[日本語] English
万見
- EMDB-60558: Sarbecovirus HeB2013 Spike Trimer in a Locked Conformation -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60558
タイトルSarbecovirus HeB2013 Spike Trimer in a Locked Conformation
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: HeB2013
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードspike protein / viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding ...Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種BtRf-BetaCoV/HeB2013 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Wang J / Xiong X
資金援助2件
OrganizationGrant number国
Other government2022A1515110495
Other governmentSRPG22-002
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: SARS-related coronavirus S-protein structures reveal synergistic RBM interactions underpinning high-affinity human ACE2 binding.
著者: Jingjing Wang / Yong Ma / Zimu Li / Hang Yuan / Banghui Liu / Zexuan Li / Mengzhen Su / Gul Habib / Yutong Liu / Lutang Fu / Peiyi Wang / Mei Li / Jun He / Jing Chen / Peng Zhou / Zhengli Shi ...著者: Jingjing Wang / Yong Ma / Zimu Li / Hang Yuan / Banghui Liu / Zexuan Li / Mengzhen Su / Gul Habib / Yutong Liu / Lutang Fu / Peiyi Wang / Mei Li / Jun He / Jing Chen / Peng Zhou / Zhengli Shi / Xinwen Chen / Xiaoli Xiong /
要旨: High-affinity and specific binding toward the human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) receptor by severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS)-related coronaviruses (SARSr-CoVs) remains ...High-affinity and specific binding toward the human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) receptor by severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS)-related coronaviruses (SARSr-CoVs) remains incompletely understood. We report cryo-electron microscopy structures of eight different S-proteins from SARSr-CoVs found across Asia, Europe, and Africa. These S-proteins all adopt tightly packed, locked, prefusion conformations. These structures enable the classification of SARSr-CoV S-proteins into three types, based on their receptor-binding motif (RBM) structures and ACE2 binding characteristics. Type-2 S-proteins often preferentially bind bat ACE2 (bACE2) over hACE2. We report a structure of a type-2 BtKY72-RBD in complex with bACE2 to understand ACE2 specificity. Structure-guided mutagenesis of BtKY72-RBD reveals that multiple synergistic mutations in four different regions of RBM are required to achieve high-affinity hACE2 binding. Similar RBM changes can also confer hACE2 binding to another type-2 BM48-31 S-protein, which is primarily non-ACE2 binding. These results provide an understanding of how high-affinity hACE2 binding may be acquired by SARSr-CoV S-proteins.
履歴
登録2024年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_60558.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60558.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.64 Å/pix.
x 256 pix.
= 420.48 Å		1.64 Å/pix.
x 256 pix.
= 420.48 Å		1.64 Å/pix.
x 256 pix.
= 420.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6425 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0185
最小 - 最大-0.10669229 - 0.17510991
平均 (標準偏差)0.00006225793 (±0.0036936821)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 420.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60558_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60558_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : HeB2013

全体名称: HeB2013
要素
  • 細胞器官・細胞要素: HeB2013
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: HeB2013

超分子名称: HeB2013 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: the spike trimer
由来(天然)生物種: BtRf-BetaCoV/HeB2013 (ウイルス)
分子量理論値: 420 KDa

-
分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: BtRf-BetaCoV/HeB2013 (ウイルス)
分子量理論値: 138.951797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKILIFAFLV TLVKAQEGCG VINLKTQPIL TQVSSSRRGV YYNDDIFRSD VLHLTQDYFL PFHSNLTQYF SLNIESDKIV YFDNPILKF GDGVYFAATE KSNVIRGWVF GSTFDNTTQS AIIVNNSTHI IIRVCYFNLC KDPMYTVSAG TQVSSWVYQS A FNCTYDRV ...文字列:
MKILIFAFLV TLVKAQEGCG VINLKTQPIL TQVSSSRRGV YYNDDIFRSD VLHLTQDYFL PFHSNLTQYF SLNIESDKIV YFDNPILKF GDGVYFAATE KSNVIRGWVF GSTFDNTTQS AIIVNNSTHI IIRVCYFNLC KDPMYTVSAG TQVSSWVYQS A FNCTYDRV EKSFQLDTSP KTGNFTDLRE FVFKNRDGFF TVYQTYTPVN LLRGLPSGLS VLKPILKLPF GINITSFRVV MA MFSKTTS NYVPESAAYY VGNLKQSTFM LSFNQNGTIV DAVDCSQDPL AELKCTTKSF NVSKGIYQTS NFRVSPVTEV VRF PNITNL CPFDKVFNAT RFPSVYAWER TKISDCVADY TVFYNSTSFS TFNCYGVSPS KLIDLCFTSV YADTFLIRFS EVRQ VAPGQ TGVIADYNYK LPDDFTGCVI AWNTAKQDVG SYFYRSHRSS KLKPFERDLS SEENGVRTLS TYDFNQYVPL EYQAT RVVV LSFELLNAPA TVCGPKLSTS LVKNQCVNFN FNGFKGTGVL TDSSKTFQSF QQFGRDASDF TDSVRDPQTL RILDIS PCS FGGVSVITPG TNTSSAVAVL YQDVNCTDVP TTLHADQLAP SWRVYTTGPY VFQTQAGCLI GAEHVNASYQ CDIPIGA GI CASYHTASLL RSTGQKSIVA YTMSLGAENS VAYANNSIAI PTNFSISVTT EVMPVSMAKT SVDCTMYICG DSLECSNL L LQYGSFCTQL NRALSGIAVE QDKNTQEVFA QVKQMYKTPT IRDFGGFNFS QILPDPLKPT KRSFIEDLLY NKVTLADAG FMKQYADCLG GINARDLICA QKFNGLTVLP PLLTDDMIAA YTAALISGTA TAGWTFGAGA ALQIPFAMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQK QIANQFNKAI TQIQESLTTT STALGKLQDV VNQNAQALNT LVKQLSSNFG AISSALNDIL SRLDKVEAEV Q IDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRT SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPS QE RNFTTAP AICHEGKAYF PREGVFVSNG SFWFITQRNF YSPQIITTDN TFVAGSCDVV IGIINNTVYD PLQPELDSFK QEL DKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVD IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQELGKYEQ GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVL LSTFL LEVLFQGPGH HHHHHHHSAW SHPQFEKGGG SGGGGSGGSA WSHPQFEKSA

UniProtKB: Spike glycoprotein

-
分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 33 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClsodium chloride
2.7 mMKClpotassium chloride
10.0 mMNa2HPO4disodium hydrogen phosphate
1.8 mMKH2PO4potassium dihydrogen phosphate

詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, and 1.8 mM KH2PO4.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.01) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6zp2

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 125937
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る