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Structure paper

タイトルStructural insights into small-molecule agonist recognition and activation of complement receptor C3aR.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 44, Issue 10, Page 2803-2826, Year 2025
掲載日2025年4月7日
著者Jinuk Kim / Saebom Ko / Chulwon Choi / Jungnam Bae / Hyeonsung Byeon / Chaok Seok / Hee-Jung Choi /
PubMed 要旨The complement system plays crucial roles in innate immunity and inflammatory responses. The anaphylatoxin C3a mediates pro-inflammatory and chemotactic functions through the G protein-coupled ...The complement system plays crucial roles in innate immunity and inflammatory responses. The anaphylatoxin C3a mediates pro-inflammatory and chemotactic functions through the G protein-coupled receptor C3aR. While the active structure of the C3a-C3aR-G complex has been determined, the inactive conformation and activation mechanism of C3aR remain elusive. Here we report the cryo-EM structure of ligand-free, G protein-free C3aR, providing insights into its inactive conformation. In addition, we determine the structures of C3aR in complex with the synthetic small-molecule agonist JR14a in two distinct conformational states: a G protein-free intermediate, and a fully active G-bound state. The structure of the active JR14a-bound C3aR reveals that JR14a engages in highly conserved interactions with C3aR, similar to the binding of the C-terminal pentapeptide of C3a, along with JR14a-specific interactions. Structural comparison of C3aR in the apo, intermediate, and fully active states provides novel insights into the conformational landscape and activation mechanism of C3aR and defines a molecular basis explaining its high basal activity. Our results may aid in the rational design of therapeutics targeting complement-related inflammatory disorders.
リンクEMBO J / PubMed:40195498 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.42 - 3.56 Å
構造データ

60782

9ipv

EMDB-60782, PDB-9ipv:
Structure of JR14a-C3aR-Gi-scFv16 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

EMDB-60783: Focused refinement map of Galpha(i) in JR14A-C3aR-Gi-scFv16 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.42 Å

EMDB-60784: Focused refinement map of C3aR in JR14A-C3aR-Gi-scFv16 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

60785

9ipy

EMDB-60785, PDB-9ipy:
Structure of JR14a-bound human C3aR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

60836

9isi

EMDB-60836, PDB-9isi:
Structure of human C3aR in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

化合物

PDB-1d9a:
SOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND RNA-BINDING DOMAIN (RBD2) OF HU ANTIGEN C (HUC)

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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