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- EMDB-60476: Cryo-EM structure of the Cas13a-rAcrVIA1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60476
タイトルCryo-EM structure of the Cas13a-rAcrVIA1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cas13a-rAcrVIA1 complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
    • RNA: rAcrVIA1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / STRUCTURAL PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性: / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
機能・相同性情報
生物種Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Zhang JT / Li YL / Jia N
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: RNA-mediated CRISPR-Cas13 inhibition through crRNA structural mimicry.
著者: Victoria M Hayes / Jun-Tao Zhang / Mark A Katz / Yuelong Li / Benjamin Kocsis / David M Brinkley / Ning Jia / Alexander J Meeske /
要旨: To circumvent CRISPR-Cas immunity, phages express anti-CRISPR factors that inhibit the expression or activities of Cas proteins. Whereas most anti-CRISPRs described to date are proteins, recently ...To circumvent CRISPR-Cas immunity, phages express anti-CRISPR factors that inhibit the expression or activities of Cas proteins. Whereas most anti-CRISPRs described to date are proteins, recently described small RNAs called RNA anti-CRISPRs (rAcrs) have sequence homology to CRISPR RNAs (crRNAs) and displace them from cognate Cas nucleases. In this work, we report the discovery of rAcrVIA1-a plasmid-encoded small RNA that inhibits the RNA-targeting CRISPR-Cas13 system in its natural host, . We solved the cryo-electron microscopy structure of the Cas13-rAcr complex, which revealed that rAcrVIA1 adopts a fold nearly identical to crRNA despite sharing negligible sequence similarity. Collectively, our findings expand the diversity of rAcrs and reveal an example of immune antagonism through RNA structural mimicry.
履歴
登録2024年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60476.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60476.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.021674262 - 2.0858963
平均 (標準偏差)0.00091534393 (±0.021121431)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60476_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60476_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60476_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cas13a-rAcrVIA1 complex

全体名称: Cas13a-rAcrVIA1 complex
要素
  • 複合体: Cas13a-rAcrVIA1 complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
    • RNA: rAcrVIA1

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超分子 #1: Cas13a-rAcrVIA1 complex

超分子名称: Cas13a-rAcrVIA1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア)

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分子 #1: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a

分子名称: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア)
分子量理論値: 132.466438 KDa
組換発現生物種: Listeria seeligeri (バクテリア)
配列文字列: MWISIKTLIH HLGVLFFCDY MYNRREKKII EVKTMRITKV EVDRKKVLIS RDKNGGKLVY ENEMQDNTEQ IMHHKKSSFY KSVVNKTIC RPEQKQMKKL VHGLLQENSQ EKIKVSDVTK LNISNFLNHR FKKSLYYFPE NSPDKSEEYR IEINLSQLLE D SLKKQQGT ...文字列:
MWISIKTLIH HLGVLFFCDY MYNRREKKII EVKTMRITKV EVDRKKVLIS RDKNGGKLVY ENEMQDNTEQ IMHHKKSSFY KSVVNKTIC RPEQKQMKKL VHGLLQENSQ EKIKVSDVTK LNISNFLNHR FKKSLYYFPE NSPDKSEEYR IEINLSQLLE D SLKKQQGT FICWESFSKD MELYINWAEN YISSKTKLIK KSIRNNRIQS TESRSGQLMD RYMKDILNKN KPFDIQSVSE KY QLEKLTS ALKATFKEAK KNDKEINYKL KSTLQNHERQ IIEELKENSE LNQFNIEIRK HLETYFPIKK TNRKVGDIRN LEI GEIQKI VNHRLKNKIV QRILQEGKLA SYEIESTVNS NSLQKIKIEE AFALKFINAC LFASNNLRNM VYPVCKKDIL MIGE FKNSF KEIKHKKFIR QWSQFFSQEI TVDDIELASW GLRGAIAPIR NEIIHLKKHS WKKFFNNPTF KVKKSKIING KTKDV TSEF LYKETLFKDY FYSELDSVPE LIINKMESSK ILDYYSSDQL NQVFTIPNFE LSLLTSAVPF APSFKRVYLK GFDYQN QDE AQPDYNLKLN IYNEKAFNSE AFQAQYSLFK MVYYQVFLPQ FTTNNDLFKS SVDFILTLNK ERKGYAKAFQ DIRKMNK DE KPSEYMSYIQ SQLMLYQKKQ EEKEKINHFE KFINQVFIKG FNSFIEKNRL TYICHPTKNT VPENDNIEIP FHTDMDDS N IAFWLMCKLL DAKQLSELRN EMIKFSCSLQ STEEISTFTK AREVIGLALL NGEKGCNDWK ELFDDKEAWK KNMSLYVSE ELLQSLPYTQ EDGQTPVINR SIDLVKKYGT ETILEKLFSS SDDYKVSAKD IAKLHEYDVT EKIAQQESLH KQWIEKPGLA RDSAWTKKY QNVINDISNY QWAKTKVELT QVRHLHQLTI DLLSRLAGYM SIADRDFQFS SNYILERENS EYRVTSWILL S ENKNKNKY NDYELYNLKN ASIKVSSKND PQLKVDLKQL RLTLEYLELF DNRLKEKRNN ISHFNYLNGQ LGNSILELFD DA RDVLSYD RKLKNAVSKS LKEILSSHGM EVTFKPLYQT NHHLKIDKLQ PKKIHHLGEK STVSSNQVSN EYCQLVRTLL TMK

UniProtKB: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a

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分子 #2: rAcrVIA1

分子名称: rAcrVIA1 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア)
分子量理論値: 20.757244 KDa
配列文字列:
UAGCAUCCCA AUAGUGAAGG GAUCUAAAAC UUUUUAUCGC CGGGAUCGCA AGUCCCGGUU UUUUU

GENBANK: GENBANK: CP148897.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 451586
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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