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- PDB-8yfg: Human PIEZO1-R2456H_MDFIC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yfg
タイトルHuman PIEZO1-R2456H_MDFIC
要素
  • MyoD family inhibitor domain-containing protein
  • Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Human PIEZO1
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic cation channel activity / positive regulation of viral transcription / cuticular plate / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / detection of mechanical stimulus / positive regulation of integrin activation / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / Tat protein binding / stereocilium / regulation of Wnt signaling pathway ...mechanosensitive monoatomic cation channel activity / positive regulation of viral transcription / cuticular plate / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / detection of mechanical stimulus / positive regulation of integrin activation / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / Tat protein binding / stereocilium / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of JNK cascade / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / negative regulation of protein import into nucleus / positive regulation of myotube differentiation / lamellipodium membrane / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cyclin binding / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / regulation of membrane potential / cellular response to mechanical stimulus / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / endoplasmic reticulum / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MyoD family inhibitor/MyoD family inhibitor domain-containing protein / MyoD family inhibitor / Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 / Piezo1-like, transmembrane helical unit
類似検索 - ドメイン・相同性
Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 / MyoD family inhibitor domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zhang, M.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structure of human PIEZO1 and its slow inactivating channelopathy mutants.
著者: Shan, Y. / Guo, X. / Zhang, M. / Chen, M. / Li, Y. / Zhang, M.F. / Pei, D.
履歴
登録2024年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
B: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
C: MyoD family inhibitor domain-containing protein
D: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
E: MyoD family inhibitor domain-containing protein
F: MyoD family inhibitor domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)938,6676
ポリマ－938,6676
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 / Membrane protein induced by beta-amyloid treatment / Mib / Protein FAM38A


分子量: 287075.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIEZO1, FAM38A, KIAA0233 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92508
#2: タンパク質 MyoD family inhibitor domain-containing protein / I-mfa domain-containing protein / hIC


分子量: 25814.113 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDFIC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P1T7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human PIEZO1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 10
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16739 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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