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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6076 | |||||||||
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タイトル | Reconstruction of the N-terminal domain of human TFG | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the N-terminal domain of human TFG | |||||||||
試料 |
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キーワード | TFG / COPII / secretory pathway | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Johnson A / Bhattacharya N / Hanna M / Schuh AL / Pennington JG / Otegui MS / Stagg SM / Audhya A | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2015 タイトル: TFG clusters COPII-coated transport carriers and promotes early secretory pathway organization. 著者: Adam Johnson / Nilakshee Bhattacharya / Michael Hanna / Janice G Pennington / Amber L Schuh / Lei Wang / Marisa S Otegui / Scott M Stagg / Anjon Audhya / 要旨: In mammalian cells, cargo-laden secretory vesicles leave the endoplasmic reticulum (ER) en route to ER-Golgi intermediate compartments (ERGIC) in a manner dependent on the COPII coat complex. We ...In mammalian cells, cargo-laden secretory vesicles leave the endoplasmic reticulum (ER) en route to ER-Golgi intermediate compartments (ERGIC) in a manner dependent on the COPII coat complex. We report here that COPII-coated transport carriers traverse a submicron, TFG (Trk-fused gene)-enriched zone at the ER/ERGIC interface. The architecture of TFG complexes as determined by three-dimensional electron microscopy reveals the formation of flexible, octameric cup-like structures, which are able to self-associate to generate larger polymers in vitro. In cells, loss of TFG function dramatically slows protein export from the ER and results in the accumulation of COPII-coated carriers throughout the cytoplasm. Additionally, the tight association between ER and ERGIC membranes is lost in the absence of TFG. We propose that TFG functions at the ER/ERGIC interface to locally concentrate COPII-coated transport carriers and link exit sites on the ER to ERGIC membranes. Our findings provide a new mechanism by which COPII-coated carriers are retained near their site of formation to facilitate rapid fusion with neighboring ERGIC membranes upon uncoating, thereby promoting interorganellar cargo transport. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6076.map.gz | 5.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6076-v30.xml emd-6076.xml | 8.1 KB 8.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6076.jpg | 26.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6076 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6076 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6076_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6076_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6076_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6076 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6076 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the N-terminal domain of human TFG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : N-terminal domain of human TFG
全体 | 名称: N-terminal domain of human TFG |
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要素 |
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-超分子 #1000: N-terminal domain of human TFG
超分子 | 名称: N-terminal domain of human TFG / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: octamer / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: TFG
超分子 | 名称: TFG / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / コピー数: 8 / 集合状態: octamer / 組換発現: Yes / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞中の位置: cytoplasm |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: 20 mM HEPES, 100 mM NaCl |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Stained with 2% uranyl formate |
グリッド | 詳細: carbon grids |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2012年6月6日 |
撮影 | カテゴリ: FILM フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - スキャナー: TEMSCAN / 実像数: 629 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 37000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt angle min: -55 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: whole image |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC, EMAN / 使用した粒子像数: 18000 |