

EMDB-60830, PDB-9is4:
Cryo-EM structure of a TEF30-associated intermediate C2S-type PSII-LHCII supercomplex from Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-FE2:
Unknown entry

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

由来
  • chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem II / PSII repair / PSII assembly / PSII intermediate / TEF30 / C2S / supercomplex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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