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- EMDB-60481: Human PIEZO1-A1988V -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60481
タイトルHuman PIEZO1-A1988V
マップデータ
試料
  • 複合体: human PIEZO1-A1988V
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
  • リガンド: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
キーワードHuman PIEZO1 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic cation channel activity / cuticular plate / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / detection of mechanical stimulus / positive regulation of integrin activation / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / positive regulation of myotube differentiation / lamellipodium membrane ...mechanosensitive monoatomic cation channel activity / cuticular plate / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / detection of mechanical stimulus / positive regulation of integrin activation / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / positive regulation of myotube differentiation / lamellipodium membrane / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / regulation of membrane potential / cellular response to mechanical stimulus / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / : / : / : / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 / Piezo1-like, transmembrane helical unit / Piezo TM1-24 / Piezo, THU9 and anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zhang MF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Structure of human PIEZO1 and its slow-inactivating channelopathy mutants.
著者: Yuanyue Shan / Xinyi Guo / Mengmeng Zhang / Meiyu Chen / Ying Li / Mingfeng Zhang / Duanqing Pei /
要旨: PIEZO channels transmit mechanical force signals to cells, allowing them to make critical decisions during development and in pathophysiological conditions. Their fast/slow inactivation modes have ...PIEZO channels transmit mechanical force signals to cells, allowing them to make critical decisions during development and in pathophysiological conditions. Their fast/slow inactivation modes have been implicated in mechanopathologies but remain poorly understood. Here, we report several near-atomic resolution cryo-EM structures of fast-inactivating wild-type human PIEZO1 (hPIEZO1) and its slow-inactivating channelopathy mutants with or without its auxiliary subunit MDFIC. Our results suggest that hPIEZO1 has a more flattened and extended architecture than curved mouse PIEZO1 (mPIEZO1). The multi-lipidated MDFIC subunits insert laterally into the hPIEZO1 pore module like mPIEZO1, resulting in a more curved and extended state. Interestingly, the high-resolution structures suggest that the pore lipids, which directly seal the central hydrophobic pore, may be involved in the rapid inactivation of hPIEZO1. While the severe hereditary erythrocytosis mutant R2456H significantly slows down the inactivation of hPIEZO1, the hPIEZO1-R2456H-MDFIC complex shows a more curved and contracted structure with an inner helix twist due to the broken link between the pore lipid and R2456H. These results suggest that the pore lipids may be involved in the mechanopathological rapid inactivation mechanism of PIEZO channels.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structure of human PIEZO1 and its slow inactivating channelopathy mutants.
著者: Shan Y / Guo X / Zhang M / Chen M / Li Y / Zhang MF / Pei D
履歴
登録2024年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60481.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 434.688 Å		0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 434.688 Å		0.85 Å/pix.
x 512 pix.
= 434.688 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.849 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.2863488 - 0.5251627
平均 (標準偏差)-0.0005501656 (±0.013332605)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 434.688 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60481_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60481_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human PIEZO1-A1988V

全体名称: human PIEZO1-A1988V
要素
  • 複合体: human PIEZO1-A1988V
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
  • リガンド: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate

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超分子 #1: human PIEZO1-A1988V

超分子名称: human PIEZO1-A1988V / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

