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- EMDB-60783: Focused refinement map of Galpha(i) in JR14A-C3aR-Gi-scFv16 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60783
タイトルFocused refinement map of Galpha(i) in JR14A-C3aR-Gi-scFv16 complex
マップデータG protein-focused map of C3AR1-Gi-scFv16 complex with JR14A
試料
  • 複合体: JR14A-C3aR-Gi-scFv16 complex
    • タンパク質・ペプチド: G-alpha i protein
    • タンパク質・ペプチド: G-beta1
    • タンパク質・ペプチド: G gamma 2
    • タンパク質・ペプチド: scfv16
キーワードGPCR / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Kim J / Ko S / Choi H-J
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)2023R1A2C300420512 韓国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: Structural insights into small-molecule agonist recognition and activation of complement receptor C3aR.
著者: Jinuk Kim / Saebom Ko / Chulwon Choi / Jungnam Bae / Hyeonsung Byeon / Chaok Seok / Hee-Jung Choi /
要旨: The complement system plays crucial roles in innate immunity and inflammatory responses. The anaphylatoxin C3a mediates pro-inflammatory and chemotactic functions through the G protein-coupled ...The complement system plays crucial roles in innate immunity and inflammatory responses. The anaphylatoxin C3a mediates pro-inflammatory and chemotactic functions through the G protein-coupled receptor C3aR. While the active structure of the C3a-C3aR-G complex has been determined, the inactive conformation and activation mechanism of C3aR remain elusive. Here we report the cryo-EM structure of ligand-free, G protein-free C3aR, providing insights into its inactive conformation. In addition, we determine the structures of C3aR in complex with the synthetic small-molecule agonist JR14a in two distinct conformational states: a G protein-free intermediate, and a fully active G-bound state. The structure of the active JR14a-bound C3aR reveals that JR14a engages in highly conserved interactions with C3aR, similar to the binding of the C-terminal pentapeptide of C3a, along with JR14a-specific interactions. Structural comparison of C3aR in the apo, intermediate, and fully active states provides novel insights into the conformational landscape and activation mechanism of C3aR and defines a molecular basis explaining its high basal activity. Our results may aid in the rational design of therapeutics targeting complement-related inflammatory disorders.
履歴
登録2024年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60783.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60783.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈G protein-focused map of C3AR1-Gi-scFv16 complex with JR14A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 324. Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 324. Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085
最小 - 最大-0.8757531 - 1.1337817
平均 (標準偏差)0.0000031418092 (±0.015965398)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half A map of G protein-focused map

ファイルemd_60783_half_map_1.map
注釈Half A map of G protein-focused map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B map of G protein-focused map

ファイルemd_60783_half_map_2.map
注釈Half B map of G protein-focused map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : JR14A-C3aR-Gi-scFv16 complex

全体名称: JR14A-C3aR-Gi-scFv16 complex
要素
  • 複合体: JR14A-C3aR-Gi-scFv16 complex
    • タンパク質・ペプチド: G-alpha i protein
    • タンパク質・ペプチド: G-beta1
    • タンパク質・ペプチド: G gamma 2
    • タンパク質・ペプチド: scfv16

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超分子 #1: JR14A-C3aR-Gi-scFv16 complex

超分子名称: JR14A-C3aR-Gi-scFv16 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 140 kDa/nm

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分子 #1: G-alpha i protein

分子名称: G-alpha i protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMGR LKIDFGDSAR ADDARQLFVL AGAAEEGFMT AELAGVIKRL WKDSGVQACF NRSREYQLND SAAYYLNDLD RIAQPNYIPT ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMGR LKIDFGDSAR ADDARQLFVL AGAAEEGFMT AELAGVIKRL WKDSGVQACF NRSREYQLND SAAYYLNDLD RIAQPNYIPT QQDVLRTRVK TTGIVETHFT FKDLHFKMFD VGGQRSERKK WIHCFEGVTA IIFCVALSDY DLVLAEDEEM NRMHESMKLF DSICNNKWFT DTSIILFLNK KDLFEEKIKK SPLTICYPEY AGSNTYEEAA AYIQCQFEDL NKRKDTKEIY THFTCATDTK NVQFVFDAVT DVIIKNNLKD CGLF

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分子 #2: G-beta1

分子名称: G-beta1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN QIVTSSGDTT ...文字列:
GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN QIVTSSGDTT CALWDIETGQ QTTTFTGHTG DVMSLSLAPD TRLFVSGACD ASAKLWDVRE GMCRQTFTGH ESDINAICFF PNGNAFATGS DDATCRLFDL RADQELMTYS HDNIICGITS VSFSKSGRLL LAGYDDFNCN VWDALKADRA GVLAGHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWN

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分子 #3: G gamma 2

分子名称: G gamma 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #4: scfv16

分子名称: scfv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS SGGGGSGGGG SGGGGSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR SSKSLLHSNG ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS SGGGGSGGGG SGGGGSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR SSKSLLHSNG NTYLYWFLQR PGQSPQLLIY RMSNLASGVP DRFSGSGSGT AFTLTISRLE AEDVGVYYCM QHLEYPLTFG AGTKLELKAA AHHHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 338234
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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