分子名称: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 223.939828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ELVKGVYAKY WIYVCAGMFI VVSFAGRLVV YKIVYMFLFL LCLTLFQVYY SLWRKLLKAF WWLVVAYTML VLIAVYTFQF QDFPAYWRN LTGFTDEQLG DLGLEQFSVS ELFSSILVPG FFLLACILQL HYFHRPFMQL TDMEHVSLPG TRLPRWAHRQ D AVSGTPLL ...文字列:
ELVKGVYAKY WIYVCAGMFI VVSFAGRLVV YKIVYMFLFL LCLTLFQVYY SLWRKLLKAF WWLVVAYTML VLIAVYTFQF QDFPAYWRN LTGFTDEQLG DLGLEQFSVS ELFSSILVPG FFLLACILQL HYFHRPFMQL TDMEHVSLPG TRLPRWAHRQ D AVSGTPLL REEQQEHQQQ QQEEEEEEED SRDEGLGVAT PHQATQVPEG AAKWGLVAER LLELAAGFSD VLSRVQVFLR RL LELHVFK LVALYTVWVA LKEVSVMNLL LVVLWAFALP YPRFRPMASC LSTVWTCVII VCKMLYQLKV VNPQEYSSNC TEP FPNSTN LLPTEISQSL LYRGPVDPAN WFGVRKGFPN LGYIQNHLQV LLLLVFEAIV YRRQEHYRRQ HQLAPLPAQA VFAS GTRQQ LDQDLLGCLK YFINFFFYKF GLEICFLMAV NVIGQRMNFL VTLHGCWLVA ILTRRHRQAI ARLWPNYCLF LALFL LYQY LLCLGMPPAL CIDYPWRWSR AVPMNSALIK WLYLPDFFRA PNSTNLISDF LLLLCASQQW QVFSAERTEE WQRMAG VNT DRLEPLRGEP NPVPNFIHCR SYLDMLKVAV FRYLFWLVLV VVFVTGATRI SIFGLGYLLA CFYLLLFGTA LLQRDTR AR LVLWDCLILY NVTVIISKNM LSLLACVFVE QMQTGFCWVI QLFSLVCTVK GYYDPKEMMD RDQDCLLPVE EAGIIWDS V CFFFLLLQRR VFLSHYYLHV RADLQATALL ASRGFALYNA ANLKSIDFHR RIEEKSLAQL KRQMERIRAK QEKHRQGRV DRSRPQDTLG PKDPGLEPGP DSPGGSSPPR RQWWRPWLDH ATVIHSGDYF LFESDSEEEE EAVPEDPRPS AQSAFQLAYQ AWVTNAQAV LRRRQQEQEQ ARQEQAGQLP TGGGPSQEVE PAEGPEEAAA GRSHVVQRVL STAQFLWMLG QALVDELTRW L QEFTRHHG TMSDVLRAER YLLTQELLQG GEVHRGVLDQ LYTSQAEATL PGPTEAPNAP STVSSGLGAE EPLSSMTDDM GS PLSTGYH TRSGSEEAVT DPGEREAGAS LYQGLMRTAS ELLLDRRLRI PELEEAELFA EGQGRALRLL RAVYQCVAAH SEL LCYFII ILNHMVTASA GSLVLPVLVF LWAMLSIPRP SKRFWMTAIV FTEIAVVVKY LFQFGFFPWN SHVVLRRYEN KPYF PPRIL GLEKTDGYIK YDLVQLMALF FHRSQLLCYG LWDHEEDSPS KEHDKSGEEE QGAEEGPGVP AATTEDHIQV EARVG PTDG TPEPQVELRP RDTRRISLRF RRRKKEGPAR KGAAAIEAED REEEEGEEEK EAPTGREKRP SRSGGRVRAA GRRLQG FCL SLAQGTYRPL RRFFHDILHT KYRAATDVYA LMFLADVVDF IIIIFGFWAF GKHSAVTDIT SSLSDDQVPE AFLVMLL IQ FSTMVVDRAL YLRKTVLGKL AFQVALVLAI HLWMFFILPA VTERMFNQNV VAQLWYFVKC IYFALSAYQI RCGYPTRI L GNFLTKKYNH LNLFLFQGFR LVPFLVELRA VMDWVWTDTT LSLSSWMCVE DIYANIFIIK CSRETEKKYP QPKGQKKKK IVKYGMGGLI ILFLIAIIWF PLLFMSLVRS VVGVVNQPID VTVTLKLGGY EPLFTMSAQQ PSIIPFTAQA YEELSRQFDP QPLAMQFIS QYSPEDIVTA QIEGSSGALW RISPPSRAQM KRELYNGTAD ITLRFTWNFQ RDLAKGGTVE YANEKHMLAL A PNSTARRQ LASLLEGTSD QSVVIPNLFP KYIRAPNGPE ANPVKQLQPN EEADYLGVRI QLRREQGAGA TGFLEWWVIE LQ ECRTDCN LLPMVIFSDK VSPPSLGFLA GYGIMGLYVS IVLVIGKFVR GFFSEISHSI MFEELPCVDR ILKLCQDIFL VRE TRELEL EEELYAKLIF LYRSPETMIK WTREKE

UniProtKB: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

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分子 #2: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadeca...

分子名称: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: L9Q
分子量理論値: 746.05 Da
Chemical component information

ChemComp-L9Q:
(1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 10
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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